1cza

MUTANT MONOMER OF RECOMBINANT HUMAN HEXOKINASE TYPE I COMPLEXED WITH GLUCOSE, GLUCOSE-6-PHOSPHATE, AND ADP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 130.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEXOKINASE TYPE I

Homo sapiens

UniProt P19367

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 1–917 突变:E280A, R283A, G284Y GLC alpha-D-glucopyranose × 2 G6P 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 6.5;298 K;PEG 8000, SODIUM ACETATE, MES, ADP, ALUMINUM NITRATE, SODIUM FLUORIDE, MAGNESIUM ACETATE, GLUCOSE, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298.0K 分辨率 1.90 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HXK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–917; UniProt 1–917

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cza

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cza
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cza
沉积日期 deposition_date1999-09-01
结构标题 titleMUTANT MONOMER OF RECOMBINANT HUMAN HEXOKINASE TYPE I COMPLEXED WITH GLUCOSE, GLUCOSE-6-PHOSPHATE, AND ADP
关键词 keywordsSTRUCTURALLY HOMOLOGOUS DOMAINS, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.29
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.56
零角强度 I(0) i0162545000.00
分子量 molecular_weight101600.0 kDa
排除体积 excluded_volume126510 ų
包络体积 envelope_volume164350 ų
水化壳体积 shell_volume36648 ų
包络直径 envelope_diameter140.8
壳层 Rg shell_rg42.50
包络 Rg envelope_rg39.24
形状 Rg shape_rg39.55
总 Rg total_rg39.74
总原子数 total_atoms7104
残基数 n_residues898
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax130.5
Rg (实空间) rg_real39.86
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.51
I(0) (实空间) i0_real1.6250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal162500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7428
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.4
偏度 Skewness skewness0.491
峰度 Kurtosis kurtosis-0.609
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23460000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.605; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.536; Smooth: 0.300

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1czan1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.3 — Hexokinase
结构域编号 domain_idd1czan2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.3 — Hexokinase
结构域编号 domain_idd1czan3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.3 — Hexokinase
结构域编号 domain_idd1czan4
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.3 — Hexokinase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1czaN01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id1czaN02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology367 — Hexokinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id1czaN03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id1czaN04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology367 — Hexokinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)