SAXSdb — 1czi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHYMOSIN

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 59–381	未记录	CP-113972 (NORSTATINE-S-METHYL CYSTEINE-IODO-PHENYLALANINE-PROLINE) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CZI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CMS THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF RECOMBINANT BOVINE CHYMOSIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1989-10-12	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–381（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
3CMS ENGINEERING ENZYME SUB-SITE SPECIFICITY: PREPARATION, KINETIC CHARACTERIZATION AND X-RAY ANALYSIS AT 2.0-ANGSTROMS RESOLUTION OF VAL111PHE SITE-MUTATED CALF CHYMOSIN 提交 1990-02-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–381（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
4AA8 Bovine chymosin at 1.8A resolution 提交 2011-11-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 59–381（323 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；RESERVOIR: 1.5 M NACL, 100 MM NAH2PO4, PH 5.5. SAMPLE: 30 MG/ML PROTEIN IN 50 MM NAH2PO4, PH 6.0.	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
4AUC Bovine chymosin in complex with Pepstatin A 提交 2012-05-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 59–381（323 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CD CADMIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；RESERVOIR: 75 MM BIS-TRIS PH 5.5, 0.15 M NACL, 19% (W/V) PEG3350, 7.5 MM CDCL2. SAMPLE: 7.2 MG/ML OF PROTEIN COMPLEX IN 10 MM NAH2PO4 PH 6	分辨率 1.60 Å R-free 0.197
4CMS X-RAY ANALYSES OF ASPARTIC PROTEINASES IV. STRUCTURE AND REFINEMENT AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION OF BOVINE CHYMOSIN 提交 1991-11-01	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–381（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHYM_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–323； UniProt 59–381

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1czi
沉积日期 deposition_date	1997-01-15
结构标题 title	CHYMOSIN COMPLEX WITH THE INHIBITOR CP-113972
关键词 keywords	ACID PROTEINASE, ASPARTYL PROTEASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.56 Å
零角强度 I(0) i0	22656100.00
分子量 molecular_weight	36370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45332 Å³
包络体积 envelope_volume	50393 Å³
水化壳体积 shell_volume	21362 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.5 Å
壳层 Rg shell_rg	26.24 Å
包络 Rg envelope_rg	19.86 Å
形状 Rg shape_rg	19.55 Å
总 Rg total_rg	20.44 Å
总原子数 total_atoms	2554
残基数 n_residues	324
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.6 Å
Rg (实空间) rg_real	20.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8864
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.259
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.338
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.988

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CHYMOSIN
分子量 formula_weight	35672.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	2745

GEVASVPLTNYLDSQYFGKIYLGTPPQEFTVLFDTGSSDFWVPSIYCKSNACKNHQRFDPRKSSTFQNLGKPLSIHYGTGSMQGILGYDTVTVSNIVDIQQTVGLSTQEPGDVFTYAEFDGILGMAYPSLASEYSIPVFDNMMNRHLVAQDLFSVYMDRNGQESMLTLGAIDPSYYTGSLHWVPVTVQQYWQFTVDSVTISGVVVACEGGCQAILDTGTSKLVGPSSDILNIQQAIGATQNQYGEFDIDCDNLSYMPTVVFEINGKMYPLTPSAYTSQDQGFCTSGFQSENHSQKWILGDVFIREYYSVFDRANNLVGLAKAI

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CP-113972 (NORSTATINE-S-METHYL CYSTEINE-IODO-PHENYLALANINE-PROLINE)
分子量 formula_weight	730.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

PFCX

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	191

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1czie_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.2 — Pepsin-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1cziE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	1cziE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	132.780 Å
晶胞边长 b length_b	132.780 Å
晶胞边长 c length_c	81.950 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	9.970 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1954
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/cz/1czi/1czi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cz/1czi/1czi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cz/1czi/1czi.dat

CHYMOSIN COMPLEX WITH THE INHIBITOR CP-113972

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHYMOSIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)