1czw

STRUCTURE OF THE W34A MUTANT OF SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SHIGA TOXIN B-CHAIN

Phage h30

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–89 链 B； UniProt 21–89 链 C； UniProt 21–89 链 D； UniProt 21–89 链 E； UniProt 21–89	片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 突变：W34A	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；15% PEG 4000 0.2 M MGCL2 5% DIOXANE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.214
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 21–89 链 G； UniProt 21–89 链 H； UniProt 21–89 链 I； UniProt 21–89 链 J； UniProt 21–89	片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 突变：W34A	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；15% PEG 4000 0.2 M MGCL2 5% DIOXANE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CZW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C48 MUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (G62T) 提交 1999-08-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN 链 B 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN 链 C 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN 链 D 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN 链 E 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN	突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.240
1CZG STRUCTURE OF THE G62T MUTANT OF SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT 提交 1999-09-03	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 B 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 C 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 D 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 E 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN	突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20% PEG4000, 10% propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.251
2XSC Crystal structure of the cell-binding B oligomer of verotoxin-1 from E. coli 提交 2010-09-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 21–89（69 aa）片段：RESIDUES 21-89 链 B 21–89（69 aa）片段：RESIDUES 21-89 链 C 21–89（69 aa）片段：RESIDUES 21-89 链 D 21–89（69 aa）片段：RESIDUES 21-89 链 E 21–89（69 aa）片段：RESIDUES 21-89	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；12% PEG8000, 50 MM MOPS PH7.0	分辨率 2.05 Å R-free 0.192

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLTB_BPH30
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 B； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 C； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 D； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 E； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 F； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 G； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 H； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 I； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 J； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1czw
沉积日期 deposition_date	1999-09-07
结构标题 title	STRUCTURE OF THE W34A MUTANT OF SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
关键词 keywords	BACTERIAL TOXIN, SUGAR RECEPTOR BINDING DOMAIN, PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION, OB-FOLD, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.90 Å
零角强度 I(0) i0	94776100.00
分子量 molecular_weight	75745.0 kDa
排除体积 excluded_volume	94164 Å³
包络体积 envelope_volume	119610 Å³
水化壳体积 shell_volume	32615 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.0 Å
壳层 Rg shell_rg	37.52 Å
包络 Rg envelope_rg	31.25 Å
形状 Rg shape_rg	31.86 Å
总 Rg total_rg	32.52 Å
总原子数 total_atoms	5310
残基数 n_residues	690
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.9 Å
Rg (实空间) rg_real	32.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	94770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8835
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.380
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.473
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9518000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.865

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d1czwa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1czwb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1czwc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1czwd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1czwe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1czwf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1czwg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1czwh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1czwi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1czwj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	1czwA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1czwB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1czwC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1czwD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1czwE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1czwF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1czwG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1czwH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1czwI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1czwJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	107.550 Å
晶胞边长 b length_b	108.920 Å
晶胞边长 c length_c	57.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	48.600 Å
R 因子 r_factor	0.1820
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2140

描述 description	SHIGA TOXIN B-CHAIN
分子量 formula_weight	7583.5 kDa
突变 mutation	W34A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	5574

STRUCTURE OF THE W34A MUTANT OF SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SHIGA TOXIN B-CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Phage h30
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12371
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	264

fit	/app/data/saxs_computation/cz/1czw/1czw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cz/1czw/1czw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cz/1czw/1czw.dat