SAXSdb — 1d02

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYPE II RESTRICTION ENZYME MUNI

Mycoplasma

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–202 链 B； UniProt 1–202	突变：D83A	;DNA (5'-D(GPCPCPAPAPTPTPGPGPC)-3') ; × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；PEG 8000, CALCIUM CHLORIDE, SODIUM CHLORIDE, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	T2MU_MYCSP
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–202； UniProt 1–202 作者链 B； PDB构建体 1–202； UniProt 1–202

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d02
沉积日期 deposition_date	1999-09-08
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF MUNI RESTRICTION ENDONUCLEASE IN COMPLEX WITH COGNATE DNA
关键词 keywords	ALPHA/BETA PROTEIN, PROTEIN-DNA COMPLEX, DISTORTED DOUBLE HELIX, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.68 Å
零角强度 I(0) i0	49450700.00
分子量 molecular_weight	52038.0 kDa
排除体积 excluded_volume	63906 Å³
包络体积 envelope_volume	74572 Å³
水化壳体积 shell_volume	27212 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.2 Å
壳层 Rg shell_rg	30.10 Å
包络 Rg envelope_rg	23.00 Å
形状 Rg shape_rg	22.66 Å
总 Rg total_rg	23.56 Å
总原子数 total_atoms	3666
残基数 n_residues	417
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.7 Å
Rg (实空间) rg_real	23.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7895
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	29.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.350
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.072
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11550000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.756; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPCPAPAPTPTPGPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	3045.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	4312

GCCAATTGGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TYPE II RESTRICTION ENZYME MUNI
分子量 formula_weight	23376.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.4
突变 mutation	D83A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MGKSELSGRLNWQALAGLKASGAEQNLYNVFNAVFEGTKYVLYEKPKHLKNLYAQVVLPDDVIKEIFNPLIDLSTTQWGVSPAFAIENTETHKILFGEIKRQDGWVEGKDPSAGRGNAHERSCKLFTPGLLKAYRTIGGINDEEILPFWVVFEGDITRDPKRVREITFWYDHYQDNYFMWRPNESGEKLVQHFNEKLKKYLD

来源 Source

来源生物 organism	Mycoplasma
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2093
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	646

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1d02a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.8 — Restriction endonuclease MunI

结构域编号 domain_id	d1d02b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.8 — Restriction endonuclease MunI

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1d02A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	580 — ECO RI Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Eco RI Endonuclease, subunit A

结构域编号 domain_id	1d02B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	580 — ECO RI Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Eco RI Endonuclease, subunit A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.400 Å
晶胞边长 b length_b	72.470 Å
晶胞边长 c length_c	121.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1800
R_work r_work	0.1800
R_free r_free	0.2130

fit	/app/data/saxs_computation/d0/1d02/1d02.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d0/1d02/1d02.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d0/1d02/1d02.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF MUNI RESTRICTION ENDONUCLEASE IN COMPLEX WITH COGNATE DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYPE II RESTRICTION ENZYME MUNI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)