1d0i

CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE II DEHYDROQUINASE FROM STREPTOMYCES COELICOLOR COMPLEXED WITH PHOSPHATE IONS

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYPE II 3-DEHYDROQUINATE HYDRATASE

Streptomyces coelicolor

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–157 链 B； UniProt 2–157 链 C； UniProt 2–157 链 D； UniProt 2–157 链 E； UniProt 2–157 链 F； UniProt 2–157 链 G； UniProt 2–157 链 H； UniProt 2–157 链 I； UniProt 2–157 链 J； UniProt 2–157 链 K； UniProt 2–157 链 L； UniProt 2–157	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 16 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；PEG 8000, SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, TRIS BUFFER, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.80 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D0I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GTZ Structure of STREPTOMYCES COELICOLOR TYPE II DEHYDROQUINASE R23A MUTANT IN COMPLEX WITH DEHYDROSHIKIMATE 提交 2002-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–156（156 aa）链 B 1–156（156 aa）链 C 1–156（156 aa）链 D 1–156（156 aa）链 E 1–156（156 aa）链 F 1–156（156 aa）链 G 1–156（156 aa）链 H 1–156（156 aa）链 I 1–156（156 aa）链 J 1–156（156 aa）链 K 1–156（156 aa）链 L 1–156（156 aa）	突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 DHK 3-DEHYDROSHIKIMATE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PEG 8000, SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, TRIS BUFFER, pH 8.50	分辨率 1.60 Å R-free 0.221
1GU0 CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE II DEHYDROQUINASE FROM STREPTOMYCES COELICOLOR 提交 2002-01-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–156（156 aa）链 B 1–156（156 aa）链 C 1–156（156 aa）链 D 1–156（156 aa）链 E 1–156（156 aa）链 F 1–156（156 aa）链 G 1–156（156 aa）链 H 1–156（156 aa）链 I 1–156（156 aa）链 J 1–156（156 aa）链 K 1–156（156 aa）链 L 1–156（156 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PEG 8000, SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, TRIS BUFFER, pH 8.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
1GU1 Crystal structure of type II dehydroquinase from Streptomyces coelicolor complexed with 2,3-anhydro-quinic acid 提交 2002-01-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–156（156 aa）链 B 1–156（156 aa）链 C 1–156（156 aa）链 D 1–156（156 aa）链 E 1–156（156 aa）链 F 1–156（156 aa）链 G 1–156（156 aa）链 H 1–156（156 aa）链 I 1–156（156 aa）链 J 1–156（156 aa）链 K 1–156（156 aa）链 L 1–156（156 aa）	未记录	FA1 2,3 -ANHYDRO-QUINIC ACID × 12 GOL GLYCEROL × 12 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PEG 8000, SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, TRIS BUFFER, pH 8.50	分辨率 1.80 Å R-free 0.200
1V1J Crystal structure of type II Dehydroquintae Dehydratase from Streptomyces coelicolor in complex with 3-fluoro 提交 2004-04-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–156（156 aa）链 B 1–156（156 aa）链 C 1–156（156 aa）链 D 1–156（156 aa）链 E 1–156（156 aa）链 F 1–156（156 aa）链 G 1–156（156 aa）链 H 1–156（156 aa）链 I 1–156（156 aa）链 J 1–156（156 aa）链 K 1–156（156 aa）链 L 1–156（156 aa）	未记录	FA3 2-ANHYDRO-3-FLUORO-QUINIC ACID × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PEG 8000, NA/K PHOSPHATE, TRIS BUFFER, pH 7.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.238
2BT4 Type II Dehydroquinase inhibitor complex 提交 2005-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–157（157 aa）链 B 1–157（157 aa）链 C 1–157（157 aa）链 D 1–157（157 aa）链 E 1–157（157 aa）链 F 1–157（157 aa）链 G 1–157（157 aa）链 H 1–157（157 aa）链 I 1–157（157 aa）链 J 1–157（157 aa）链 K 1–157（157 aa）链 L 1–157（157 aa）	未记录	CA2 (1S,3R,4R,5S)-1,3,4-TRIHYDROXY-5-(3-PHENOXYPROPYL)CYCLOHEXANECARBOXYLIC ACID × 12 PO4 PHOSPHATE ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 GOL GLYCEROL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；15% PEG8K, 0.2M NAKPHOSPHATE, 0.1M MOPS/HCL PH6.5, pH 6.50	分辨率 1.70 Å R-free 0.248
2CJF TYPE II DEHYDROQUINASE INHIBITOR COMPLEX 提交 2006-03-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–157（157 aa）链 B 1–157（157 aa）链 C 1–157（157 aa）链 D 1–157（157 aa）链 E 1–157（157 aa）链 F 1–157（157 aa）链 G 1–157（157 aa）链 H 1–157（157 aa）链 I 1–157（157 aa）链 J 1–157（157 aa）链 K 1–157（157 aa）链 L 1–157（157 aa）	未记录	RP4 (1S,4S,5S)-1,4,5-TRIHYDROXY-3-[3-(PHENYLTHIO)PHENYL]CYCLOHEX-2-ENE-1-CARBOXYLIC ACID × 12 GOL GLYCEROL × 12 PO4 PHOSPHATE ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；PROTEIN AT 6MG/ML WAS EQUILIBRATED AGAINST A SOLUTION 15% PEG 8K, 0.1M HEPES BUFFER PH 7.5 USING THE SITING DROP METHOD.	分辨率 1.95 Å R-free 0.334

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AROQ_STRCO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–156； UniProt 2–157 作者链 B； PDB构建体 1–156； UniProt 2–157 作者链 C； PDB构建体 1–156； UniProt 2–157 作者链 D； PDB构建体 1–156； UniProt 2–157 作者链 E； PDB构建体 1–156； UniProt 2–157 作者链 F； PDB构建体 1–156； UniProt 2–157 作者链 G； PDB构建体 1–156； UniProt 2–157 作者链 H； PDB构建体 1–156； UniProt 2–157 作者链 I； PDB构建体 1–156； UniProt 2–157 作者链 J； PDB构建体 1–156； UniProt 2–157 作者链 K； PDB构建体 1–156； UniProt 2–157 作者链 L； PDB构建体 1–156； UniProt 2–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d0i
沉积日期 deposition_date	1999-09-10
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE II DEHYDROQUINASE FROM STREPTOMYCES COELICOLOR COMPLEXED WITH PHOSPHATE IONS
关键词 keywords	TYPE II DEHYDROQUINASE, SHIKIMATE PATHWAY, DODECAMERIC QUATERNARY STRUCTURE, TETRAHEDRAL SYMMETRY, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.12 Å
零角强度 I(0) i0	636403000.00
分子量 molecular_weight	194640.0 kDa
排除体积 excluded_volume	239240 Å³
包络体积 envelope_volume	295330 Å³
水化壳体积 shell_volume	65869 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.8 Å
壳层 Rg shell_rg	44.69 Å
包络 Rg envelope_rg	34.39 Å
形状 Rg shape_rg	35.08 Å
总 Rg total_rg	35.81 Å
总原子数 total_atoms	13681
残基数 n_residues	1810
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.2 Å
Rg (实空间) rg_real	35.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0160e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	636500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8931
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	-0.070
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	396600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.895

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TYPE II 3-DEHYDROQUINATE HYDRATASE
分子量 formula_weight	16569.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.10
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	15962

PRSLANAPIMILNGPNLNLLGQRQPEIYGSDTLADVEALCVKAAAAHGGTVDFRQSNHEGELVDWIHEARLNHCGIVINPAAYSHTSVAILDALNTCDGLPVVEVHISNIHQREPFRHHSYVSQRADGVVAGCGVQGYVFGVERIAALAGAGSARA

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1902
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2023

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1d0ia_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family family	c.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase

结构域编号 domain_id	d1d0ib_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family family	c.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase

结构域编号 domain_id	d1d0ic_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family family	c.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase

结构域编号 domain_id	d1d0id_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family family	c.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase

结构域编号 domain_id	d1d0ie_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family family	c.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase

结构域编号 domain_id	d1d0if_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family family	c.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase

结构域编号 domain_id	d1d0ig_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family family	c.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase

结构域编号 domain_id	d1d0ih_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family family	c.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase

结构域编号 domain_id	d1d0ii_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family family	c.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase

结构域编号 domain_id	d1d0ij_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family family	c.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase

结构域编号 domain_id	d1d0ik_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family family	c.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase

结构域编号 domain_id	d1d0il_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family family	c.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1d0iA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	9100 — Dehydroquinase, class II

结构域编号 domain_id	1d0iB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	9100 — Dehydroquinase, class II

结构域编号 domain_id	1d0iC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	9100 — Dehydroquinase, class II

结构域编号 domain_id	1d0iD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	9100 — Dehydroquinase, class II

结构域编号 domain_id	1d0iE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	9100 — Dehydroquinase, class II

结构域编号 domain_id	1d0iF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	9100 — Dehydroquinase, class II

结构域编号 domain_id	1d0iG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	9100 — Dehydroquinase, class II

结构域编号 domain_id	1d0iH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	9100 — Dehydroquinase, class II

结构域编号 domain_id	1d0iI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	9100 — Dehydroquinase, class II

结构域编号 domain_id	1d0iJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	9100 — Dehydroquinase, class II

结构域编号 domain_id	1d0iK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	9100 — Dehydroquinase, class II

结构域编号 domain_id	1d0iL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	9100 — Dehydroquinase, class II

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.200 Å
晶胞边长 b length_b	137.500 Å
晶胞边长 c length_c	140.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	45.030 Å
R 因子 r_factor	0.1760
R_work r_work	0.1710
R_free r_free	0.2230

fit	/app/data/saxs_computation/d0/1d0i/1d0i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d0/1d0i/1d0i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d0/1d0i/1d0i.dat