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1d0q

STRUCTURE OF THE ZINC-BINDING DOMAIN OF BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS DNA PRIMASE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA PRIMASE

Geobacillus stearothermophilus

UniProt Q9X4D0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–103 链 B； UniProt 1–103 片段：ZINC-BINDING DOMAIN ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；LITHIUM SULFATE, SODIUM CITRATE, ZINC ACETATE, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K 分辨率 1.71 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1D0Q Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1Z8S DnaB binding domain of DnaG (P16) from Bacillus stearothermophilus (residues 452-597) 提交 2005-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 451–597（147 aa） 片段：P16, Residues 451-597
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM potassium phosphate, 200mM sodium chloride；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM potassium phosphate, 200mM sodium chloride；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM potassium phosphate, 200mM sodium chloride；压力 ambient
NMR样品组成 1mM U-15N P16 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM U-15N U13C P16 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5mM U-15N P16 | 50% H2O/50% D2O
分辨率未提供
2R6A Crystal Form BH1 提交 2007-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 455–597（143 aa） 片段：Helicase Binding Domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；1.0M Lithium Sulfate, 5% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.297
2R6C Crystal Form BH2 提交 2007-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 G 455–597（143 aa） 片段：Helicase Binding Domain
链 H 455–597（143 aa） 片段：Helicase Binding Domain
链 I 455–597（143 aa） 片段：Helicase Binding Domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；0.5M Sodium Succinate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 4.00 Å R-free 0.344
4M4W Mechanistic implications for the bacterial primosome assembly of the structure of a helicase-helicase loader complex 提交 2013-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 G 455–597（143 aa） 片段：Helicase Binding Domain (UNP residues 455-597)
链 H 455–597（143 aa） 片段：Helicase Binding Domain (UNP residues 455-597)
链 I 455–597（143 aa） 片段：Helicase Binding Domain (UNP residues 455-597)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；290 K；11-13% w/v PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 50 mM TRIS, pH 8.0-8.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K
分辨率 6.10 Å R-free 0.392

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRIM_BACST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d0q

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d0q
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d0q
沉积日期 deposition_date1999-09-14
结构标题 titleSTRUCTURE OF THE ZINC-BINDING DOMAIN OF BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS DNA PRIMASE
关键词 keywordsDNA PRIMASE, ZINC-BINDING MOTIF, PROTEIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.65 Å
零角强度 I(0) i09178890.00
分子量 molecular_weight22556.0 kDa
排除体积 excluded_volume28203 ų
包络体积 envelope_volume34325 ų
水化壳体积 shell_volume15088 ų
包络直径 envelope_diameter71.0 Å
壳层 Rg shell_rg25.41 Å
包络 Rg envelope_rg20.97 Å
形状 Rg shape_rg20.63 Å
总 Rg total_rg21.43 Å
总原子数 total_atoms1584
残基数 n_residues204
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.0 Å
Rg (实空间) rg_real21.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real9.1790e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9179000.0000
解质量估计 total_estimate0.8679
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.8 Å
偏度 Skewness skewness0.386
峰度 Kurtosis kurtosis-0.546
角度范围 angular_range— – 0.3700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1873000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.829; Smooth: 0.949
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1d0qa_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.41.3 — Zinc beta-ribbon
家族 Family familyg.41.3.2 — DNA primase zinc finger
结构域编号 domain_idd1d0qb_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.41.3 — Zinc beta-ribbon
家族 Family familyg.41.3.2 — DNA primase zinc finger

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1d0qA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology580 — DNA Primase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc finger, CHC2-type domain
结构域编号 domain_id1d0qB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology580 — DNA Primase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc finger, CHC2-type domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)