SAXSdb — 1d1q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYROSINE PHOSPHATASE (E.C.3.1.3.48)

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–161	突变：C13A	4NP 4-NITROPHENYL PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；PEG 3400, Bis-TRIS, sodium chloride para-nitrophenyl phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–161	突变：C13A	PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；PEG 3400, Bis-TRIS, sodium chloride para-nitrophenyl phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D1Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D1P CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST LOW MOLECULAR WEIGHT PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE (LTP1) 提交 1999-09-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–161（160 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；PEG 3400, HEPES, sodium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
1D1P CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST LOW MOLECULAR WEIGHT PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE (LTP1) 提交 1999-09-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–161（160 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；PEG 3400, HEPES, sodium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
1D2A CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST LOW MOLECULAR WEIGHT PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE (LTP1) COMPLEXED WITH THE ACTIVATOR ADENINE 提交 1999-09-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–161（160 aa）	突变：C13A	PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；PEG 3400, Bis-TRIS, sodium chloride, sodium phosphate, adenine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.243
1D2A CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST LOW MOLECULAR WEIGHT PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE (LTP1) COMPLEXED WITH THE ACTIVATOR ADENINE 提交 1999-09-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–161（160 aa）	突变：C13A	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ADE ADENINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；PEG 3400, Bis-TRIS, sodium chloride, sodium phosphate, adenine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.243

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPAL_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 B； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d1q
沉积日期 deposition_date	1999-09-20
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST LOW MOLECULAR WEIGHT PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE (LTP1) COMPLEXED WITH THE SUBSTRATE PNPP
关键词 keywords	BETA-ALPHA-BETA, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.56 Å
零角强度 I(0) i0	23730300.00
分子量 molecular_weight	37115.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46346 Å³
包络体积 envelope_volume	54772 Å³
水化壳体积 shell_volume	20957 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.4 Å
壳层 Rg shell_rg	28.65 Å
包络 Rg envelope_rg	22.44 Å
形状 Rg shape_rg	22.56 Å
总 Rg total_rg	23.32 Å
总原子数 total_atoms	2617
残基数 n_residues	317
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.1 Å
Rg (实空间) rg_real	23.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23730000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8705
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.399
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.454
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4686000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.916; Smooth: 0.878

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TYROSINE PHOSPHATASE (E.C.3.1.3.48)
分子量 formula_weight	18671.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
突变 mutation	C13A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2985

MTIEKPKISVAFIALGNFCRSPMAEAIFKHEVEKANLENRFNKIDSFGTSNYHVGESPDHRTVSICKQHGVKINHKGKQIKTKHFDEYDYIIGMDESNINNLKKIQPEGSKAKVCLFGDWNTNDGTVQTIIEDPWYGDIQDFEYNFKQITYFSKQFLKKEL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-NITROPHENYL PHOSPHATE
分子量 formula_weight	219.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	368

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1d1qa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.44 — Phosphotyrosine protein phosphatases I-like
超家族 Superfamily superfamily	c.44.1 — Phosphotyrosine protein phosphatases I
家族 Family family	c.44.1.1 — Low-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

结构域编号 domain_id	d1d1qb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.44 — Phosphotyrosine protein phosphatases I-like
超家族 Superfamily superfamily	c.44.1 — Phosphotyrosine protein phosphatases I
家族 Family family	c.44.1.1 — Low-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1d1qA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1d1qB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	45.897 Å
晶胞边长 b length_b	64.151 Å
晶胞边长 c length_c	112.049 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	12.000 Å
R 因子 r_factor	0.1700
R_work r_work	0.1700
R_free r_free	0.2150

fit	/app/data/saxs_computation/d1/1d1q/1d1q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d1/1d1q/1d1q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d1/1d1q/1d1q.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST LOW MOLECULAR WEIGHT PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE (LTP1) COMPLEXED WITH THE SUBSTRATE PNPP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYROSINE PHOSPHATASE (E.C.3.1.3.48)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction