1d1r

NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE PRODUCT OF THE E. COLI YCIH GENE.

Method: SOLUTION NMR Dmax: 59.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HYPOTHETICAL 11.4 KD PROTEIN YCIH IN PYRF-OSMB INTERGENIC REGION

Escherichia coli

UniProt P08245

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–108 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.4;298 K;离子强度(mmCIF原始值)200 mM NACL, 50 mM SODIUM PHOSPHATE;压力 1 NMR样品组成:2-3 MM YCIH U-15N,13C; 50MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4; 200MM NACL; 10MM DITHIOTHREITOL; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成:2-3 MM YCIH U-15N; 50MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4; 200MM NACL; 10MM DITHIOTHREITOL; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成:2-3 MM YCIH U-15N,13C; 50MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4; 200MM NACL; 10MM DITHIOTHREITOL; 99% D2O NMR样品组成:2-3 MM YCIH U-15N; 50MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4; 200MM NACL; 10MM DITHIOTHREITOL; 99% D2O NMR样品组成:2-3 MM YCIH; 50MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4; 200MM NACL; 10MM DITHIOTHREITOL; 90% H2O, 10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YCIH_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d1r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d1r
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d1r
沉积日期 deposition_date1999-09-20
结构标题 titleNMR SOLUTION STRUCTURE OF THE PRODUCT OF THE E. COLI YCIH GENE.
关键词 keywordsALPHA-BETA PLAIT, OPEN-FACED BETA SANDWICH, FERREDOXIN-LIKE FOLD, STRUCTURAL GENOMICS; STRUCTURAL GENOMICS
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.57
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.11
零角强度 I(0) i0422630000.00
分子量 molecular_weight173350.0 kDa
排除体积 excluded_volume218630 ų
包络体积 envelope_volume34822 ų
水化壳体积 shell_volume17030 ų
包络直径 envelope_diameter59.3
壳层 Rg shell_rg23.57
包络 Rg envelope_rg17.65
形状 Rg shape_rg13.09
总 Rg total_rg13.51
总原子数 total_atoms25200
残基数 n_residues1660
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.5
Rg (实空间) rg_real13.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69
I(0) (实空间) i0_real4.2260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal422600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7000
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary17.3
偏度 Skewness skewness0.391
峰度 Kurtosis kurtosis0.162
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha362100.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.192; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.519; Smooth: 1.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1d1ra1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.64 — eIF1-like
超家族 Superfamily superfamilyd.64.1 — eIF1-like
家族 Family familyd.64.1.1 — eIF1-like
结构域编号 domain_idd1d1ra2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1d1rA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology780 — Translation Initiation Factor Eif1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SUI1-like domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)