1d2r

2.9 A CRYSTAL STRUCTURE OF LIGAND-FREE TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE: DOMAIN MOVEMENTS FRAGMENT THE ADENINE NUCLEOTIDE BINDING SITE.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 180.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (TRYPTOPHANYL TRNA SYNTHETASE)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–326 链 D； UniProt 1–326	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICRODIALYSIS；pH 6.8；315 K；2.0 M K2HPO4 , pH 6.8, MICRODIALYSIS, temperature 315K	分辨率 2.90 Å R-free 0.262
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–326 链 E； UniProt 1–326	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICRODIALYSIS；pH 6.8；315 K；2.0 M K2HPO4 , pH 6.8, MICRODIALYSIS, temperature 315K	分辨率 2.90 Å R-free 0.262
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–326 链 F； UniProt 1–326	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICRODIALYSIS；pH 6.8；315 K；2.0 M K2HPO4 , pH 6.8, MICRODIALYSIS, temperature 315K	分辨率 2.90 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D2R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1I6K 1.7 HIGH RESOLUTION EXPERIMENTAL PHASES FOR TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TRYPTOPHANYL-5'AMP 提交 2001-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–328（328 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 14 NH4 AMMONIUM ION × 2 TYM TRYPTOPHANYL-5'AMP × 2 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.6；310 K；POTASSIUM PHOSPHATE, AMMONIUM SULFATE, MAGNESIUM CHLORIDE, PEG 400, pH 7.60, MICRODIALYSIS, temperature 310K	分辨率 1.72 Å R-free 0.268
1I6L 1.7 HIGH RESOLUTION EXPERIMENTAL PHASES FOR TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TRYPTOPHANYL-5'AMP 提交 2001-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–328（328 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 14 NH4 AMMONIUM ION × 2 TYM TRYPTOPHANYL-5'AMP × 2 GOL GLYCEROL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.6；310 K；POTASSIUM PHOSPHATE, AMMONIUM SULFATE, MAGNESIUM SULFATE, pH 7.60, MICRODIALYSIS, temperature 310K	分辨率 1.72 Å R-free 0.241
1I6M 1.7 HIGH RESOLUTION EXPERIMENTAL PHASES FOR TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TRYPTOPHANYL-5'AMP 提交 2001-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–328（328 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 14 NH4 AMMONIUM ION × 2 TYM TRYPTOPHANYL-5'AMP × 2 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.6；310 K；POTASSIUM PHOSPHATE, AMMONIUM SULFATE, MAGNESIUM SULFATE, pH 7.60, MICRODIALYSIS, temperature 310.0K	分辨率 1.72 Å R-free 0.257
1M83 Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with ATP in a Closed, Pre-transition State Conformation 提交 2002-07-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–328（328 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；310 K；sodium citrate, sodium atp, magnesium chloride, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 310K	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
1MAU Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with ATP and Tryptophanamide in a Pre-Transition state Conformation 提交 2002-08-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–328（328 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LTN L-TRYPTOPHANAMIDE × 2 CIT CITRIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；310 K；sodium citrate, magnesium chloride, sodium ATP , l-tryptophanamide, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 310K	分辨率 2.15 Å R-free 0.243
1MAW Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with ATP in an Open Conformation 提交 2002-08-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–328（328 aa）链 D 1–328（328 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.6；310 K；potassium phosphate, mg-atp, pH 6.6, MICRODIALYSIS, temperature 310K	分辨率 3.00 Å R-free 0.253
1MAW Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with ATP in an Open Conformation 提交 2002-08-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–328（328 aa）链 E 1–328（328 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.6；310 K；potassium phosphate, mg-atp, pH 6.6, MICRODIALYSIS, temperature 310K	分辨率 3.00 Å R-free 0.253
1MAW Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with ATP in an Open Conformation 提交 2002-08-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–328（328 aa）链 F 1–328（328 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.6；310 K；potassium phosphate, mg-atp, pH 6.6, MICRODIALYSIS, temperature 310K	分辨率 3.00 Å R-free 0.253
1MB2 Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with Tryptophan in an Open Conformation 提交 2002-08-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–328（328 aa）链 D 1–328（328 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.6；310 K；potassium phosphate, l-tryptophan, pH 6.6, MICRODIALYSIS, temperature 310K	分辨率 2.70 Å R-free 0.254
1MB2 Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with Tryptophan in an Open Conformation 提交 2002-08-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–328（328 aa）链 E 1–328（328 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.6；310 K；potassium phosphate, l-tryptophan, pH 6.6, MICRODIALYSIS, temperature 310K	分辨率 2.70 Å R-free 0.254
1MB2 Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with Tryptophan in an Open Conformation 提交 2002-08-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–328（328 aa）链 F 1–328（328 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.6；310 K；potassium phosphate, l-tryptophan, pH 6.6, MICRODIALYSIS, temperature 310K	分辨率 2.70 Å R-free 0.254
2OV4 Crystal structure of B. stearothermophilus tryptophanyl tRNA synthetase in complex with adenosine tetraphosphate 提交 2007-02-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–328（328 aa）	未记录	CS CESIUM ION × 2 AQP ADENOSINE-5'-TETRAPHOSPHATE × 2 ANL ANILINE × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；310 K；SODIUM CITRATE 1M, MAGRNESIUM ACETATE 10MM, ADENOSINE TETRAPHOSPHATE 10MM, PH 7.50, MICRODIALYSIS, temperature 310K	分辨率 2.50 Å R-free 0.258
3FHJ Independent saturation of three TrpRS subsites generates a partially-assembled state similar to those observed in molecular simulations 提交 2008-12-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–328（328 aa）链 B 1–328（328 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.58；315 K；2.28M K2HPO4, 0.6% (v/v) PEG 400, pH 6.58, dialysis, temperature 315K	分辨率 2.65 Å R-free 0.270
3FHJ Independent saturation of three TrpRS subsites generates a partially-assembled state similar to those observed in molecular simulations 提交 2008-12-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–328（328 aa）链 D 1–328（328 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.58；315 K；2.28M K2HPO4, 0.6% (v/v) PEG 400, pH 6.58, dialysis, temperature 315K	分辨率 2.65 Å R-free 0.270
3FHJ Independent saturation of three TrpRS subsites generates a partially-assembled state similar to those observed in molecular simulations 提交 2008-12-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–328（328 aa）链 F 1–328（328 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.58；315 K；2.28M K2HPO4, 0.6% (v/v) PEG 400, pH 6.58, dialysis, temperature 315K	分辨率 2.65 Å R-free 0.270
3FI0 Crystal Structure Analysis of B. stearothermophilus Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with Tryptophan, AMP, and Inorganic Phosphate 提交 2008-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–326（326 aa）链 D 1–326（326 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.58；315 K；2.18 M K2HPO4, 0.6% (v/v) PEG 400, pH 6.58, dialysis, temperature 315K	分辨率 2.70 Å R-free 0.220
3FI0 Crystal Structure Analysis of B. stearothermophilus Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with Tryptophan, AMP, and Inorganic Phosphate 提交 2008-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–326（326 aa）链 E 1–326（326 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.58；315 K；2.18 M K2HPO4, 0.6% (v/v) PEG 400, pH 6.58, dialysis, temperature 315K	分辨率 2.70 Å R-free 0.220
3FI0 Crystal Structure Analysis of B. stearothermophilus Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with Tryptophan, AMP, and Inorganic Phosphate 提交 2008-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–326（326 aa）链 F 1–326（326 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.58；315 K；2.18 M K2HPO4, 0.6% (v/v) PEG 400, pH 6.58, dialysis, temperature 315K	分辨率 2.70 Å R-free 0.220
3FI0 Crystal Structure Analysis of B. stearothermophilus Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with Tryptophan, AMP, and Inorganic Phosphate 提交 2008-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–326（326 aa）链 J 1–326（326 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.58；315 K；2.18 M K2HPO4, 0.6% (v/v) PEG 400, pH 6.58, dialysis, temperature 315K	分辨率 2.70 Å R-free 0.220
3FI0 Crystal Structure Analysis of B. stearothermophilus Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with Tryptophan, AMP, and Inorganic Phosphate 提交 2008-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–326（326 aa）链 K 1–326（326 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.58；315 K；2.18 M K2HPO4, 0.6% (v/v) PEG 400, pH 6.58, dialysis, temperature 315K	分辨率 2.70 Å R-free 0.220
3FI0 Crystal Structure Analysis of B. stearothermophilus Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with Tryptophan, AMP, and Inorganic Phosphate 提交 2008-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1–326（326 aa）链 L 1–326（326 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.58；315 K；2.18 M K2HPO4, 0.6% (v/v) PEG 400, pH 6.58, dialysis, temperature 315K	分辨率 2.70 Å R-free 0.220
3FI0 Crystal Structure Analysis of B. stearothermophilus Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with Tryptophan, AMP, and Inorganic Phosphate 提交 2008-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 1–326（326 aa）链 P 1–326（326 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.58；315 K；2.18 M K2HPO4, 0.6% (v/v) PEG 400, pH 6.58, dialysis, temperature 315K	分辨率 2.70 Å R-free 0.220
3FI0 Crystal Structure Analysis of B. stearothermophilus Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with Tryptophan, AMP, and Inorganic Phosphate 提交 2008-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 1–326（326 aa）链 Q 1–326（326 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.58；315 K；2.18 M K2HPO4, 0.6% (v/v) PEG 400, pH 6.58, dialysis, temperature 315K	分辨率 2.70 Å R-free 0.220
3FI0 Crystal Structure Analysis of B. stearothermophilus Tryptophanyl-tRNA Synthetase Complexed with Tryptophan, AMP, and Inorganic Phosphate 提交 2008-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 1–326（326 aa）链 R 1–326（326 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.58；315 K；2.18 M K2HPO4, 0.6% (v/v) PEG 400, pH 6.58, dialysis, temperature 315K	分辨率 2.70 Å R-free 0.220
5DK4 Crystal structure analysis of Tryptophanyl-trna synthetase from Bacillus stearothermophilus in complex with indolmycin and Mg*ATP 提交 2015-09-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–328（327 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 5BX (5S)-5-[(1R)-1-(1H-indol-3-yl)ethyl]-2-(methylamino)-1,3-oxazol-4(5H)-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；hepes, potassium citrate, magnesium chloride	分辨率 1.90 Å R-free 0.189
7CKI Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Bacillus stearothermophilus in complex with chuangxinmycin and ATP 提交 2020-07-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–328（328 aa）	未记录	9E0 (5~{S},6~{R})-5-methyl-7-thia-2-azatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-1(12),3,8,10-tetraene-6-carboxylic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；310 K；1.8 M K2HPO4	分辨率 2.30 Å R-free 0.208
7CMS Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Bacillus stearothermophilus in complex with chuangxinmycin 提交 2020-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–328（328 aa）链 B 1–328（328 aa）	未记录	9E0 (5~{S},6~{R})-5-methyl-7-thia-2-azatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-1(12),3,8,10-tetraene-6-carboxylic acid × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；310 K；1.8M K2HPO4	分辨率 2.20 Å R-free 0.209
7EER Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Bacillus stearothermophilus in complex with 05E6 and ATP 提交 2021-03-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–328（328 aa）	突变：K64L	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZCW 2-(1H-indol-3-yl)ethanol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；310 K；1.9 M K2HPO4	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
7EER Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Bacillus stearothermophilus in complex with 05E6 and ATP 提交 2021-03-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–328（328 aa）	突变：K64L	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZCW 2-(1H-indol-3-yl)ethanol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；310 K；1.9 M K2HPO4	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
7EER Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Bacillus stearothermophilus in complex with 05E6 and ATP 提交 2021-03-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–328（328 aa）链 D 1–328（328 aa）	突变：K64L 突变：K64L	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZCW 2-(1H-indol-3-yl)ethanol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；310 K；1.9 M K2HPO4	分辨率 2.00 Å R-free 0.255

共 14 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYW_BACST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 B； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 C； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 D； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 E； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 F； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d2r
沉积日期 deposition_date	1999-09-27
结构标题 title	2.9 A CRYSTAL STRUCTURE OF LIGAND-FREE TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE: DOMAIN MOVEMENTS FRAGMENT THE ADENINE NUCLEOTIDE BINDING SITE.
关键词 keywords	CLASS I TRNA SYNTHETASE, AARS, INDUCED FIT, TRPRS, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.72 Å
零角强度 I(0) i0	692083000.00
分子量 molecular_weight	220200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	276660 Å³
包络体积 envelope_volume	390540 Å³
水化壳体积 shell_volume	66668 Å³
包络直径 envelope_diameter	190.6 Å
壳层 Rg shell_rg	51.53 Å
包络 Rg envelope_rg	49.92 Å
形状 Rg shape_rg	50.72 Å
总 Rg total_rg	50.74 Å
总原子数 total_atoms	15480
残基数 n_residues	1956
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	180.1 Å
Rg (实空间) rg_real	50.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2650e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	692000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8604
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	69.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.309
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.289
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.796; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.926; Smooth: 0.869

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1d2ra_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family family	c.26.1.1 — Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1d2rb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family family	c.26.1.1 — Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1d2rc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family family	c.26.1.1 — Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1d2rd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family family	c.26.1.1 — Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1d2re_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family family	c.26.1.1 — Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1d2rf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family family	c.26.1.1 — Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1d2rA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	1d2rA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	240 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase

结构域编号 domain_id	1d2rB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	1d2rB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	240 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase

结构域编号 domain_id	1d2rC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	1d2rC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	240 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase

结构域编号 domain_id	1d2rD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	1d2rD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	240 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase

结构域编号 domain_id	1d2rE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	1d2rE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	240 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase

结构域编号 domain_id	1d2rF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	1d2rF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	240 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	226.760 Å
晶胞边长 b length_b	91.660 Å
晶胞边长 c length_c	156.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	132.66 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2370
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2620

描述 description	PROTEIN (TRYPTOPHANYL TRNA SYNTHETASE)
分子量 formula_weight	36751.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	15480

2.9 A CRYSTAL STRUCTURE OF LIGAND-FREE TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE: DOMAIN MOVEMENTS FRAGMENT THE ADENINE NUCLEOTIDE BINDING SITE.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (TRYPTOPHANYL TRNA SYNTHETASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/d2/1d2r/1d2r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d2/1d2r/1d2r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d2/1d2r/1d2r.dat