SAXSdb — 1d2s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 30–211	片段：RESIDUES 1 TO 205	CA CALCIUM ION × 4 DHT 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG400, HEPES, CALCIUM CHLORIDE, DIHYDROTESTOSTERONE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K	分辨率 1.55 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D2S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1F5F CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL G-DOMAIN OF SHBG IN COMPLEX WITH ZINC 提交 2000-06-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–234（205 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT OF SHBG (RESIDUES 1 TO 205)	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 DHT 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；Crystal growth: ISOPROPANOL, PEG400, HEPES-buffer, CaCl2, DHT Crystals were soaked with 2.5 mM ZnCl2 for three days, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 1.70 Å R-free 0.259
1KDK THE STRUCTURE OF THE N-TERMINAL LG DOMAIN OF SHBG IN CRYSTALS SOAKED WITH EDTA 提交 2001-11-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–170（170 aa）片段：N-terminal LG-domain	未记录	DHT 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG400, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.245
1KDM THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN (TETRAGONAL CRYSTAL FORM) 提交 2001-11-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–170（170 aa）片段：N-terminal LG-domain	未记录	CA CALCIUM ION × 2 DHT 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG4000, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.264
1LHN CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL LG-DOMAIN OF SHBG IN COMPLEX WITH 5ALPHA-ANDROSTANE-3BETA,17ALPHA-DIOL 提交 2002-04-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–218（189 aa）片段：LG-like 1 domain, Residues 30-218	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 AON 5-ALPHA-ANDROSTANE-3-BETA,17-ALPHA-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Hepes, Calcium chloride, 17a-DHA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
1LHO CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL LG-DOMAIN OF SHBG IN COMPLEX WITH 5ALPHA-ANDROSTANE-3BETA,17BETA-DIOL 提交 2002-04-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–218（189 aa）片段：LG-like 1 domain, Residues 30-218	未记录	CA CALCIUM ION × 2 AOM 5-ALPHA-ANDROSTANE-3-BETA,17BETA-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, Calcium chloride, 17b-DHA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
1LHU CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL LG-DOMAIN OF SHBG IN COMPLEX WITH ESTRADIOL 提交 2002-04-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–218（189 aa）片段：LG-like 1 domain, Residues 43-218	未记录	CA CALCIUM ION × 2 EST ESTRADIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, Calcium chloride, estradiol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.237
1LHV CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL LG-DOMAIN OF SHBG IN COMPLEX WITH NORGESTREL 提交 2002-04-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–218（189 aa）片段：LG-like 1 domain, Residues 30-218	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 NOG 13-BETA-ETHYL-17-ALPHA-ETHYNYL-17-BETA-HYDROXYGON-4-EN-3-ONE × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, Calcium chloride, norgestrel, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
1LHW CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL LG-DOMAIN OF SHBG IN COMPLEX WITH 2-METHOXYESTRADIOL 提交 2002-04-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–218（189 aa）片段：LG-like 1 domain, Residues 30-218	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ESM 1,3,5(10)-ESTRATRIEN-2,3,17-BETA-TRIOL 2-METHYL ETHER × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, Calcium chloride, 2-methoxyestradiol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.238
6PYA Sex Hormone-binding globulin mutant E176K in complex with IPI 提交 2019-07-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–234（205 aa）	突变：E176K	P57 3-[(1H-imidazol-1-yl)methyl]-2-phenyl-1H-indole × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；20% Peg 3350, 0.2 M potassium thiocyanate, HEPES pH 7.5, 2.5 mM Calcium Chloride	分辨率 1.71 Å R-free 0.216
6PYB Sex Hormone-binding globulin mutant E176K in complex with DVT 提交 2019-07-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–234（205 aa）	突变：E176K	P5G 4,4'-[(3R,4R)-oxolane-3,4-diylbis(methylene)]bis(2-methoxyphenol) × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 3350, Potassium thiocyanate	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
6PYF Sex Hormone-binding globulin mutant E176K in complex with Estradiol 提交 2019-07-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–234（205 aa）	突变：E176K	CA CALCIUM ION × 2 EST ESTRADIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 3350, potassium thiocyanate	分辨率 1.73 Å R-free 0.220
6ULB Sex Hormone-binding globulin mutant E176K in complex with Danazol 提交 2019-10-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–234（205 aa）	突变：E176K	CA CALCIUM ION × 2 QA1 Danazol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；20% PEG 3350, 0.2M potassium thiocyanate	分辨率 1.75 Å R-free 0.225

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SHBG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–170； UniProt 30–211

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d2s
沉积日期 deposition_date	1999-09-28
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL LAMININ G-LIKE DOMAIN OF SHBG IN COMPLEX WITH DIHYDROTESTOSTERONE
关键词 keywords	;STEROID TRANSPORT, LAMININ G-LIKE DOMAIN, JELLYROLL, ANDROGEN BINDING PROTEIN (ABP), SEX STEROID BINDING PROTEIN (SBP), TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.90 Å
零角强度 I(0) i0	6895590.00
分子量 molecular_weight	19181.0 kDa
排除体积 excluded_volume	24051 Å³
包络体积 envelope_volume	26742 Å³
水化壳体积 shell_volume	14828 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.6 Å
壳层 Rg shell_rg	21.14 Å
包络 Rg envelope_rg	15.17 Å
形状 Rg shape_rg	14.89 Å
总 Rg total_rg	16.07 Å
总原子数 total_atoms	1348
残基数 n_residues	170
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	49.1 Å
Rg (实空间) rg_real	16.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8960e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5180e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6896000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9018
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.012
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.480
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1291000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN
分子量 formula_weight	18855.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1521

PPAVHLSNGPGQEPIAVMTFDLTKITKTSSSFEVRTWDPEGVIFYGDTNPKDDWFMLGLRDGRPEIQLHNHWAQLTVGAGPRLDDGRWHQVEVKMEGDSVLLEVDGEEVLRLRQVSGHPIMRIALGGLLFPASNLRLPLVPALDGCLRRDSWLDKQAEISASAPTSLRSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE
分子量 formula_weight	290.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	123

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1d2sa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.4 — Laminin G-like module

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1d2sA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	104.040 Å
晶胞边长 b length_b	104.040 Å
晶胞边长 c length_c	84.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2510

fit	/app/data/saxs_computation/d2/1d2s/1d2s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d2/1d2s/1d2s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d2/1d2s/1d2s.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL LAMININ G-LIKE DOMAIN OF SHBG IN COMPLEX WITH DIHYDROTESTOSTERONE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction