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1d4e

CRYSTAL STRUCTURE OF THE FLAVOCYTOCHROME C FUMARATE REDUCTASE OF SHEWANELLA PUTREFACIENS STRAIN MR-1 COMPLEXED WITH FUMARATE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FLAVOCYTOCHROME C FUMARATE REDUCTASE

物种未注明

UniProt P83223

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–596 未记录 HEC HEME C × 4 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FUM FUMARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；ammonium sulfate with ethanol and fumarate added, bicine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K 分辨率 2.80 Å R-free 0.311

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1D4E Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D4C CRYSTAL STRUCTURE OF THE UNCOMPLEXED FORM OF THE FLAVOCYTOCHROME C FUMARATE REDUCTASE OF SHEWANELLA PUTREFACIENS STRAIN MR-1 提交 1999-10-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–596（572 aa）
未记录 HEC HEME C × 4 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；ammonium sulfate with added PEG 400, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
分辨率 2.90 Å R-free 0.300
1D4C CRYSTAL STRUCTURE OF THE UNCOMPLEXED FORM OF THE FLAVOCYTOCHROME C FUMARATE REDUCTASE OF SHEWANELLA PUTREFACIENS STRAIN MR-1 提交 1999-10-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 25–596（572 aa）
未记录 HEC HEME C × 4 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；ammonium sulfate with added PEG 400, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
分辨率 2.90 Å R-free 0.300
1D4C CRYSTAL STRUCTURE OF THE UNCOMPLEXED FORM OF THE FLAVOCYTOCHROME C FUMARATE REDUCTASE OF SHEWANELLA PUTREFACIENS STRAIN MR-1 提交 1999-10-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 25–596（572 aa）
未记录 HEC HEME C × 4 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；ammonium sulfate with added PEG 400, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
分辨率 2.90 Å R-free 0.300
1D4C CRYSTAL STRUCTURE OF THE UNCOMPLEXED FORM OF THE FLAVOCYTOCHROME C FUMARATE REDUCTASE OF SHEWANELLA PUTREFACIENS STRAIN MR-1 提交 1999-10-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 25–596（572 aa）
未记录 HEC HEME C × 4 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；ammonium sulfate with added PEG 400, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
分辨率 2.90 Å R-free 0.300
1D4D CRYSTAL STRUCTURE OF THE SUCCINATE COMPLEXED FORM OF THE FLAVOCYTOCHROME C FUMARATE REDUCTASE OF SHEWANELLA PUTREFACIENS STRAIN MR-1 提交 1999-10-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–596（572 aa）
未记录 HEC HEME C × 4 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；ammonium sulfate with added ethanol and succinate, bicine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
分辨率 2.50 Å R-free 0.305

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FRDA_SHEON
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–572； UniProt 25–596

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d4e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d4e
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d4e
沉积日期 deposition_date1999-10-03
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE FLAVOCYTOCHROME C FUMARATE REDUCTASE OF SHEWANELLA PUTREFACIENS STRAIN MR-1 COMPLEXED WITH FUMARATE
关键词 keywordstetraheme flavocytochrome c fumarate reductase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.85 Å
零角强度 I(0) i062930100.00
分子量 molecular_weight59751.0 kDa
排除体积 excluded_volume73699 ų
包络体积 envelope_volume84562 ų
水化壳体积 shell_volume29314 ų
包络直径 envelope_diameter83.4 Å
壳层 Rg shell_rg31.49 Å
包络 Rg envelope_rg24.00 Å
形状 Rg shape_rg23.87 Å
总 Rg total_rg24.61 Å
总原子数 total_atoms4198
残基数 n_residues560
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.8 Å
Rg (实空间) rg_real24.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real6.2930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal62930000.0000
解质量估计 total_estimate0.7520
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary29.1 Å
偏度 Skewness skewness0.289
峰度 Kurtosis kurtosis-0.381
角度范围 angular_range— – 0.3200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18060000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.631; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.878; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1d4ea1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamilya.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family familya.138.1.3 — Di-heme elbow motif
结构域编号 domain_idd1d4ea2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.4 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1d4ea3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.168 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain
超家族 Superfamily superfamilyd.168.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain
家族 Family familyd.168.1.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1d4eA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1130 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Flavocytochrome C3; Chain A
结构域编号 domain_id1d4eA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id1d4eA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology700 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)