1d4l

HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH A MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 59.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 PROTEASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 57–155 链 B； UniProt 57–155	突变：Q7K, L33I, C67(ABA), C95(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 PI9 (10S,13S,1'R)-13-[1'-HYDROXY-2'-(N-P-AMINOBENZENESULFONYL-1''-AMINO-3''-METHYLBUTYL)ETHYL]-8,11-DIOXO-10-ISOPROPYL-2-OXA-9,12-DIAZABICYCLO [13.2.2]NONADECA-15,17,18-TRIENE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；ammonium sulfate. acetate buffer, , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D4L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AID STRUCTURE OF A NON-PEPTIDE INHIBITOR COMPLEXED WITH HIV-1 PROTEASE: DEVELOPING A CYCLE OF STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN 提交 1997-04-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 THK 4-(4-CHLORO-PHENYL)-1-{3-[2-(4-FLUORO-PHENYL)-[1,3]DITHIOLAN-2-YL]-PROPYL}-PIPERIDIN-4-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.4	分辨率 2.20 Å
1B6J HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 1 提交 1999-01-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：CYS67ABA, CYS95ABA, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：CYS67ABA, CYS95ABA, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M ACETATE BUFFER PH 5.5 AND 30-60% AMMONIUM SULFATE	分辨率 1.85 Å R-free 0.219
1B6K HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 5 提交 1999-01-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：GLN7LYS, LEU33ILE, CYS67ABA, CYS95ABA, GLN107LYS, LEU133ILE, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：GLN7LYS, LEU33ILE, CYS67ABA, CYS95ABA, GLN107LYS, LEU133ILE, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 PI5 N-[3-(8-SEC-BUTYL-7,10-DIOXO-2-OXA-6,9-DIAZA-BICYCLO[11.2.2]HEPTADECA-1(16),13(17),14- TRIEN-11-YLAMINO)-2-HYDROXY-1-(4-HYDROXY-BENZYL)-PROPYL]-3-METHYL-2- (2-OXO-PYRROLIDIN-1-YL)-BUTYRAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M ACETATE BUFFER PH 5.5 AND 30-60% AMMONIUM SULFATE	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
1B6L HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 4 提交 1999-01-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：GLN7LYS LEU33ILE CYS67ABA CYS95ABA GLN107LYS LEU133ILE CYS167ABA CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：GLN7LYS LEU33ILE CYS67ABA CYS95ABA GLN107LYS LEU133ILE CYS167ABA CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 PI4 1-[2-(8-CARBAMOYLMETHYL-6,9-DIOXO-2-OXA-7,10-DIAZA-BICYCLO[11.2.2]HEPTADECA- 1(16),13(17),14-TRIEN-11-YL)-2-HYDROXY-ETHYL]-PIPERIDINE-2-CARBOXYLIC ACID TERT-BUTYLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M ACETATE BUFFER PH 5.5 AND 30-60% AMMONIUM SULFATE	分辨率 1.75 Å R-free 0.226
1B6M HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 6 提交 1999-01-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：GLN7LYS, LEU33ILE, CYS67ABA, CYS95ABA, GLN107LYS, LEU133ILE, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：GLN7LYS, LEU33ILE, CYS67ABA, CYS95ABA, GLN107LYS, LEU133ILE, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 PI6 [1-BENZYL-3-(8-SEC-BUTYL-7,10-DIOXO-2-OXA-6,9-DIAZA-BICYCLO[11.2.2] HEPTADECA-1(16),13(17),14-TRIEN-11-YLAMINO)-2-HYDROXY-PROPYL]-CARBAMIC ACID TERT-BUTYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M ACETATE BUFFER PH 5.5 AND 30-60% AMMONIUM SULFATE	分辨率 1.85 Å R-free 0.227
1B6P HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 7 提交 1999-01-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：GLN7LYS, LEU33ILE, CYS67ABA, CYS95ABA, GLN107LYS, LEU133ILE, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：GLN7LYS, LEU33ILE, CYS67ABA, CYS95ABA, GLN107LYS, LEU133ILE, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 PI7 N-[3-(8-SEC-BUTYL-7,10-DIOXO-2-OXA-6,9-DIAZA-BICYCLO[11.2.2] HEPTADECA-1(16),13(17),14-TRIEN-11-YAMINO)-2-HYDROXY-1-(4-HYDROXY-BENZYL) -PROPYL]-3-METHYL-2-PROPIONYLAMINO-BUTYRAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M ACETATE BUFFER PH 5.5 AND 30-60% AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1CPI REGIOSELECTIVE STRUCTURAL AND FUNCTIONAL MIMICRY OF PEPTIDES. DESIGN OF HYDROLYTICALLY STABLE CYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITORS OF HIV-1 PROTEASE 提交 1995-10-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
1D4K HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH A MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 提交 1999-10-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, L33I, C67(ABA), C95(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Q7K, L33I, C67(ABA), C95(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 PI8 N-13-[(10S,13S)-9,12-DIOXO-10-(2-BUTYL)-2-OXA-8,11-DIAZABICYCLO [13.2.2] NONADECA-15,17,18-TRIENE] (2R)-BENZYL-(4S)-HYDROXY-5-AMINOPENTANOIC (1R)-HYDROXY-(2S)-INDANEAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；ammonium sulfate. acetate buffer, , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.85 Å R-free 0.259
1F7A HOW DOES A SYMMETRIC DIMER RECOGNIZE AN ASYMMETRIC SUBSTRATE? A SUBSTRATE COMPLEX OF HIV-1 PROTEASE. 提交 2000-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE	突变：Q7K D25N 突变：Q7K D25N	ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
1KJ4 SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155	突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K	ACT ACETATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；Ammonium Sulphate, SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
1KJ4 SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 D 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155	突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K	ACT ACETATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；Ammonium Sulphate, SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
1KJ4 SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 C 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 D 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155	突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K	ACT ACETATE ION × 48	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；Ammonium Sulphate, SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
1KJ7 SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155	突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K	ACT ACETATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.249
1KJF SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155	突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K	ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；AMMONIUM SULPHATE, SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
1KJG SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155	突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；AMMONIUM SULPHATE, SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
1KJH SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155	突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；AMMONIUM SULPHATE, SODIUM CITRATE, SODIUM PHOSPHATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.227
1KZK JE-2147-HIV Protease Complex 提交 2002-02-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, K14R, S37N, R41K, L63P, I64V 突变：Q7K, K14R, S37N, R41K, L63P, I64V	JE2 (4R)-3-{(2S,3S)-2-hydroxy-3-[(3-hydroxy-2-methylbenzoyl)amino]-4-phenylbutanoyl}-5,5-dimethyl-N-(2-methylbenzyl)-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaAc, NaCl, EDTA, DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.09 Å R-free 0.189
1MT7 Viability of a drug-resistant HIV-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy 提交 2002-09-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, D25N, L63P, V82A 突变：Q7K, D25N, L63P, V82A	ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；sodium phosphate, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
1MT8 Viability of a drug-resistant HIV-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy 提交 2002-09-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, D25N, L63P, V82A 突变：Q7K, D25N, L63P, V82A	ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；sodium phosphate, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.243
1MT9 Viability of a drug-resistant HIV-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy 提交 2002-09-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, D25N, L63P, V82A 突变：Q7K, D25N, L63P, V82A	PO4 PHOSPHATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；sodium phosphate, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
1MTB Viability of a drug-resistant HIV-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy 提交 2002-09-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, D25N, L63P, V82A 突变：Q7K, D25N, L63P, V82A	ROC (2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1 -phenyl-butan-2-yl]-2-(quinolin-2-ylcarbonylamino)butanediamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；sodium phosphate, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.257
1MTR HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH A CYCLIC PHE-ILE-VAL PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 提交 1996-02-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 PI6 [1-BENZYL-3-(8-SEC-BUTYL-7,10-DIOXO-2-OXA-6,9-DIAZA-BICYCLO[11.2.2] HEPTADECA-1(16),13(17),14-TRIEN-11-YLAMINO)-2-HYDROXY-PROPYL]-CARBAMIC ACID TERT-BUTYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.244
1N49 Viability of a Drug-Resistant HIV-1 Protease Variant: Structural Insights for Better Anti-Viral Therapy 提交 2002-10-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, D25N, V82A 突变：Q7K, D25N, V82A	RIT RITONAVIR × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；sodium phosphate, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.284
1N49 Viability of a Drug-Resistant HIV-1 Protease Variant: Structural Insights for Better Anti-Viral Therapy 提交 2002-10-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 57–155（99 aa）链 D 57–155（99 aa）	突变：Q7K, D25N, V82A 突变：Q7K, D25N, V82A	RIT RITONAVIR × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；sodium phosphate, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.284
1T3R HIV protease wild-type in complex with TMC114 inhibitor 提交 2004-04-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K,L63P 突变：Q7K,L63P	PO4 PHOSPHATE ION × 5 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；1 MG/ML PROTEIN; 5:1 LIGAND:PROTEIN; 30% AMSOR; SODIUM CITRATE AND SODIUM PHOSPHATE, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.20 Å R-free 0.179
1TSQ CRYSTAL STRUCTURE OF AP2V SUBSTRATE VARIANT OF NC-P1 DECAMER PEPTIDE IN COMPLEX WITH V82A/D25N HIV-1 PROTEASE MUTANT 提交 2004-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：protease 链 B 57–155（99 aa）片段：protease	突变：Q7K,D25N,L63P,V82A 突变：Q7K,D25N,L63P,V82A	ACT ACETATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, AMMONIUM SULPHATE, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.231
1TSU CRYSTAL STRUCTURE OF DECAMER NCP1 SUBSTRATE PEPTIDE IN COMPLEX WITH WILD-TYPE D25N HIV-1 PROTEASE VARIANT 提交 2004-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：Protease 链 B 57–155（99 aa）片段：Protease	突变：Q7K,D25N,L63P 突变：Q7K,D25N,L63P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, AMMONIUM SULPHATE, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
1YTG SIV PROTEASE CRYSTALLIZED WITH PEPTIDE PRODUCT 提交 1996-08-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：CHAIN A, B, Q7K 突变：CHAIN A, B, Q7K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.285
1YTH SIV PROTEASE CRYSTALLIZED WITH PEPTIDE PRODUCT 提交 1996-08-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：CHAIN A, B, Q7K 突变：CHAIN A, B, Q7K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.283
1Z1H HIV-1 protease complexed with macrocyclic peptidomimetic inhibitor 3 提交 2005-03-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 protease 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 protease	突变：Gln7Lys Leu33Ile Cys67Aba Cys95Aba 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Gln7Lys Leu33Ile Cys67Aba Cys95Aba 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 HBB N-{(2R)-2-HYDROXY-2-[(8S,11S)-8-ISOPROPYL-6,9-DIOXO-2-OXA-7,10-DIAZABICYCLO[11.2.2]HEPTADECA-1(15),13,16-TRIEN-11-YL]ETHYL}-N-ISOPENTYLBENZENESULFONAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；30-60% ammonium sulfate, 0.1M acetate buffer, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.231
1Z1R HIV-1 protease complexed with Macrocyclic peptidomimetic inhibitor 2 提交 2005-03-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 protease 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 protease	突变：Gln7Lys Leu33Ile Cys67Aba Cys95Aba 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Gln7Lys Leu33Ile Cys67Aba Cys95Aba 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 HBH 2-[(8S,11S)-11-{(1R)-1-HYDROXY-2-[ISOPENTYL(PHENYLSULFONYL)AMINO]ETHYL}-6,9-DIOXO-2-OXA-7,10-DIAZABICYCLO[11.2.2]HEPTADECA-1(15),13,16-TRIEN-8-YL]ACETAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；30-60% ammonium sulfate, 0.1M acetate buffer, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.209
2AID STRUCTURE OF A NON-PEPTIDE INHIBITOR COMPLEXED WITH HIV-1 PROTEASE: DEVELOPING A CYCLE OF STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN 提交 1997-04-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K 突变：Q7K	CL CHLORIDE ION × 2 THK 4-(4-CHLORO-PHENYL)-1-{3-[2-(4-FLUORO-PHENYL)-[1,3]DITHIOLAN-2-YL]-PROPYL}-PIPERIDIN-4-OL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.4	分辨率 1.90 Å
2F3K Substrate envelope and drug resistance: crystal structure of r01 in complex with wild-type hiv-1 protease 提交 2005-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 490–588（99 aa）链 B 490–588（99 aa）	突变：Q7K; L63P 突变：Q7K; L63P	PO4 PHOSPHATE ION × 5 RO1 (3S,4AS,8AS)-N-(TERT-BUTYL)-2-[(3S)-3-({3-(METHYLSULFONYL)-N-[(PYRIDIN-3-YLOXY)ACETYL]-L-VALYL}AMINO)-2-OXO-4-PHENYLBUTYL]DECAHYDROISOQUINOLINE-3-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；0.126M Sodium Acetate; 0.063M Sodium citrate, 25-30% Ammonium sulphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.197
3AID A NEW CLASS OF HIV-1 PROTEASE INHIBITOR: THE CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE, INHIBITION AND CHEMICAL SYNTHESIS OF AN AMINIMIDE PEPTIDE ISOSTERE 提交 1997-05-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K 突变：Q7K	ARQ BENZOYLAMINO-BENZYL-METHYL-[2-HYDROXY-3-[1-METHYL-ETHYL-OXY-N-FORMAMIDYL]-4-PHENYL-BUTYL]-AMMONIUM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.4	分辨率 2.50 Å
3BXR Crystal Structures Of Highly Constrained Substrate And Hydrolysis Products Bound To HIV-1 Protease. Implications For Catalytic Mechanism 提交 2008-01-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, D25N, L33I, C67(ABA), C95(ABA), Q107K, D125N, L133I, C167(ABA), C195(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Q7K, D25N, L33I, C67(ABA), C95(ABA), Q107K, D125N, L133I, C167(ABA), C195(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 DRR (9S,12S)-9-(1-methylethyl)-N-[(8S,11S)-8-[(1S)-1-methylpropyl]-7,10-dioxo-2-oxa-6,9-diazabicyclo[11.2.2]heptadeca-1(15),13,16-trien-11-yl]-7,10-dioxo-2-oxa-8,11-diazabicyclo[12.2.2]octadeca-1(16),14,17-triene-12-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；Acetate, (NH4)2SO4, pH5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.204
3BXS Crystal Structures Of Highly Constrained Substrate And Hydrolysis Products Bound To HIV-1 Protease. Implications For Catalytic Mechanism 提交 2008-01-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, L33I, C67(ABA), C95(ABA), Q107K, L133I, C167(ABA), C195(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Q7K, L33I, C67(ABA), C95(ABA), Q107K, L133I, C167(ABA), C195(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 DRS (9S,12S)-9-(1-methylethyl)-7,10-dioxo-2-oxa-8,11-diazabicyclo[12.2.2]octadeca-1(16),14,17-triene-12-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；Acetate, (NH4)2SO4, pH5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.205
3EKP Crystal Structure of the inhibitor Amprenavir (APV) in complex with a multi-drug resistant HIV-1 protease variant (L10I/G48V/I54V/V64I/V82A)Refer: FLAP+ in citation 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I,V82A 突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I,V82A	PO4 PHOSPHATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 6 478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；Refer citation, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.254
3EKP Crystal Structure of the inhibitor Amprenavir (APV) in complex with a multi-drug resistant HIV-1 protease variant (L10I/G48V/I54V/V64I/V82A)Refer: FLAP+ in citation 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 D 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I,V82A 突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I,V82A	ACT ACETATE ION × 6 478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；Refer citation, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.254
3EKQ Crystal structure of inhibitor saquinavir (SQV) in complex with multi-drug resistant HIV-1 protease (L63P/V82T/I84V) (referred to as ACT in paper) 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, L10I, G48V, I54V, V64I, V82T 突变：Q7K, L10I, G48V, I54V, V64I, V82T	ROC (2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1 -phenyl-butan-2-yl]-2-(quinolin-2-ylcarbonylamino)butanediamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.20 Å R-free 0.246
3EKT Crystal Structure of the inhibitor Darunavir (DRV) in complex with a multi-drug resistant HIV-1 protease variant (L10F/G48V/I54V/V64I/V82A) (Refer: FLAP+ in citation.) 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I, V82A 突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I, V82A	ACT ACETATE ION × 3 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；Refer citation, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.97 Å R-free 0.258
3EKT Crystal Structure of the inhibitor Darunavir (DRV) in complex with a multi-drug resistant HIV-1 protease variant (L10F/G48V/I54V/V64I/V82A) (Refer: FLAP+ in citation.) 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 D 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I, V82A 突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I, V82A	ACT ACETATE ION × 5 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；Refer citation, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.97 Å R-free 0.258
3EKV Crystal structure of the wild type HIV-1 protease with the inhibitor, Amprenavir 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,V64I 突变：Q7K,V64I	478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1 ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；126mM Sodium Phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 24-29% ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.75 Å R-free 0.226
3EKW Crystal structure of the inhibitor Atazanavir (ATV) in complex with a multi-drug resistance HIV-1 protease variant (L10I/G48V/I54V/V64I/V82A) Refer: FLAP+ in citation. 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I,V82A 突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I,V82A	PO4 PHOSPHATE ION × 3 DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.223
3EKX Crystal structure of the wild-type HIV-1 protease with the inhibitor, Nelfinavir 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, V64I 突变：Q7K, V64I	1UN 2-[2-HYDROXY-3-(3-HYDROXY-2-METHYL-BENZOYLAMINO)-4-PHENYL SULFANYL-BUTYL]-DECAHYDRO-ISOQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID TERT-BUTYLAMIDE × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；126mM Sodium Phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 24-29% ammonium sulphate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.97 Å R-free 0.230
3EKY Crystal Structure of wild-type HIV protease in complex with the inhibitor, Atazanavir 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,V64I 突变：Q7K,V64I	DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；126mM Sodium Phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 24-29% ammonium sulphate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.80 Å R-free 0.209
3EL0 Crystal structure of the inhibitor Nelfinavir (NFV) in complex with a multi-drug resistant HIV-1 protease variant (L10I/G48V/I54V/V64I/V82A) (Refer: FLAP+ in citation) 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, L10I, G48V, I54V, V64I, V82A 突变：Q7K, L10I, G48V, I54V, V64I, V82A	1UN 2-[2-HYDROXY-3-(3-HYDROXY-2-METHYL-BENZOYLAMINO)-4-PHENYL SULFANYL-BUTYL]-DECAHYDRO-ISOQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID TERT-BUTYLAMIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
3EL1 Crystal Structure of wild-type HIV protease in complex with the inhibitor, Atazanavir 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K 突变：Q7K	DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；126mM Sodium Phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 24-29% ammonium sulphate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
3EL4 Crystal structure of inhibitor saquinavir (SQV) complexed with the multidrug HIV-1 protease variant L63P/V82T/I84V 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, V64I, V82T, I84V 突变：Q7K, V64I, V82T, I84V	ROC (2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1 -phenyl-butan-2-yl]-2-(quinolin-2-ylcarbonylamino)butanediamide × 1 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
3EL5 Crystal structure of nelfinavir (NFV) complexed with a multidrug variant (ACT) (V82T/I84V) of HIV-1 protease 提交 2008-09-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, K41R, V64I, V82T, I84V 突变：Q7K, K41R, V64I, V82T, I84V	ACT ACETATE ION × 11 1UN 2-[2-HYDROXY-3-(3-HYDROXY-2-METHYL-BENZOYLAMINO)-4-PHENYL SULFANYL-BUTYL]-DECAHYDRO-ISOQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID TERT-BUTYLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.60 Å R-free 0.225
3EL9 Crystal structure of atazanavir (ATV) in complex with a multidrug HIV-1 protease (V82T/I84V) 提交 2008-09-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 484-582 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 484-582	突变：Q7K, V82T, I84V 突变：Q7K, V82T, I84V	DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1 ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.60 Å R-free 0.217
3EM3 Crystal structure of amprenavir (APV) in complex with a drug resistant HIV-1 protease variant (I50L/A71V). 提交 2008-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,I50L,V64I,A71V 突变：Q7K,I50L,V64I,A71V	ACT ACETATE ION × 4 478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
3EM4 Crystal structure of atazanavir (ATV) in complex with I50L/A71V drug-resistant HIV-1 protease 提交 2008-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, I50L, A71V 突变：Q7K, I50L, A71V	DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
3EM4 Crystal structure of atazanavir (ATV) in complex with I50L/A71V drug-resistant HIV-1 protease 提交 2008-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 U 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 V 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, I50L, A71V 突变：Q7K, I50L, A71V	DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
3EM6 Crystal structure of I50L/A71V mutant of hiv-1 protease in complex with inhibitor darunavir 提交 2008-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, I50L, A71V 突变：Q7K, I50L, A71V	017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
3GI0 Crystal structure of a chemically synthesized 203 amino acid 'covalent dimer' [l-ala51,d-ala51'] hiv-1 protease molecule complexed with jg-365 inhibitor 提交 2009-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M CITRATE, 0.2M SODIUM PHOPHATE,30% (W/V) AMMONIUM SULFATE, 10% (V/V) DMSO , PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.237
3HVP CONSERVED FOLDING IN RETROVIRAL PROTEASES. CRYSTAL STRUCTURE OF A SYNTHETIC HIV-1 PROTEASE 提交 1989-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
3LZV Structure of Nelfinavir-resistant HIV-1 protease (D30N/N88D) in complex with Darunavir. 提交 2010-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D30N, N88D 突变：Q7K, D30N, N88D	017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；126mM Sodium Phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 24-29% ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.15 Å R-free 0.236
3MXD Crystal structure of HIV-1 protease inhibitor KC53 in complex with wild-type protease 提交 2010-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：residues 491-589	未记录	K53 (5S)-N-{(1S,2R)-3-[(1,3-benzodioxol-5-ylsulfonyl)(2-methylpropyl)amino]-1-benzyl-2-hydroxypropyl}-3-(2-hydroxyphenyl)-2 -oxo-1,3-oxazolidine-5-carboxamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；298 K；126 mM sodium phosphate pH 6.2, 63 mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.201
3MXE Crystal structure of HIV-1 protease inhibitor, KC32 complexed with wild-type protease 提交 2010-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：residues 491-589	未记录	K54 (5S)-N-{(1S,2R)-3-[(1,3-benzothiazol-6-ylsulfonyl)(2-methylpropyl)amino]-1-benzyl-2-hydroxypropyl}-2-oxo-3-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,3-oxazolidine-5-carboxamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；126 mM sodium phosphate pH6.2, 63mM sodium citrate, 24%-29% ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.223
3OXV Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71 Protease in Complex with the protease inhibitor amprenavir. 提交 2010-09-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, I50V, A71V 突变：Q7K, I50V, A71V	478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.75 Å R-free 0.205
3OXV Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71 Protease in Complex with the protease inhibitor amprenavir. 提交 2010-09-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, I50V, A71V 突变：Q7K, I50V, A71V	478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.75 Å R-free 0.205
3OXW Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Darunavir 提交 2010-09-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, I50V, A71V 突变：Q7K, I50V, A71V	017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.95 Å R-free 0.218
3OXW Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Darunavir 提交 2010-09-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, I50V, A71V 突变：Q7K, I50V, A71V	017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.95 Å R-free 0.218
3OXX Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Atazanavir 提交 2010-09-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, I50V, A71V 突变：Q7K, I50V, A71V	GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 3 DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.65 Å R-free 0.215
3OXX Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Atazanavir 提交 2010-09-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, I50V, A71V 突变：Q7K, I50V, A71V	GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 3 DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.65 Å R-free 0.215
3OY4 Crystal Structure of HIV-1 L76V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Darunavir. 提交 2010-09-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, L76V 突变：Q7K, L76V	PO4 PHOSPHATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 7 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.76 Å R-free 0.219
4EP2 Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protease in Complex with the substrate RT-RH 提交 2012-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.261
4EP3 Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protease in Complex with the substrate CA-p2 提交 2012-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
4EPJ Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protease in Complex with the substrate p2-NC 提交 2012-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ACT ACETATE ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.69 Å R-free 0.227
4EQ0 Crystal Structure of inactive single chain variant of HIV-1 Protease in Complex with the substrate p2-NC 提交 2012-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）	未记录	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.264
4EQJ Crystal Structure of inactive single chain variant of HIV-1 Protease in Complex with the substrate RT-RH 提交 2012-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
4F73 Crystal Structure of active HIV-1 Protease in Complex with the N terminal product of CA-p2 cleavage site 提交 2012-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-31% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
4F74 Crystal Structure of active HIV-1 Protease in Complex with the N terminal product of the substrate MA-CA. 提交 2012-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-31% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.207
4F75 Crystal Structure of active HIV-1 Protease in Complex with the N terminal product of the substrate RH-IN 提交 2012-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-31% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.193
4F76 Crystal Structure of the active HIV-1 Protease in Complex with the products of p1-p6 substrate 提交 2012-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-31% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.85 Å R-free 0.196
4HVP Structure of complex of synthetic HIV-1 protease with a substrate-based inhibitor at 2.3 Angstroms resolution 提交 1989-08-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	2NC N-{(2S)-2-[(N-acetyl-L-threonyl-L-isoleucyl)amino]hexyl}-L-norleucyl-L-glutaminyl-N~5~-[amino(iminio)methyl]-L-ornithinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
4OBD Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate variant (L449F/S451N) 提交 2014-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, D30N, N88D 突变：Q7K, D25N, D30N, N88D	GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；24% PEG 5000, 0.3M ammonium sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
4OBD Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate variant (L449F/S451N) 提交 2014-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, D30N, N88D 突变：Q7K, D25N, D30N, N88D	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；24% PEG 5000, 0.3M ammonium sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
4OBF Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease Variant (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate variant (S451N) 提交 2014-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, D30N, V64I, N88D 突变：Q7K, D25N, D30N, V64I, N88D	GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；32% Ammonium Sulphate, 63mM Sodium Citrate, 126mM Sodium Phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.68 Å R-free 0.229
4OBF Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease Variant (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate variant (S451N) 提交 2014-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, D30N, V64I, N88D 突变：Q7K, D25N, D30N, V64I, N88D	GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；32% Ammonium Sulphate, 63mM Sodium Citrate, 126mM Sodium Phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.68 Å R-free 0.229
4OBG Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate. 提交 2014-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, D30N, N88D 突变：Q7K, D25N, D30N, N88D	GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；28% PEG 5000, 0.1M ammonium sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.78 Å R-free 0.255
4OBG Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate. 提交 2014-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, D30N, N88D 突变：Q7K, D25N, D30N, N88D	GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；28% PEG 5000, 0.1M ammonium sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.78 Å R-free 0.255
4OBH Crystal Structure of Inactive HIV-1 Protease in Complex with the p1-p6 substrate variant (L449F) 提交 2014-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, V64I 突变：Q7K, D25N, V64I	GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；28% PEG MME 5000, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.209
4OBH Crystal Structure of Inactive HIV-1 Protease in Complex with the p1-p6 substrate variant (L449F) 提交 2014-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, V64I 突变：Q7K, D25N, V64I	GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；28% PEG MME 5000, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.209
4OBJ Crystal Structure of Inactive HIV-1 Protease in Complex with the p1-p6 substrate variant (S451N) 提交 2014-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, V64I 突变：Q7K, D25N, V64I	GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；1.0M Ammonium Sulphate, 0.1M Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.75 Å R-free 0.183
4OBK Crystal structure of inactive HIV-1 protease in complex with the P1-P6 substrate variant (L449F/S451N) 提交 2014-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, V64I, D25N 突变：Q7K, V64I, D25N	GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；1.0M Ammonium sulphate, 0.1M Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.65 Å R-free 0.211
4QJ6 Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (L449F) 提交 2014-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, I50V, A71V 突变：Q7K, D25N, I50V, A71V	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.208
4QJ6 Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (L449F) 提交 2014-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, I50V, A71V 突变：Q7K, D25N, I50V, A71V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.208
4QJ7 Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (R452S) 提交 2014-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, N25D, D25N, I50V, A71V 突变：Q7K, N25D, D25N, I50V, A71V	PO4 PHOSPHATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.67 Å R-free 0.229
4QJ7 Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (R452S) 提交 2014-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, N25D, D25N, I50V, A71V 突变：Q7K, N25D, D25N, I50V, A71V	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.67 Å R-free 0.229
4QJ8 Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (P453L) 提交 2014-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, I50V, A71V 突变：Q7K, D25N, I50V, A71V	GOL GLYCEROL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
4QJ8 Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (P453L) 提交 2014-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, I50V, A71V 突变：Q7K, D25N, I50V, A71V	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
4QJ9 Crystal structure of inactive HIV-1 protease in complex with p1-p6 substrate variant (R452S) 提交 2014-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, N25D, D25N, A71V 突变：Q7K, N25D, D25N, A71V	PO4 PHOSPHATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.83 Å R-free 0.207
4QJA Crystal structure of inactive HIV-1 protease in complex with p1-p6 substrate variant (P453L) 提交 2014-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N 突变：Q7K, D25N	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.54 Å R-free 0.178
7HVP X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN A SYNTHETIC PROTEASE OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 AND A SUBSTRATE-BASED HYDROXYETHYLAMINE INHIBITOR 提交 1990-09-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
8HVP STRUCTURE AT 2.5-ANGSTROMS RESOLUTION OF CHEMICALLY SYNTHESIZED HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 PROTEASE COMPLEXED WITH A HYDROXYETHYLENE*-BASED INHIBITOR 提交 1990-10-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å

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UniProt名称	POL_HV1A2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 57–155 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 57–155

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d4l
沉积日期 deposition_date	1999-10-04
结构标题 title	HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH A MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR
关键词 keywords	HIV, PROTEASE, INHIBITOR, ANTIVIRAL, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.16 Å
零角强度 I(0) i0	8009800.00
分子量 molecular_weight	22025.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28146 Å³
包络体积 envelope_volume	31690 Å³
水化壳体积 shell_volume	15776 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.3 Å
壳层 Rg shell_rg	22.93 Å
包络 Rg envelope_rg	17.49 Å
形状 Rg shape_rg	17.16 Å
总 Rg total_rg	18.17 Å
总原子数 total_atoms	1547
残基数 n_residues	194
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.4 Å
Rg (实空间) rg_real	18.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0100e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0590e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8010000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8119
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.312
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.351
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3133000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HIV-1 PROTEASE
分子量 formula_weight	10765.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.16
突变 mutation	Q7K, L33I, C67(ABA), C95(ABA)
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1721

PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(10S,13S,1'R)-13-[1'-HYDROXY-2'-(N-P-AMINOBENZENESULFONYL-1''-AMINO-3''-METHYLBUTYL)ETHYL]-8,11-DIOXO-10-ISOPROPYL-2-OXA-9,12-DIAZABICYCLO [13.2.2]NONADECA-15,17,18-TRIENE ;
分子量 formula_weight	616.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	121

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1d4la_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

结构域编号 domain_id	d1d4lb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1d4lA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	1d4lB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	51.440 Å
晶胞边长 b length_b	58.770 Å
晶胞边长 c length_c	61.710 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2310

fit	/app/data/saxs_computation/d4/1d4l/1d4l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d4/1d4l/1d4l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d4/1d4l/1d4l.dat