1d5y

CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI ROB TRANSCRIPTION FACTOR IN COMPLEX WITH DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ROB TRANSCRIPTION FACTOR

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(TPGPAPCPAPGPCPAPCPTPGPAPAPTPGPTPCPAPAPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APCPTPTPTPGPAPCPAPTPTPCPAPGPTPGPCPTPGPTPC)-3') ; × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(TPGPAPCPAPGPCPAPCPTPGPAPAPTPGPTPCPAPAPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APCPTPTPTPGPAPCPAPTPTPCPAPGPTPGPCPTPGPTPC)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ROB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–287； UniProt 3–289 作者链 B； PDB构建体 1–287； UniProt 3–289 作者链 C； PDB构建体 1–287； UniProt 3–289 作者链 D； PDB构建体 1–287； UniProt 3–289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d5y
沉积日期 deposition_date	1999-10-12
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI ROB TRANSCRIPTION FACTOR IN COMPLEX WITH DNA
关键词 keywords	Protein-DNA complex, Rob Transcription factor, DNA, transcription-DNA COMPLEX; transcription/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1d5y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1d5y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1d5y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.47 Å
Rg（电子密度）	39.47 Å
总 Rg	39.19 Å
原子数	5493
残基数	618
排除体积	95029 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1d5y__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1d5y__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPAPCPAPGPCPAPCPTPGPAPAPTPGPTPCPAPAPAP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	6480.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M,O
原子数 atom_count	10986

TGACAGCACTGAATGTCAAAG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPTPTPTPGPAPCPAPTPTPCPAPGPTPGPCPTPGPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	6404.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N,P

ACTTTGACATTCAGTGCTGTC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ROB TRANSCRIPTION FACTOR
分子量 formula_weight	33394.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,C,B

QAGIIRDLLIWLEGHLDQPLSLDNVAAKAGYSKWHLQRMFKDVTGHAIGAYIRARRLSKSAVALRLTARPILDIALQYRFDSQQTFTRAFKKQFAQTPALYRRSPEWSAFGIRPPLRLGEFTMPEHKFVTLEDTPLIGVTQSYSCSLEQISDFRHEMRYQFWHDFLGNAPTIPPVLYGLNETRPSQDKDDEQEVFYTTALAQDQADGYVLTGHPVMLQGGEYVMFTYEGLGTGVQEFILTVYGTCMPMLNLTRRKGQDIERYYPAEDAKAGDRPINLRCELLIPIRRKLAAA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d1d5ya1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5ya2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5ya3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.60 — Probable bacterial effector-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.60.1 — Probable bacterial effector-binding domain
家族 Family family	d.60.1.2 — Rob transcription factor, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5ya4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1d5yb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5yb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5yb3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.60 — Probable bacterial effector-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.60.1 — Probable bacterial effector-binding domain
家族 Family family	d.60.1.2 — Rob transcription factor, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5yb4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1d5yc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5yc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5yc3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.60 — Probable bacterial effector-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.60.1 — Probable bacterial effector-binding domain
家族 Family family	d.60.1.2 — Rob transcription factor, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5yc4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1d5yd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5yd2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5yd3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.60 — Probable bacterial effector-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.60.1 — Probable bacterial effector-binding domain
家族 Family family	d.60.1.2 — Rob transcription factor, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5yd4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1d5yA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	80 — Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulatory factor, effector binding domain

结构域编号 domain_id	1d5yB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	80 — Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulatory factor, effector binding domain

结构域编号 domain_id	1d5yC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	80 — Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulatory factor, effector binding domain

结构域编号 domain_id	1d5yD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	80 — Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulatory factor, effector binding domain

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晶胞边长 a length_a	75.384 Å
晶胞边长 b length_b	208.012 Å
晶胞边长 c length_c	67.731 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2540
R_work r_work	0.2540
R_free r_free	0.3020

CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI ROB TRANSCRIPTION FACTOR IN COMPLEX WITH DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ROB TRANSCRIPTION FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1d5y__assembly_1__model_1

1d5y__assembly_1__model_1 | I(q)

1d5y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI ROB TRANSCRIPTION FACTOR IN COMPLEX WITH DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ROB TRANSCRIPTION FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1d5y__assembly_1__model_1

1d5y__assembly_1__model_1 | I(q)

1d5y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)