1d5y

CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI ROB TRANSCRIPTION FACTOR IN COMPLEX WITH DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 153.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ROB TRANSCRIPTION FACTOR

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 3–289 链 B； UniProt 3–289	片段：RESIDUES 3-289, KLAAA EXTENSION AFTER RESIDUE 289	;DNA (5'-D(TPGPAPCPAPGPCPAPCPTPGPAPAPTPGPTPCPAPAPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APCPTPTPTPGPAPCPAPTPTPCPAPGPTPGPCPTPGPTPC)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；Peg 8000, MES, MgCl2, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.302
2	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 3–289 链 D； UniProt 3–289	片段：RESIDUES 3-289, KLAAA EXTENSION AFTER RESIDUE 289	;DNA (5'-D(TPGPAPCPAPGPCPAPCPTPGPAPAPTPGPTPCPAPAPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APCPTPTPTPGPAPCPAPTPTPCPAPGPTPGPCPTPGPTPC)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；Peg 8000, MES, MgCl2, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.302

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D5Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7VWY Cryo-EM structure of Rob-dependent transcription activation complex in a unique conformation 提交 2021-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 G 1–289（289 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.57 Å
7VWZ Cryo-EM structure of Rob-dependent transcription activation complex in a unique conformation 提交 2021-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 G 1–289（289 aa）链 I 1–289（289 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ROB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–287； UniProt 3–289 作者链 B； PDB构建体 1–287； UniProt 3–289 作者链 C； PDB构建体 1–287； UniProt 3–289 作者链 D； PDB构建体 1–287； UniProt 3–289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d5y
沉积日期 deposition_date	1999-10-12
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI ROB TRANSCRIPTION FACTOR IN COMPLEX WITH DNA
关键词 keywords	Protein-DNA complex, Rob Transcription factor, DNA, transcription-DNA COMPLEX; transcription/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.20 Å
零角强度 I(0) i0	439645000.00
分子量 molecular_weight	157230.0 kDa
排除体积 excluded_volume	190060 Å³
包络体积 envelope_volume	303730 Å³
水化壳体积 shell_volume	54985 Å³
包络直径 envelope_diameter	162.6 Å
壳层 Rg shell_rg	50.55 Å
包络 Rg envelope_rg	45.34 Å
形状 Rg shape_rg	47.28 Å
总 Rg total_rg	47.08 Å
总原子数 total_atoms	10986
残基数 n_residues	1236
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.4 Å
Rg (实空间) rg_real	46.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	439600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8798
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.250
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.380
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.832

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPAPCPAPGPCPAPCPTPGPAPAPTPGPTPCPAPAPAP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	6480.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M,O
原子数 atom_count	10986

TGACAGCACTGAATGTCAAAG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPTPTPTPGPAPCPAPTPTPCPAPGPTPGPCPTPGPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	6404.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N,P

ACTTTGACATTCAGTGCTGTC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ROB TRANSCRIPTION FACTOR
分子量 formula_weight	33394.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,C,B

QAGIIRDLLIWLEGHLDQPLSLDNVAAKAGYSKWHLQRMFKDVTGHAIGAYIRARRLSKSAVALRLTARPILDIALQYRFDSQQTFTRAFKKQFAQTPALYRRSPEWSAFGIRPPLRLGEFTMPEHKFVTLEDTPLIGVTQSYSCSLEQISDFRHEMRYQFWHDFLGNAPTIPPVLYGLNETRPSQDKDDEQEVFYTTALAQDQADGYVLTGHPVMLQGGEYVMFTYEGLGTGVQEFILTVYGTCMPMLNLTRRKGQDIERYYPAEDAKAGDRPINLRCELLIPIRRKLAAA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d1d5ya1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5ya2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5ya3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.60 — Probable bacterial effector-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.60.1 — Probable bacterial effector-binding domain
家族 Family family	d.60.1.2 — Rob transcription factor, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5ya4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1d5yb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5yb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5yb3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.60 — Probable bacterial effector-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.60.1 — Probable bacterial effector-binding domain
家族 Family family	d.60.1.2 — Rob transcription factor, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5yb4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1d5yc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5yc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5yc3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.60 — Probable bacterial effector-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.60.1 — Probable bacterial effector-binding domain
家族 Family family	d.60.1.2 — Rob transcription factor, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5yc4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1d5yd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5yd2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.8 — AraC type transcriptional activator

结构域编号 domain_id	d1d5yd3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.60 — Probable bacterial effector-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.60.1 — Probable bacterial effector-binding domain
家族 Family family	d.60.1.2 — Rob transcription factor, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5yd4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1d5yA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	80 — Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulatory factor, effector binding domain

结构域编号 domain_id	1d5yB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	80 — Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulatory factor, effector binding domain

结构域编号 domain_id	1d5yC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	80 — Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulatory factor, effector binding domain

结构域编号 domain_id	1d5yD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1d5yD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	80 — Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulatory factor, effector binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.384 Å
晶胞边长 b length_b	208.012 Å
晶胞边长 c length_c	67.731 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2540
R_work r_work	0.2540
R_free r_free	0.3020

fit	/app/data/saxs_computation/d5/1d5y/1d5y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d5/1d5y/1d5y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d5/1d5y/1d5y.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI ROB TRANSCRIPTION FACTOR IN COMPLEX WITH DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ROB TRANSCRIPTION FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)