SAXSdb — 1d6j

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;ADENOSINE-5'PHOSPHOSULFATE KINASE ;

Penicillium chrysogenum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–211 链 B； UniProt 1–211	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：BATCH；pH 6；298 K；1.0 M NA/K TARTRATE, O.1 M MES, PH 6.0, 0.5% POLYETHYLINIMINE, BATCH, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D6J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M7G Crystal structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Ternary structure with ADP and APS 提交 2002-07-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 AV2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-2',3'-VANADATE × 1 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.43 Å R-free 0.205
1M7G Crystal structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Ternary structure with ADP and APS 提交 2002-07-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–211（211 aa）链 D 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 AV2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-2',3'-VANADATE × 1 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.43 Å R-free 0.205
1M7G Crystal structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Ternary structure with ADP and APS 提交 2002-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）链 C 1–211（211 aa）链 D 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 AV2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-2',3'-VANADATE × 2 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.43 Å R-free 0.205
1M7G Crystal structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Ternary structure with ADP and APS 提交 2002-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）链 C 1–211（211 aa）链 D 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 AV2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-2',3'-VANADATE × 2 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.43 Å R-free 0.205
1M7G Crystal structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Ternary structure with ADP and APS 提交 2002-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）链 C 1–211（211 aa）链 D 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 AV2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-2',3'-VANADATE × 2 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.43 Å R-free 0.205
1M7H Crystal Structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Structure with APS soaked out of one dimer 提交 2002-07-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
1M7H Crystal Structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Structure with APS soaked out of one dimer 提交 2002-07-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–211（211 aa）链 D 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
1M7H Crystal Structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Structure with APS soaked out of one dimer 提交 2002-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）链 C 1–211（211 aa）链 D 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 12 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
1M7H Crystal Structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Structure with APS soaked out of one dimer 提交 2002-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）链 C 1–211（211 aa）链 D 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 12 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
3CR7 Crystal structure of N-terminal truncation of APS Kinase from Penicillium chrysogenum: Ternary structure with ADP and PAPS 提交 2008-04-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–211（189 aa）片段：UNP residues 23-211 链 B 23–211（189 aa）片段：UNP residues 23-211	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PPS 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE SULFATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；bis tris, PEG 3350, ammonium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.279
3CR7 Crystal structure of N-terminal truncation of APS Kinase from Penicillium chrysogenum: Ternary structure with ADP and PAPS 提交 2008-04-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 23–211（189 aa）片段：UNP residues 23-211 链 D 23–211（189 aa）片段：UNP residues 23-211	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PPS 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE SULFATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；bis tris, PEG 3350, ammonium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.279

共 3 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAPS_PENCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–211； UniProt 1–211 作者链 B； PDB构建体 1–211； UniProt 1–211

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d6j
沉积日期 deposition_date	1999-10-13
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF ADENOSINE 5'-PHOSPHOSULFATE (APS) KINASE FROM PENICILLIUM CHRYSOGENUM
关键词 keywords	APS KINASE, ADENYLYLSULFATE KINASE, SULFATE, NUCLEOTIDE KINASE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.54 Å
零角强度 I(0) i0	27722100.00
分子量 molecular_weight	39696.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49448 Å³
包络体积 envelope_volume	57211 Å³
水化壳体积 shell_volume	23158 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.0 Å
壳层 Rg shell_rg	27.42 Å
包络 Rg envelope_rg	20.93 Å
形状 Rg shape_rg	20.55 Å
总 Rg total_rg	21.38 Å
总原子数 total_atoms	2808
残基数 n_residues	359
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.6 Å
Rg (实空间) rg_real	21.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8259
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.385
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.014
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9296000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.594; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.992

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;ADENOSINE-5'PHOSPHOSULFATE KINASE ;
分子量 formula_weight	23804.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.25
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3006

MSTNITFHASALTRSERTELRNQRGLTIWLTGLSASGKSTLAVELEHQLVRDRRVHAYRLDGDNIRFGLNKDLGFSEADRNENIRRIAEVAKLFADSNSIAITSFISPYRKDRDTARQLHEVATPGEETGLPFVEVYVDVPVEVAEQRDPKGLYKKAREGVIKEFTGISAPYEAPANPEVHVKNYELPVQDAVKQIIDYLDTKGYLPAKKE

来源 Source

来源生物 organism	Penicillium chrysogenum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5076
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	L(+)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	198

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1d6ja_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.4 — Adenosine-5'phosphosulfate kinase (APS kinase)

结构域编号 domain_id	d1d6jb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.4 — Adenosine-5'phosphosulfate kinase (APS kinase)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1d6jA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1d6jB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	78.862 Å
晶胞边长 b length_b	83.484 Å
晶胞边长 c length_c	141.951 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	36.490 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2490

fit	/app/data/saxs_computation/d6/1d6j/1d6j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d6/1d6j/1d6j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d6/1d6j/1d6j.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF ADENOSINE 5'-PHOSPHOSULFATE (APS) KINASE FROM PENICILLIUM CHRYSOGENUM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;ADENOSINE-5'PHOSPHOSULFATE KINASE ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction