SAXSdb — 1d6s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O-ACETYLSERINE SULFHYDRYLASE

Salmonella typhimurium

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–322 链 B； UniProt 1–322	突变：K41A	MET METHIONINE × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；297 K；30 % PEG 4000 8 % ETHANOL 100 MM TRIS (PH 7.0) 150 MM LI2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYSK_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322 作者链 B； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d6s
沉积日期 deposition_date	1999-10-15
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE K41A MUTANT OF O-ACETYLSERINE SULFHYDRYLASE COMPLEXED IN EXTERNAL ALDIMINE LINKAGE WITH METHIONINE
关键词 keywords	CYSTEINE BIOSYNTHESIS, BETA REPLACEMENT ENZYME, PLP, K41A, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.36 Å
零角强度 I(0) i0	76812200.00
分子量 molecular_weight	69502.0 kDa
排除体积 excluded_volume	87562 Å³
包络体积 envelope_volume	101250 Å³
水化壳体积 shell_volume	33414 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.1 Å
壳层 Rg shell_rg	32.73 Å
包络 Rg envelope_rg	24.62 Å
形状 Rg shape_rg	24.37 Å
总 Rg total_rg	25.20 Å
总原子数 total_atoms	4882
残基数 n_residues	644
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.0 Å
Rg (实空间) rg_real	25.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	76810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8849
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.232
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.374
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.980

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	O-ACETYLSERINE SULFHYDRYLASE
分子量 formula_weight	34412.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.99.8
突变 mutation	K41A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5115

SKIYEDNSLTIGHTPLVRLNRIGNGRILAKVESRNPSFSVACRIGANMIWDAEKRGVLKPGVELVEPTNGNTGIALAYVAAARGYKLTLTMPETMSIERRKLLKALGANLVLTEGAKGMKGAIQKAEEIVASDPQKYLLLQQFSNPANPEIHEKTTGPEIWEDTDGQVDVFISGVGTGGTLTGVTRYIKGTKGKTDLITVAVEPTDSPVIAQALAGEEIKPGPHKIQGIGAGFIPGNLDLKLIDKVVGITNEEAISTARRLMEEEGILAGISSGAAVAAALKLQEDESFTNKNIVVILPSSGERYLSTALFADLFTEKELQQ

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	602
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	METHIONINE
分子量 formula_weight	149.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	233

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1d6sa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family family	c.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

结构域编号 domain_id	d1d6sb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family family	c.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1d6sA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	1d6sA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	1d6sB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	1d6sB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	96.940 Å
晶胞边长 b length_b	149.930 Å
晶胞边长 c length_c	53.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	29.670 Å
R 因子 r_factor	0.1740
R_work r_work	0.1740
R_free r_free	0.2230

fit	/app/data/saxs_computation/d6/1d6s/1d6s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d6/1d6s/1d6s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d6/1d6s/1d6s.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE K41A MUTANT OF O-ACETYLSERINE SULFHYDRYLASE COMPLEXED IN EXTERNAL ALDIMINE LINKAGE WITH METHIONINE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O-ACETYLSERINE SULFHYDRYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction