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1d7k

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ORNITHINE DECARBOXYLASE AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.3 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN ORNITHINE DECARBOXYLASE

Homo sapiens

UniProt P11926

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 7–427 链 B； UniProt 7–427 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；20% PEG 3350, 0.2M NaCl, 5mM DTT, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 16K 分辨率 2.10 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1D7K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2ON3 A structural insight into the inhibition of human and Leishmania donovani ornithine decarboxylases by 3-aminooxy-1-aminopropane 提交 2007-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–461（461 aa）
链 B 1–461（461 aa）
未记录 XAP 3-AMINOOXY-1-AMINOPROPANE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；288.15 K；25% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, 2 mM APA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.293
2OO0 A structural insight into the inhibition of human and Leishmania donovani ornithine decarboxylases by 3-aminooxy-1-aminopropane 提交 2007-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–461（461 aa）
链 B 1–461（461 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 3 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 XAP 3-AMINOOXY-1-AMINOPROPANE × 2 N2P PENTANE-1,5-DIAMINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；288.15 K；25% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, O.1M MES, 2mM XAP, 0.3 % cadaverine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288.15K
分辨率 1.90 Å R-free 0.213
4ZGY STRUCTURE of HUMAN ORNITHINE DECARBOXYLASE IN COMPLEX WITH A C-TERMINAL FRAGMENT OF ANTIZYME 提交 2015-04-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–421（420 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-421
未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；100MM MAGNESIUM ACETATE, 50MM MES PH 5.6, 20% 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL(MPD), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K
分辨率 2.63 Å R-free 0.256
5BWA Crystal structure of ODC-PLP-AZ1 ternary complex 提交 2015-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–461（461 aa）
未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；288 K；0.2 M di-Ammonium tartrate, 20% PEG 3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.289
7S3F Structure of cofactor pyridoxal 5-phosphate bound human ornithine decarboxylase in complex with its inhibitor 1-amino-oxy-3-aminopropane 提交 2021-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–424（424 aa）
链 B 1–424（424 aa）
未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 XAP 3-AMINOOXY-1-AMINOPROPANE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；2% tacsimate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, and 16% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 2.49 Å R-free 0.208
7S3G Structure of cofactor pyridoxal 5-phosphate bound human ornithine decarboxylase in complex with citrate at the catalytic center 提交 2021-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–424（424 aa）
链 B 1–424（424 aa）
未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM tri-sodium citrate pH 5.0 and 30% polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 1.66 Å R-free 0.198
7U6P Structure of an intellectual disability-associated ornithine decarboxylase variant G84R 提交 2022-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–424（424 aa）
链 B 1–424（424 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M sodium acetate trihydrate pH 7.0, 20% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 2.35 Å R-free 0.225
7U6U Structure of an intellectual disability-associated ornithine decarboxylase variant G84R in complex with PLP 提交 2022-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–424（424 aa）
链 B 1–424（424 aa）
未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M sodium acetate trihydrate pH 7.0, 20% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.204
9B8M Crystal structure of ornithine decarboxylase in complex with a novel inhibitor 提交 2024-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–422（422 aa）
链 B 1–422（422 aa）
未记录 A1AQO O-{[(3R)-pyrrolidin-3-yl]methyl}hydroxylamine × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Not available
分辨率 2.90 Å R-free 0.223
9B8N Crystal structure of ornithine decarboxylase in complex with a novel inhibitor (10-S) 提交 2024-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–424（424 aa）
链 B 1–424（424 aa）
未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 A1AQP O-{[(3S)-pyrrolidin-3-yl]methyl}hydroxylamine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；not available
分辨率 2.00 Å R-free 0.208

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DCOR_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–421； UniProt 7–427 作者链 B； PDB构建体 1–421； UniProt 7–427

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d7k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d7k
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d7k
沉积日期 deposition_date1999-10-18
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ORNITHINE DECARBOXYLASE AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywords;ALPHA-BETA BARREL, PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE, SHEET-DOMAIN, DECARBOXYLATION, ORNITHINE, LYASE ;; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.92 Å
零角强度 I(0) i0129953000.00
分子量 molecular_weight91349.0 kDa
排除体积 excluded_volume114830 ų
包络体积 envelope_volume143630 ų
水化壳体积 shell_volume40357 ų
包络直径 envelope_diameter98.7 Å
壳层 Rg shell_rg37.18 Å
包络 Rg envelope_rg28.74 Å
形状 Rg shape_rg28.92 Å
总 Rg total_rg29.72 Å
总原子数 total_atoms6423
残基数 n_residues817
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.3 Å
Rg (实空间) rg_real29.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal130000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9042
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.8 Å
偏度 Skewness skewness0.237
峰度 Kurtosis kurtosis-0.495
角度范围 angular_range— – 0.2650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha51040000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.922
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1d7ka1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.49 — Domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase-like
超家族 Superfamily superfamilyb.49.2 — Alanine racemase C-terminal domain-like
家族 Family familyb.49.2.3 — Eukaryotic ODC-like
结构域编号 domain_idd1d7ka2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.6 — PLP-binding barrel
家族 Family familyc.1.6.1 — Alanine racemase-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1d7kb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.49 — Domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase-like
超家族 Superfamily superfamilyb.49.2 — Alanine racemase C-terminal domain-like
家族 Family familyb.49.2.3 — Eukaryotic ODC-like
结构域编号 domain_idd1d7kb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.6 — PLP-binding barrel
家族 Family familyc.1.6.1 — Alanine racemase-like, N-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1d7kA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology37 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id1d7kA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alanine racemase
结构域编号 domain_id1d7kB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology37 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id1d7kB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alanine racemase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)