SAXSdb — 1d8i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MRNA TRIPHOSPHATASE CET1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 241–549	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.34；295 K；0.1M MES, 38% SATURATED (NH4)2SO4, 5MM DTT STABILIZED IN 2.5M AMSO4 + BUFFER, pH 6.34, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.05 Å R-free 0.270
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 241–549 链 C； UniProt 241–549	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.34；295 K；0.1M MES, 38% SATURATED (NH4)2SO4, 5MM DTT STABILIZED IN 2.5M AMSO4 + BUFFER, pH 6.34, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.05 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D8I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D8H X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST RNA TRIPHOSPHATASE IN COMPLEX WITH SULFATE AND MANGANESE IONS. 提交 1999-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 241–549（309 aa）链 B 241–549（309 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.34；295 K；0.1M MES, 38% SATURATED (NH4)2SO4, 5MM DTT STABILIZED IN 2.5M AMSO4 + BUFFER, 200MM MNCL2 IN STABILIZATION CONDITION FOR MANGANESE COMPLEX, pH 6.34, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.310
1D8H X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST RNA TRIPHOSPHATASE IN COMPLEX WITH SULFATE AND MANGANESE IONS. 提交 1999-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 241–549（309 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.34；295 K；0.1M MES, 38% SATURATED (NH4)2SO4, 5MM DTT STABILIZED IN 2.5M AMSO4 + BUFFER, 200MM MNCL2 IN STABILIZATION CONDITION FOR MANGANESE COMPLEX, pH 6.34, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.310
3KYH Saccharomyces cerevisiae Cet1-Ceg1 capping apparatus 提交 2009-12-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 241–549（309 aa）片段：Triphosphatase domain 链 B 241–549（309 aa）片段：Triphosphatase domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；1.0 M ammonium citrate, 0.1 M sodium citrate, 1.0% PEG (polyethylene glycerol) 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.298

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CET1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–311； UniProt 241–549 作者链 B； PDB构建体 3–311； UniProt 241–549 作者链 C； PDB构建体 3–311； UniProt 241–549

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d8i
沉积日期 deposition_date	1999-10-24
结构标题 title	X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST RNA TRIPHOSPHATASE IN COMPLEX WITH A SULFATE ION.
关键词 keywords	;RNA TRIPHOSPHATASE, BETA SUBUNIT, POLYNUCLEOTIDE 5'-TRIPHOSPHATASE, MRNA PROCESSING, MRNA CAPPING, NUCLEAR PROTEIN BETA BARREL, CATALYTIC DOMAIN, DIMER, SULFATE COMPLEX, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.12 Å
零角强度 I(0) i0	148957000.00
分子量 molecular_weight	98130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	123020 Å³
包络体积 envelope_volume	169090 Å³
水化壳体积 shell_volume	40920 Å³
包络直径 envelope_diameter	130.3 Å
壳层 Rg shell_rg	40.09 Å
包络 Rg envelope_rg	36.22 Å
形状 Rg shape_rg	36.12 Å
总 Rg total_rg	36.39 Å
总原子数 total_atoms	6915
残基数 n_residues	864
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.9 Å
Rg (实空间) rg_real	36.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	148900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8266
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.523
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.371
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.737; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.841; Smooth: 0.689

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MRNA TRIPHOSPHATASE CET1
分子量 formula_weight	35691.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.33
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7329

HMYRNVPIWAQKWKPTIKALQSINVKDLKIDPSFLNIIPDDDLTKSVQDWVYATIYSIAPELRSFIELEMKFGVIIDAKGPDRVNPPVSSQCVFTELDAHLTPNIDASLFKELSKYIRGISEVTENTGKFSIIESQTRDSVYRVGLSTQRPRFLRMSTDIKTGRVGQFIEKRHVAQLLLYSPKDSYDVKISLNLELPVPDNDPPEKYKSQSPISERTKDRVSYIHNDSCTRIDITKVENHNQNSKSRQSETTHEVELEINTPALLNAFDNITNDSKEYASLIRTFLNNGTIIRRKLSSLSYEIFEGSKKVM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	414

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1d8ia_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.63 — CYTH-like phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.63.1 — CYTH-like phosphatases
家族 Family family	d.63.1.1 — mRNA triphosphatase CET1

结构域编号 domain_id	d1d8ib_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.63 — CYTH-like phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.63.1 — CYTH-like phosphatases
家族 Family family	d.63.1.1 — mRNA triphosphatase CET1

结构域编号 domain_id	d1d8ic_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.63 — CYTH-like phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.63.1 — CYTH-like phosphatases
家族 Family family	d.63.1.1 — mRNA triphosphatase CET1

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1d8iA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — mRNA triphosphatase Cet1-like

结构域编号 domain_id	1d8iB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — mRNA triphosphatase Cet1-like

结构域编号 domain_id	1d8iC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — mRNA triphosphatase Cet1-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	121.358 Å
晶胞边长 b length_b	116.095 Å
晶胞边长 c length_c	82.310 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2026
R_free r_free	0.2696

fit	/app/data/saxs_computation/d8/1d8i/1d8i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d8/1d8i/1d8i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d8/1d8i/1d8i.dat

X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST RNA TRIPHOSPHATASE IN COMPLEX WITH A SULFATE ION.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MRNA TRIPHOSPHATASE CET1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction