SAXSdb — 1d8s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly	聚集状态	实体与构建体证据	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 3 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：trimeric	实体 1：F1 ATPASE (ALPHA SUBUNIT) × 1 实体 2：F1 ATPASE (BETA SUBUNIT) × 1 实体 3：F1 ATPASE (GAMMA SUBUNIT) × 1 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；Tris, PEG 8000, glycerol, NaCl, MgSO4, LiSO4, NaN3, EDTA, AMP-PNP, ATP, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 4.40 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 2 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：dimeric	实体 1：F1 ATPASE (ALPHA SUBUNIT) × 1 实体 2：F1 ATPASE (BETA SUBUNIT) × 1 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；Tris, PEG 8000, glycerol, NaCl, MgSO4, LiSO4, NaN3, EDTA, AMP-PNP, ATP, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 4.40 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 2 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：dimeric	实体 1：F1 ATPASE (ALPHA SUBUNIT) × 1 实体 2：F1 ATPASE (BETA SUBUNIT) × 1 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；Tris, PEG 8000, glycerol, NaCl, MgSO4, LiSO4, NaN3, EDTA, AMP-PNP, ATP, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 4.40 Å

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d8s
沉积日期 deposition_date	1999-10-25
结构标题 title	ESCHERICHIA COLI F1 ATPASE
关键词 keywords	HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.46 Å
零角强度 I(0) i0	1154570000.00
分子量 molecular_weight	172200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	169190 Å³
包络体积 envelope_volume	434420 Å³
水化壳体积 shell_volume	84094 Å³
包络直径 envelope_diameter	157.3 Å
壳层 Rg shell_rg	49.58 Å
包络 Rg envelope_rg	40.43 Å
形状 Rg shape_rg	42.44 Å
总 Rg total_rg	42.79 Å
总原子数 total_atoms	12282
残基数 n_residues	3070
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.7 Å
Rg (实空间) rg_real	42.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1550e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9040e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1155000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8795
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	55.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.095
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.411
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	212600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.943

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	F1 ATPASE (ALPHA SUBUNIT)
分子量 formula_weight	41889.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.34
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	12283

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	F1 ATPASE (BETA SUBUNIT)
分子量 formula_weight	39762.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.34
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	F1 ATPASE (GAMMA SUBUNIT)
分子量 formula_weight	18230.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.34
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d1d8sa_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamily	i.3.1 — ATP synthase
家族 Family family	i.3.1.1 — ATP synthase

结构域编号 domain_id	d1d8sb_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamily	i.3.1 — ATP synthase
家族 Family family	i.3.1.1 — ATP synthase

结构域编号 domain_id	d1d8sc_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamily	i.3.1 — ATP synthase
家族 Family family	i.3.1.1 — ATP synthase

结构域编号 domain_id	d1d8sd_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamily	i.3.1 — ATP synthase
家族 Family family	i.3.1.1 — ATP synthase

结构域编号 domain_id	d1d8se_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamily	i.3.1 — ATP synthase
家族 Family family	i.3.1.1 — ATP synthase

结构域编号 domain_id	d1d8sf_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamily	i.3.1 — ATP synthase
家族 Family family	i.3.1.1 — ATP synthase

结构域编号 domain_id	d1d8sg_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamily	i.3.1 — ATP synthase
家族 Family family	i.3.1.1 — ATP synthase

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	180.680 Å
晶胞边长 b length_b	197.520 Å
晶胞边长 c length_c	237.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.400 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/d8/1d8s/1d8s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d8/1d8s/1d8s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d8/1d8s/1d8s.dat

ESCHERICHIA COLI F1 ATPASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目的 assembly 组成

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)