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CRYSTALL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF DNA POLYMERASE I KLENOW FRAGMENT WITH SHORT DNA FRAGMENT CARRYING 2'-0-AMINOPROPYL-RNA MODIFICATIONS 5'-D(TCG)-AP(AUC)-3'
1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures
当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。
七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。
当前条目的 assembly 组成
| Assembly | 聚集状态 | 实体与构建体证据 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 / DNA 1 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：dimeric | 实体 1：5'-D(*TP*CP*GP)-R(AP*(U31)P*(C31))-3' × 1 实体 2：DNA POLYMERASE I × 1 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间 | 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 实体 2片段：KLENOW FRAGMENT | ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；295 K；SODIUM CITRATE, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | 分辨率 2.18 Å R-free 0.238 |
页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。
SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
2. 结构基本信息 2. Structure Basics
| 条目编号 entry_id | 1d9d |
| 沉积日期 deposition_date | 1999-10-27 |
| 结构标题 title | CRYSTALL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF DNA POLYMERASE I KLENOW FRAGMENT WITH SHORT DNA FRAGMENT CARRYING 2'-0-AMINOPROPYL-RNA MODIFICATIONS 5'-D(TCG)-AP(AUC)-3' |
| 关键词 keywords | ;KLENOW FRAGMENT, 2'-O-AMINOPROPYL NUCLEOTIDES, TRANSFERASE/DNA, RNA COMPLEX, TRANSFERASE-DNA ;; TRANSFERASE/DNA, RNA |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)
| 回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier | 27.85 Å |
| 回转半径 Rg (电子) rg_electron | 27.26 Å |
| 零角强度 I(0) i0 | 79947400.00 |
| 分子量 molecular_weight | 69109.0 kDa |
| 排除体积 excluded_volume | 86095 ų |
| 包络体积 envelope_volume | 107540 ų |
| 水化壳体积 shell_volume | 32934 ų |
| 包络直径 envelope_diameter | 95.2 Å |
| 壳层 Rg shell_rg | 34.64 Å |
| 包络 Rg envelope_rg | 27.14 Å |
| 形状 Rg shape_rg | 27.29 Å |
| 总 Rg total_rg | 27.92 Å |
| 总原子数 total_atoms | 4844 |
| 残基数 n_residues | 602 |
| 球谐函数阶数 n_harmonics | 20 |
| q 范围 q_range | — – 0.5000 Å−1 |
| 数据点数 n_points | 101 |
| 壳层类型 shell_type | directional |
| 溶剂电子密度 solvent_density | 0.3340 e/ų |
| 壳层衬度 contrast_shell | 0.0300 e/ų |
| CRYSOL 版本 crysol_version | 4.1.3 |
4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)
| 最大尺寸 Dmax dmax | 89.0 Å |
| Rg (实空间) rg_real | 27.78 Å |
| Rg 误差 (实空间) rg_real_error | 0.57 Å |
| I(0) (实空间) i0_real | 7.9950e+07 |
| I(0) 误差 (实空间) i0_real_error | 1.0760e+06 |
| Rg (倒空间) rg_reciprocal | 27.80 Å |
| I(0) (倒空间) i0_reciprocal | 79950000.0000 |
| 解质量估计 total_estimate | 0.9001 |
| 解质量评级 solution_quality | EXCELLENT a EXCELLENT solution |
| P(r) 峰数 n_peaks | 2 |
| 主峰位置 r_peak_primary | 34.4 Å |
| 偏度 Skewness skewness | 0.253 |
| 峰度 Kurtosis kurtosis | -0.401 |
| 角度范围 angular_range | — – 0.2850 Å−1 |
| 当前正则化参数 α current_alpha | 0.0000 |
| 最高正则化参数 α highest_alpha | 21350000.0000 |
| 实空间数据点数 n_real_points | 58 |
| GNOM 版本 gnom_version | 4.1.3 |
| 质量判据 quality_criteria | AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.945 |
5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment
6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)
7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains
SCOP 2.08 (2 domains)
| 结构域编号 domain_id | d1d9da1 |
| 类 Class class | c — Alpha and beta proteins (a/b) |
| 折叠类型 Fold fold | c.55 — Ribonuclease H-like motif |
| 超家族 Superfamily superfamily | c.55.3 — Ribonuclease H-like |
| 家族 Family family | c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease |
| 结构域编号 domain_id | d1d9da2 |
| 类 Class class | e — Multi-domain proteins (alpha and beta) |
| 折叠类型 Fold fold | e.8 — DNA/RNA polymerases |
| 超家族 Superfamily superfamily | e.8.1 — DNA/RNA polymerases |
| 家族 Family family | e.8.1.1 — DNA polymerase I |
CATH v4.4 (4 domains)
| 结构域编号 domain_id | 1d9dA01 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 420 — Nucleotidyltransferase; domain 5 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H |
| 结构域编号 domain_id | 1d9dA02 |
| 类 Class class | 1 — Mainly Alpha |
| 架构 Architecture architecture | 20 — Up-down Bundle |
| 拓扑 Topology topology | 1060 — Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 |
| 结构域编号 domain_id | 1d9dA03 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 70 — Alpha-Beta Plaits |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 370 — |
| 结构域编号 domain_id | 1d9dA04 |
| 类 Class class | 1 — Mainly Alpha |
| 架构 Architecture architecture | 10 — Orthogonal Bundle |
| 拓扑 Topology topology | 150 — DNA polymerase; domain 1 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain |