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1d9n

SOLUTION STRUCTURE OF THE METHYL-CPG-BINDING DOMAIN OF THE METHYLATION-DEPENDENT TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR MBD1/PCM1

Method: SOLUTION NMR Dmax: 34.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

METHYL-CPG-BINDING PROTEIN MBD1

Homo sapiens

UniProt Q9UIS9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–75 片段：METHYL-CPG-BINDING DOMAIN OF MBD1 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM KCL；压力 1 NMR样品组成：1.3MM MBD U-15N,13C; 20MM PHOSPHATE BUFFER; 50MM KCL; 5MM DTT 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1D9N Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1IG4 Solution Structure of the Methyl-CpG-Binding Domain of Human MBD1 in Complex with Methylated DNA 提交 2001-04-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–75（75 aa） 片段：Methyl-CpG-binding domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；303 K
NMR样品组成 1.3mM MBD1(U-15N,13C)-DNA Complex; 20mM phosphate buffer | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.3mM MBD1(U-15N,13C)-DNA Complex; 20mM phosphate buffer | 100% D2O
NMR样品组成 1mM MBD1(U-15N)-DNA Complex; 20mM phosphate buffer | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
4D4W Solution structure of human MBD1 CXXC1 domain 提交 2014-10-31 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 167–222（56 aa） 片段：RESIDUES 167-222
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.25；压力 1.0
NMR测量条件 pH 7.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.25；压力 1.0
NMR样品组成 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
5W9Q Zinc finger region of MBD1 in complex with CpG DNA 提交 2017-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 330–388（59 aa） 片段：Zinc finger region (UNP residues 330-388)
未记录 ZN ZINC ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；25% PEG-400, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M hepes
分辨率 1.80 Å R-free 0.253
5W9Q Zinc finger region of MBD1 in complex with CpG DNA 提交 2017-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 330–388（59 aa） 片段：Zinc finger region (UNP residues 330-388)
未记录 ZN ZINC ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；25% PEG-400, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M hepes
分辨率 1.80 Å R-free 0.253
6D1T Complex of MBD1-MBD and methylated DNA 提交 2018-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–77（77 aa） 片段：residues 1-77
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；30% PEG-550-MME, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES
分辨率 2.25 Å R-free 0.269

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MBD1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d9n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d9n
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d9n
沉积日期 deposition_date1999-10-28
结构标题 titleSOLUTION STRUCTURE OF THE METHYL-CPG-BINDING DOMAIN OF THE METHYLATION-DEPENDENT TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR MBD1/PCM1
关键词 keywordsMBD, METHYL-CPG, PCM1, METHYLATION, DNA BINDING DOMAIN, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.88 Å
零角强度 I(0) i0654334000.00
分子量 molecular_weight212690.0 kDa
排除体积 excluded_volume265020 ų
包络体积 envelope_volume50492 ų
水化壳体积 shell_volume21876 ų
包络直径 envelope_diameter64.0 Å
壳层 Rg shell_rg25.91 Å
包络 Rg envelope_rg19.10 Å
形状 Rg shape_rg12.80 Å
总 Rg total_rg13.56 Å
总原子数 total_atoms29575
残基数 n_residues1875
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax34.8 Å
Rg (实空间) rg_real12.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.03 Å
I(0) (实空间) i0_real6.2480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal654300000.0000
解质量估计 total_estimate0.6812
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary15.0 Å
偏度 Skewness skewness0.267
峰度 Kurtosis kurtosis-0.327
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha3.1490
最高正则化参数 α highest_alpha8365000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.002; Oscil: 0.972; Stabil: 0.986; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1d9na_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.10 — DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyd.10.1 — DNA-binding domain
家族 Family familyd.10.1.3 — Methyl-CpG-binding domain, MBD

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1d9nA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology890 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)