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1d9v

HAEMOPHILUS INFLUENZAE FERRIC-BINDING PROTEIN APO FORM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (iron-utilization periplasmic protein)

Haemophilus influenzae

UniProt P35755

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 24–332 未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；PEG 1450, HEPES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 17K 分辨率 1.75 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1D9V Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1MRP FERRIC-BINDING PROTEIN FROM HAEMOPHILUS INFLUENZAE 提交 1997-05-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–332（309 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.6；20% PEG 4000, 400 MM IMIDAZOLE/MALATE PH 6.6, 200 MM NACL
分辨率 1.60 Å R-free 0.240
1NNF Crystal Structure Analysis of Haemophlius Influenzae Ferric-ion Binding Protein H9Q Mutant Form 提交 2003-01-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–332（309 aa）
突变：H9Q FE FE (III) ION × 1 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；PEG 5000, Tris HCl, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.10 Å R-free 0.180
1QVS Crystal Structure of Haemophilus influenzae H9A mutant Holo Ferric ion-Binding Protein A 提交 2003-08-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–332（309 aa）
突变：H9A FE FE (III) ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；PEG 550 MME, Tris, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.10 Å R-free 0.226
1QW0 Crystal Structure of Haemophilus influenzae N175L mutant Holo Ferric ion-Binding Protein A 提交 2003-08-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–332（309 aa）
突变：N175L FE FE (III) ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；PEG 550 MME, Tris, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.271
2O68 Crystal Structure of Haemophilus influenzae Q58L mutant FbpA 提交 2006-12-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–332（309 aa）
突变：Q58L FE FE (III) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 550 MME, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
分辨率 1.70 Å R-free 0.248
2O69 Crystal Structure of Haemophilus influenzae N193L mutant FbpA 提交 2006-12-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–332（309 aa）
突变：N193L FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 550 MME, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.259
2O6A Crystal structure of the Haemophilus influenzae E57A mutant FbpA 提交 2006-12-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–332（309 aa）
突变：E57A FE FE (III) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；277 K；PEG 550 MME, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K, pH 8.50
分辨率 1.80 Å R-free 0.250
3KN7 Crystal Structure of Haemophilus influenzae Y195A mutant Holo Ferric ion-Binding Protein A 提交 2009-11-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–332（309 aa）
突变：Y195A FE FE (III) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；34% PEG 550 MME, 0.1 M Tris pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.71 Å R-free 0.237
3KN8 Crystal Structure of Haemophilus influenzae Y196A mutant Holo Ferric ion-Binding Protein A 提交 2009-11-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–332（309 aa）
突变：Y196A FE FE (III) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；28% PEG 550 MME, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.89 Å R-free 0.235
3OD7 Haemophilus influenzae ferric binding protein A -Iron Loaded 提交 2010-08-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–332（309 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；303 K；18% PEG 4000, 0.4M Imidazole/Malate, 0.2M NaCl, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
分辨率 1.80 Å R-free 0.250
3ODB Haemophilus influenzae ferric binding protein A -Iron Loaded -open Conformation 提交 2010-08-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–332（309 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；25% PEG 1000, 0.1 M MES, pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.62 Å R-free 0.252

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FBPA_HAEIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–309； UniProt 24–332

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d9v

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d9v
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d9v
沉积日期 deposition_date1999-10-30
结构标题 titleHAEMOPHILUS INFLUENZAE FERRIC-BINDING PROTEIN APO FORM
关键词 keywordsFERRIC, BINDING PROTEIN, IRON, APO FORM, PERIPLASMIC PROTEIN, ABC CASSETTE RECEPTOR PROTEIN, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.94 Å
零角强度 I(0) i019032100.00
分子量 molecular_weight33821.0 kDa
排除体积 excluded_volume42670 ų
包络体积 envelope_volume49414 ų
水化壳体积 shell_volume20817 ų
包络直径 envelope_diameter67.4 Å
壳层 Rg shell_rg26.13 Å
包络 Rg envelope_rg19.98 Å
形状 Rg shape_rg19.91 Å
总 Rg total_rg20.89 Å
总原子数 total_atoms2387
残基数 n_residues309
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.9 Å
Rg (实空间) rg_real20.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19030000.0000
解质量估计 total_estimate0.8255
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.5 Å
偏度 Skewness skewness0.277
峰度 Kurtosis kurtosis-0.427
角度范围 angular_range— – 0.3800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6013000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1d9va_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1d9vA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1d9vA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)