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1dap

C. GLUTAMICUM DAP DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH NADP+

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DIAMINOPIMELIC ACID DEHYDROGENASE

Corynebacterium glutamicum

UniProt P04964

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–320 链 B； UniProt 1–320 未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；13-17% PEG 8000 IN 100 MM NA-CACODYLATE, PH 6.5, 150-300 MM MG-ACETATE CRYSTAL 分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1DAP Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1F06 THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE TERNARY COMPLEX OF CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM DIAMINOPIMELATE DEHYDROGENASE NADPH-L-2-AMINO-6-METHYLENE-PIMELATE 提交 2000-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–320（320 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；PEG 8000, magnesium acetate, cacodylate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.10 Å R-free 0.209
1F06 THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE TERNARY COMPLEX OF CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM DIAMINOPIMELATE DEHYDROGENASE NADPH-L-2-AMINO-6-METHYLENE-PIMELATE 提交 2000-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–320（320 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 2NP L-2-AMINO-6-METHYLENE-PIMELIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；PEG 8000, magnesium acetate, cacodylate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.10 Å R-free 0.209
1F06 THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE TERNARY COMPLEX OF CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM DIAMINOPIMELATE DEHYDROGENASE NADPH-L-2-AMINO-6-METHYLENE-PIMELATE 提交 2000-05-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–320（320 aa）
链 B 1–320（320 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 2NP L-2-AMINO-6-METHYLENE-PIMELIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；PEG 8000, magnesium acetate, cacodylate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.10 Å R-free 0.209
2DAP C. GLUTAMICUM DAP DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH DAP 提交 1997-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–320（320 aa）
未记录 API 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；13-17% PEG 8000 IN 100 MM NA-CACODYLATE, PH 6.5, 150-300 MM MG-ACETATE CRYSTAL
分辨率 2.20 Å R-free 0.258
3DAP C. GLUTAMICUM DAP DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH NADP+ AND THE INHIBITOR 5S-ISOXAZOLINE 提交 1997-12-29 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–320（320 aa）
链 B 1–320（320 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 DA3 (2S,5',S)-2-AMINO-3-(3-CARBOXY-2-ISOXAZOLIN-5-YL)PROPANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；13-17% PEG 8000 IN 100 MM NA-CACODYLATE, PH 6.5, 150-300 MM MG-ACETATE CRYSTAL
分辨率 2.20 Å R-free 0.233
5LOA Crystal structure of the engineered D-Amino Acid Dehydrogenase (DAADH) bound to NADP+ 提交 2016-08-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–320（319 aa）
链 B 2–320（319 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5 and 20% PEG 3350
分辨率 1.84 Å R-free 0.206
5LOC Crystal structure of the engineered D-Amino Acid Dehydrogenase (DAADH) 提交 2016-08-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–320（319 aa）
链 B 2–320（319 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.12 M monosaccharides, 0.1 M Buffer System 3 pH 8.5, 30%, P500MME_P20K
分辨率 2.04 Å R-free 0.255

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DDH_CORGL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 B； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1dap

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1dap
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dap
沉积日期 deposition_date1996-07-08
结构标题 titleC. GLUTAMICUM DAP DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH NADP+
关键词 keywordsNADP, DEHYDROGENASE, D-AMINO ACID DEHYDROGENASE, LYSINE BIOSYNTHESIS, ASYMMETRIC DIMER, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.94 Å
零角强度 I(0) i091947800.00
分子量 molecular_weight71514.0 kDa
排除体积 excluded_volume87772 ų
包络体积 envelope_volume106250 ų
水化壳体积 shell_volume33192 ų
包络直径 envelope_diameter93.4 Å
壳层 Rg shell_rg34.09 Å
包络 Rg envelope_rg27.15 Å
形状 Rg shape_rg26.94 Å
总 Rg total_rg27.60 Å
总原子数 total_atoms5031
残基数 n_residues640
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.0 Å
Rg (实空间) rg_real27.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real9.1950e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal91950000.0000
解质量估计 total_estimate0.8931
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.2 Å
偏度 Skewness skewness0.363
峰度 Kurtosis kurtosis-0.313
角度范围 angular_range— – 0.2850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17830000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.889
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1dapa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.3 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1dapa2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.81 — FwdE/GAPDH domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.81.1 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, C-terminal domain
家族 Family familyd.81.1.3 — Dihydrodipicolinate reductase-like
结构域编号 domain_idd1dapb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.3 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1dapb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.81 — FwdE/GAPDH domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.81.1 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, C-terminal domain
家族 Family familyd.81.1.3 — Dihydrodipicolinate reductase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1dapA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1dapA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
结构域编号 domain_id1dapB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1dapB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)