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1dci

DIENOYL-COA ISOMERASE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 86.6 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DIENOYL-COA ISOMERASE

Rattus norvegicus

UniProt Q62651

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 54–327 链 B； UniProt 54–327 链 C； UniProt 54–327 未记录 SO4 SULFATE ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.75；pH 8.75 分辨率 1.50 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ECH1_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–275； UniProt 54–327 作者链 B； PDB构建体 2–275； UniProt 54–327 作者链 C； PDB构建体 2–275； UniProt 54–327

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1dci

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1dci
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dci
沉积日期 deposition_date1998-02-13
结构标题 titleDIENOYL-COA ISOMERASE
关键词 keywordsLYASE, DIENOYL-COA ISOMERASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.46 Å
零角强度 I(0) i0142031000.00
分子量 molecular_weight92437.0 kDa
排除体积 excluded_volume115160 ų
包络体积 envelope_volume135680 ų
水化壳体积 shell_volume39408 ų
包络直径 envelope_diameter86.1 Å
壳层 Rg shell_rg36.38 Å
包络 Rg envelope_rg27.81 Å
形状 Rg shape_rg27.43 Å
总 Rg total_rg28.37 Å
总原子数 total_atoms6447
残基数 n_residues825
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.6 Å
Rg (实空间) rg_real28.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal142000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9104
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary33.1 Å
偏度 Skewness skewness0.177
峰度 Kurtosis kurtosis-0.573
角度范围 angular_range— – 0.2750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35870000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.962
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1dcia_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.3 — Crotonase-like
结构域编号 domain_idd1dcib_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.3 — Crotonase-like
结构域编号 domain_idd1dcic_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.3 — Crotonase-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1dciA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id1dciA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology12 — Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id1dciB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id1dciB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology12 — Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id1dciC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id1dciC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology12 — Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)