SAXSdb — 1dcl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MCG

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–235 链 B； UniProt 21–235	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DCL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A8J IMMUNOGLOBULIN LAMBDA LIGHT CHAIN DIMER (MCG) COMPLEX WITH ASPARTAME 提交 1998-03-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 21–235（215 aa）链 L 21–235（215 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PME N-L-ALPHA-ASPARTYL L-PHENYLALANINE 1-METHYL ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN FRESH 1.9M AMMONIUM SULFATE BUFFERED AT PH 6.2 WITH PHOSPHATE AND THE MOTHER LIQUOR WAS SATURATED WITH ASPARTAME.	分辨率 2.70 Å R-free 0.380
2MCG THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A LIGHT CHAIN DIMER CRYSTALLIZED IN WATER. CONFORMATIONAL FLEXIBILITY OF A MOLECULE IN TWO CRYSTAL FORMS 提交 1989-05-09	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 21–235（215 aa）链 2 21–235（215 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
4UNT Induced monomer of the Mcg variable domain 提交 2014-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–110（110 aa）片段：LIGHT-CHAIN VARIABLE DOMAIN, RESIDUES 1-110 链 B 1–110（110 aa）片段：LIGHT-CHAIN VARIABLE DOMAIN, RESIDUES 1-110 链 C 1–110（110 aa）片段：LIGHT-CHAIN VARIABLE DOMAIN, RESIDUES 1-110 链 D 1–110（110 aa）片段：LIGHT-CHAIN VARIABLE DOMAIN, RESIDUES 1-110 链 E 1–110（110 aa）片段：LIGHT-CHAIN VARIABLE DOMAIN, RESIDUES 1-110 链 F 1–110（110 aa）片段：LIGHT-CHAIN VARIABLE DOMAIN, RESIDUES 1-110 链 G 1–110（110 aa）片段：LIGHT-CHAIN VARIABLE DOMAIN, RESIDUES 1-110 链 H 1–110（110 aa）片段：LIGHT-CHAIN VARIABLE DOMAIN, RESIDUES 1-110	突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.5M LICL, 1.65M (NH4)2SO4, pH 8	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
4UNU MCG - a dimer of lambda variable domains 提交 2014-05-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–110（110 aa）片段：LIGHT-CHAIN VARIABLE DOMAIN, RESIDUES 1-110 链 B 1–110（110 aa）片段：LIGHT-CHAIN VARIABLE DOMAIN, RESIDUES 1-110	未记录	15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；2M NACL, 2M (NH4)2SO4, pH 8	分辨率 0.95 Å R-free 0.130
4UNV Covalent dimer of lambda variable domains 提交 2014-05-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–110（110 aa）片段：LIGHT-CHAIN VARIABLE DOMAIN, RESIDUES 1-110	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1M CH3COONA PH4.6, 2M (NH4)2SO4	分辨率 1.60 Å R-free 0.258
5ACL Mcg immunoglobulin variable domain with sulfasalazine 提交 2015-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–110（110 aa）片段：IG LAMBDA CHAIN V-II REGION MGC	未记录	SAS 2-HYDROXY-(5-([4-(2-PYRIDINYLAMINO)SULFONYL]PHENYL)AZO)BENZOIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.2 M TRI-POTASSIUM CITRATE, 2.2 M (NH4)2SO4, 0.5 M SULFASALAZINE, pH 8.5	分辨率 1.49 Å R-free 0.187
5ACM Mcg immunoglobulin variable domain with methylene blue 提交 2015-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–110（110 aa）片段：IG LAMBDA CHAIN V-II REGION MGC	未记录	MBT 3,7-BIS(DIMETHYLAMINO)PHENOTHIAZIN-5-IUM × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.2 M NH4CL, 2.2 M (NH4)2SO4, 0.5 M METHYLENE BLUE, pH 8.5	分辨率 1.05 Å R-free 0.122
5ACM Mcg immunoglobulin variable domain with methylene blue 提交 2015-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–110（110 aa）片段：IG LAMBDA CHAIN V-II REGION MGC	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.2 M NH4CL, 2.2 M (NH4)2SO4, 0.5 M METHYLENE BLUE, pH 8.5	分辨率 1.05 Å R-free 0.122

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LV2F_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–216； UniProt 21–235 作者链 B； PDB构建体 2–216； UniProt 21–235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dcl
沉积日期 deposition_date	1995-10-16
结构标题 title	MCG, A LAMBDA V TYPE LIGHT-CHAIN DIMER (BENCE-JONES PROTEIN), CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE
关键词 keywords	IMMUNOGLOBULIN, BENCE JONES, ANTIBODY, MULTIPLE QUATERNARY STRUCTURES; IMMUNOGLOBULIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.66 Å
零角强度 I(0) i0	36752900.00
分子量 molecular_weight	45562.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56425 Å³
包络体积 envelope_volume	69040 Å³
水化壳体积 shell_volume	24599 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.3 Å
壳层 Rg shell_rg	30.56 Å
包络 Rg envelope_rg	23.47 Å
形状 Rg shape_rg	23.64 Å
总 Rg total_rg	24.51 Å
总原子数 total_atoms	3208
残基数 n_residues	432
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36750000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9022
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.300
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.421
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4757000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.949

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1dcla1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1dcla2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1dclb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1dclb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1dclA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1dclA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1dclB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1dclB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	72.300 Å
晶胞边长 b length_b	72.300 Å
晶胞边长 c length_c	185.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1400
R_free r_free	—

描述 description	MCG
分子量 formula_weight	22818.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3621

MCG, A LAMBDA V TYPE LIGHT-CHAIN DIMER (BENCE-JONES PROTEIN), CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MCG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	413

fit	/app/data/saxs_computation/dc/1dcl/1dcl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dc/1dcl/1dcl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dc/1dcl/1dcl.dat