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1dct

DNA (CYTOSINE-5) METHYLASE FROM HAEIII COVALENTLY BOUND TO DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (MODIFICATION METHYLASE HAEIII)

物种未注明

UniProt P20589

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 ;DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*(C49)P*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*(C5M)P*CP*TP*GP*CP*TP*GP*G)-3') ; × 1 CALCIUM ION × 1 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 ;DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*(C49)P*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*(C5M)P*CP*TP*GP*CP*TP*GP*G)-3') ; × 1 CALCIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1dct 1dct 3ubt 3ubt 3ubt

共 5 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTH3_HAEAE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–324； UniProt 1–324 作者链 B； PDB构建体 1–324； UniProt 1–324

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dct
沉积日期 deposition_date1995-05-17
结构标题 titleDNA (CYTOSINE-5) METHYLASE FROM HAEIII COVALENTLY BOUND TO DNA
关键词 keywordsENZYME, CYTOSINE METHYLASE, TRANSFERASE-DNA COMPLEX; TRANSFERASE/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1dct__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1dct__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1dct__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）22.53 Å
Rg（电子密度）21.46 Å
总 Rg22.41 Å
原子数3485
残基数358
排除体积57460 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1dct__assembly_1__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1dct__assembly_2__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1dcta_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamilyc.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family familyc.66.1.26 — C5 cytosine-specific DNA methylase, DCM
结构域编号 domain_idd1dctb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamilyc.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family familyc.66.1.26 — C5 cytosine-specific DNA methylase, DCM

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1dctA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id1dctA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — DNA Methylase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNA Methylase, subunit A, domain 2
结构域编号 domain_id1dctB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id1dctB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — DNA Methylase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNA Methylase, subunit A, domain 2
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7. 引用文献 (2)