SAXSdb — 1dct

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (MODIFICATION METHYLASE HAEIII)

物种未注明

UniProt P20589

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–324	未记录	;DNA (5'-D(APCPCPAPGPCPAPGPGP(C49)PCPAPCPCPAPGPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPCPAPCPTPGPGPTPGPGP(C5M)PCPTPGPCPTPGPG)-3') ; × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K	分辨率 2.80 Å R-free 0.326
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–324	未记录	;DNA (5'-D(APCPCPAPGPCPAPGPGP(C49)PCPAPCPCPAPGPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPCPAPCPTPGPGPTPGPGP(C5M)PCPTPGPCPTPGPG)-3') ; × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K	分辨率 2.80 Å R-free 0.326

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DCT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3UBT Crystal Structure of C71S Mutant of DNA Cytosine-5 Methyltransferase M.HaeIII Bound to DNA 提交 2011-10-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 Y 1–330（330 aa）	突变：C71S	CL CHLORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；26-27% (v/v) pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 100 mM ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.221
3UBT Crystal Structure of C71S Mutant of DNA Cytosine-5 Methyltransferase M.HaeIII Bound to DNA 提交 2011-10-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–330（330 aa）	突变：C71S	CL CHLORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；26-27% (v/v) pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 100 mM ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.221
3UBT Crystal Structure of C71S Mutant of DNA Cytosine-5 Methyltransferase M.HaeIII Bound to DNA 提交 2011-10-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–330（330 aa）	突变：C71S	CL CHLORIDE ION × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；26-27% (v/v) pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 100 mM ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.221

共 1 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTH3_HAEAE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–324； UniProt 1–324 作者链 B； PDB构建体 1–324； UniProt 1–324

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dct
沉积日期 deposition_date	1995-05-17
结构标题 title	DNA (CYTOSINE-5) METHYLASE FROM HAEIII COVALENTLY BOUND TO DNA
关键词 keywords	ENZYME, CYTOSINE METHYLASE, TRANSFERASE-DNA COMPLEX; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.04 Å
零角强度 I(0) i0	181716000.00
分子量 molecular_weight	95408.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114040 Å³
包络体积 envelope_volume	143060 Å³
水化壳体积 shell_volume	38732 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.7 Å
壳层 Rg shell_rg	37.79 Å
包络 Rg envelope_rg	30.76 Å
形状 Rg shape_rg	31.03 Å
总 Rg total_rg	31.55 Å
总原子数 total_atoms	6908
残基数 n_residues	713
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.4 Å
Rg (实空间) rg_real	31.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	181700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8933
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.347
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.504
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.931

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPCPAPGPCPAPGPGP(C49)PCPAPCPCPAPGPTPG)-3') ;
分子量 formula_weight	5559.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,G
原子数 atom_count	6908

ACCAGCAGGCCACCAGTG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPCPAPCPTPGPGPTPGPGP(C5M)PCPTPGPCPTPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	5553.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M,N

TCACTGGTGGCCTGCTGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (MODIFICATION METHYLASE HAEIII)
分子量 formula_weight	37093.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.73
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MNLISLFSGAGGLDLGFQKAGFRIICANEYDKSIWKTYESNHSAKLIKGDISKISSDEFPKCDGIIGGPPCQSWSEGGSLRGIDDPRGKLFYEYIRILKQKKPIFFLAENVKGMMAQRHNKAVQEFIQEFDNAGYDVHIILLNANDYGVAQDRKRVFYIGFRKELNINYLPPIPHLIKPTFKDVIWDLKDNPIPALDKNKTNGNKCIYPNHEYFIGSYSTIFMSRNRVRQWNEPAFTVQASGRQCQLHPQAPVMLKVSKNLNKFVEGKEHLYRRLTVRECARVQGFPDDFIFHYESLNDGYKMIGNAVPVNLAYEIAKTIKSAL

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1dcta_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.26 — C5 cytosine-specific DNA methylase, DCM

结构域编号 domain_id	d1dctb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.26 — C5 cytosine-specific DNA methylase, DCM

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1dctA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	1dctA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — DNA Methylase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Methylase, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	1dctB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	1dctB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — DNA Methylase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Methylase, subunit A, domain 2

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	57.570 Å
晶胞边长 b length_b	108.040 Å
晶胞边长 c length_c	155.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2260
R_free r_free	0.3260

fit	/app/data/saxs_computation/dc/1dct/1dct.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dc/1dct/1dct.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dc/1dct/1dct.dat

DNA (CYTOSINE-5) METHYLASE FROM HAEIII COVALENTLY BOUND TO DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (MODIFICATION METHYLASE HAEIII)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)