SAXSdb — 1ddl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 180 RNA 120	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 60 ;RNA (5'-R(PUP*U)-3') ; × 60 water × 240	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 3 RNA 2	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PUP*U)-3') ; × 1 water × 4	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 15 RNA 10	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 5 ;RNA (5'-R(PUP*U)-3') ; × 5 water × 20	与全部聚合物一致
4	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 18 RNA 12	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 6 ;RNA (5'-R(PUP*U)-3') ; × 6 water × 24	与全部聚合物一致
5	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 3 RNA 2	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PUP*U)-3') ; × 1 water × 4	与全部聚合物一致
6	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 15 RNA 10	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 5 ;RNA (5'-R(PUP*U)-3') ; × 5 water × 20	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O89511_9VIRU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188 作者链 B； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188 作者链 C； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ddl
沉积日期 deposition_date	1999-11-10
结构标题 title	DESMODIUM YELLOW MOTTLE TYMOVIRUS
关键词 keywords	PLANT VIRUS, DYMV, CAPSID PROTEIN, COAT PROTEIN, TYMOVIRUSES, WATER STRUCTURE, RNA, Icosahedral virus, Virus-RNA COMPLEX; Virus/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ddl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ddl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ddl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	129.10 Å
总 Rg	129.10 Å
原子数	258420
残基数	33600
排除体积	4613700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ddl__assembly_1__model_1`	300-MERIC （300）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ddl__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1ddl__assembly_3__model_1`	25-meric （25）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1ddl__assembly_4__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1ddl__assembly_5__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`1ddl__assembly_6__model_1`	25-meric （25）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	2098.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	4670

UUUUUUU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	567.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

UU

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
分子量 formula_weight	20011.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

MEQDKILAHQASLNTKPSLLPPPVGNPPPVISYPFQITLASLGTEDAADSVSIASNSVLATYTALYRHAQLKHLKATIHPTYMAPKYPTSVALVWVPANSTATSTQVLDTYGGLHFCIGGSVNSVKPIDVEANLTNLNPIIKASTTFTDTPKLLYYSKAQATAPTSPTCYLTIQGQIELSSPLLQASS

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	285

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1ddla_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.6 — Tymoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1ddlb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.6 — Tymoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1ddlc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.6 — Tymoviridae-like VP

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1ddlA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1ddlB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1ddlC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	348.546 Å
晶胞边长 b length_b	348.546 Å
晶胞边长 c length_c	348.546 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	360

空间群 space_group	P 42 3 2
空间群编号 int_tables_number	208
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1520
R_work r_work	0.1510
R_free r_free	0.1590

DESMODIUM YELLOW MOTTLE TYMOVIRUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ddl__assembly_1__model_1

1ddl__assembly_1__model_1 | I(q)

1ddl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

DESMODIUM YELLOW MOTTLE TYMOVIRUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ddl__assembly_1__model_1

1ddl__assembly_1__model_1 | I(q)

1ddl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)