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1ddw

HOMER EVH1 DOMAIN UNLIGANDED

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 47.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLGF-DOMAIN PROTEIN HOMER

Rattus norvegicus

UniProt Q9Z214

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 4–123 片段：HOMER EVH1 DOMAIN RESIDUES 1-120 突变：NONE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG 3350, Magnesium sulfate, Hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1DDW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DDV CRYSTAL STRUCTURE OF THE HOMER EVH1 DOMAIN WITH BOUND MGLUR PEPTIDE 提交 1999-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 4–114（111 aa） 片段：HOMER EVH1 RESIDUES 1-111
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG 3350, SODIUM ACETATE, TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.278
1DDV CRYSTAL STRUCTURE OF THE HOMER EVH1 DOMAIN WITH BOUND MGLUR PEPTIDE 提交 1999-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 4–114（111 aa） 片段：HOMER EVH1 RESIDUES 1-111
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG 3350, SODIUM ACETATE, TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.278
1I2H CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PSD-ZIP45(HOMER1C/VESL-1L)CONSERVED HOMER 1 DOMAIN 提交 2001-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–163（163 aa） 片段：N-TERMINAL CONSERVED HOMER 1 REGION (CH1 DOMAIN)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.218
3CVE Crystal Structure of the carboxy terminus of Homer1 提交 2008-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 302–366（65 aa） 片段：Coiled-coil region, UNP residues 302-366
链 B 302–366（65 aa） 片段：Coiled-coil region, UNP residues 302-366
链 C 302–366（65 aa） 片段：Coiled-coil region, UNP residues 302-366
链 D 302–366（65 aa） 片段：Coiled-coil region, UNP residues 302-366
突变：L308M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：L308M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：L308M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：L308M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6；297 K；0.1 M MES, 0.1 M ammonium sulfate, 16% PEG1000, 10% glycerol, pH 6.0, hanging drop, temperature 297K
分辨率 1.75 Å R-free 0.289
3CVE Crystal Structure of the carboxy terminus of Homer1 提交 2008-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 302–366（65 aa） 片段：Coiled-coil region, UNP residues 302-366
链 B 302–366（65 aa） 片段：Coiled-coil region, UNP residues 302-366
突变：L308M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：L308M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6；297 K；0.1 M MES, 0.1 M ammonium sulfate, 16% PEG1000, 10% glycerol, pH 6.0, hanging drop, temperature 297K
分辨率 1.75 Å R-free 0.289
3CVE Crystal Structure of the carboxy terminus of Homer1 提交 2008-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 302–366（65 aa） 片段：Coiled-coil region, UNP residues 302-366
链 D 302–366（65 aa） 片段：Coiled-coil region, UNP residues 302-366
突变：L308M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：L308M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6；297 K；0.1 M MES, 0.1 M ammonium sulfate, 16% PEG1000, 10% glycerol, pH 6.0, hanging drop, temperature 297K
分辨率 1.75 Å R-free 0.289

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HOME1_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–120； UniProt 4–123

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ddw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ddw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ddw
沉积日期 deposition_date1999-11-11
结构标题 titleHOMER EVH1 DOMAIN UNLIGANDED
关键词 keywordsPLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN FOLD, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.54 Å
零角强度 I(0) i03355260.00
分子量 molecular_weight12753.0 kDa
排除体积 excluded_volume15865 ų
包络体积 envelope_volume17808 ų
水化壳体积 shell_volume11335 ų
包络直径 envelope_diameter47.0 Å
壳层 Rg shell_rg19.08 Å
包络 Rg envelope_rg13.90 Å
形状 Rg shape_rg13.47 Å
总 Rg total_rg14.90 Å
总原子数 total_atoms896
残基数 n_residues109
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax47.8 Å
Rg (实空间) rg_real14.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3550e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3410e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3355000.0000
解质量估计 total_estimate0.8935
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.4 Å
偏度 Skewness skewness0.112
峰度 Kurtosis kurtosis-0.381
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha444000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.993
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1ddwa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.4 — Enabled/VASP homology 1 domain (EVH1 domain)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1ddwA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)