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1ddz

X-RAY STRUCTURE OF A BETA-CARBONIC ANHYDRASE FROM THE RED ALGA, PORPHYRIDIUM PURPUREUM R-1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CARBONIC ANHYDRASE

Porphyridium purpureum

UniProt Q43060

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 76–571 链 B； UniProt 76–571 未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；293 K；PEG4000, AMMONIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.20 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q43060_9RHOD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–496； UniProt 76–571 作者链 B； PDB构建体 1–496； UniProt 76–571

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ddz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ddz
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ddz
沉积日期 deposition_date1999-11-12
结构标题 titleX-RAY STRUCTURE OF A BETA-CARBONIC ANHYDRASE FROM THE RED ALGA, PORPHYRIDIUM PURPUREUM R-1
关键词 keywordsALPHA-BETA-ALPHA, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.48 Å
零角强度 I(0) i0191278000.00
分子量 molecular_weight106800.0 kDa
排除体积 excluded_volume132470 ų
包络体积 envelope_volume154540 ų
水化壳体积 shell_volume44156 ų
包络直径 envelope_diameter98.5 Å
壳层 Rg shell_rg36.90 Å
包络 Rg envelope_rg27.80 Å
形状 Rg shape_rg27.48 Å
总 Rg total_rg28.28 Å
总原子数 total_atoms7488
残基数 n_residues962
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.7 Å
Rg (实空间) rg_real28.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal191300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8815
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.4 Å
偏度 Skewness skewness0.212
峰度 Kurtosis kurtosis-0.349
角度范围 angular_range— – 0.2800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha74000000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.960
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1ddza1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.53 — Resolvase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.53.2 — beta-carbonic anhydrase, cab
家族 Family familyc.53.2.1 — beta-carbonic anhydrase, cab
结构域编号 domain_idd1ddza2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.53 — Resolvase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.53.2 — beta-carbonic anhydrase, cab
家族 Family familyc.53.2.1 — beta-carbonic anhydrase, cab
结构域编号 domain_idd1ddzb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.53 — Resolvase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.53.2 — beta-carbonic anhydrase, cab
家族 Family familyc.53.2.1 — beta-carbonic anhydrase, cab
结构域编号 domain_idd1ddzb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.53 — Resolvase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.53.2 — beta-carbonic anhydrase, cab
家族 Family familyc.53.2.1 — beta-carbonic anhydrase, cab

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1ddzA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1050 — Beta-carbonic Anhydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Carbonic anhydrase
结构域编号 domain_id1ddzA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1050 — Beta-carbonic Anhydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Carbonic anhydrase
结构域编号 domain_id1ddzB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1050 — Beta-carbonic Anhydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Carbonic anhydrase
结构域编号 domain_id1ddzB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1050 — Beta-carbonic Anhydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Carbonic anhydrase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)