SAXSdb — 1dh3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTION FACTOR CREB

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 201–255 链 C； UniProt 201–255	片段：RESIDUES 201-255	;DNA (5'-D(CPCPTPTPGPGPCPTPGPAPCPGPTPCPAPGPCPCPAPAP*G)-3') ; × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；PEG 8000, MGCL2, (NH4)2SO4, MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K	分辨率 3.00 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CREB1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–55； UniProt 201–255 作者链 C； PDB构建体 1–55； UniProt 201–255

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dh3
沉积日期 deposition_date	1999-11-27
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A CREB BZIP-CRE COMPLEX REVEALS THE BASIS FOR CREB FAIMLY SELECTIVE DIMERIZATION AND DNA BINDING
关键词 keywords	PROTEIN-DNA COMPLEX, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.74 Å
零角强度 I(0) i0	20634100.00
分子量 molecular_weight	26197.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29182 Å³
包络体积 envelope_volume	42349 Å³
水化壳体积 shell_volume	16049 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.7 Å
壳层 Rg shell_rg	28.41 Å
包络 Rg envelope_rg	26.21 Å
形状 Rg shape_rg	25.76 Å
总 Rg total_rg	25.96 Å
总原子数 total_atoms	1787
残基数 n_residues	152
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20630000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8171
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.531
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.417
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1146000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.759; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.423; Smooth: 0.919

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCPTPTPGPGPCPTPGPAPCPGPTPCPAPGPCPCPAPAP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	6424.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,D
原子数 atom_count	1804

CCTTGGCTGACGTCAGCCAAG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TRANSCRIPTION FACTOR CREB
分子量 formula_weight	6686.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C

KREVRLMKNREAARESRRKKKEYVKSLENRVAVLENQNKTLIEELKALKDLYSHK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1dh3a_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

结构域编号 domain_id	d1dh3c_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1dh3A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1dh3C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	110.610 Å
晶胞边长 b length_b	49.320 Å
晶胞边长 c length_c	79.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	122.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.2800

fit	/app/data/saxs_computation/dh/1dh3/1dh3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dh/1dh3/1dh3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dh/1dh3/1dh3.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF A CREB BZIP-CRE COMPLEX REVEALS THE BASIS FOR CREB FAIMLY SELECTIVE DIMERIZATION AND DNA BINDING

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTION FACTOR CREB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)