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1dj0

THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PSEUDOURIDINE SYNTHASE I AT 1.5 ANGSTROM RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.3 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PSEUDOURIDINE SYNTHASE I

Escherichia coli

UniProt P07649

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 7–270 链 B； UniProt 7–270 未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICRODIALYSIS；pH 6.5；298 K；MES BUFFER, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 298K 分辨率 1.50 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1DJ0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2NQP Crystal structure of pseudoudirinde synthase TruA in complex with leucyl tRNA 提交 2006-10-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 C 7–270（264 aa）
链 D 7–270（264 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20% PEG 3350, 0.2 M K3 Citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.279
2NQP Crystal structure of pseudoudirinde synthase TruA in complex with leucyl tRNA 提交 2006-10-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 7–270（264 aa）
链 B 7–270（264 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20% PEG 3350, 0.2 M K3 Citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.279
2NR0 Crystal structure of pseudoudirinde synthase TruA in complex with leucyl tRNA 提交 2006-11-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 7–270（264 aa）
链 B 7–270（264 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20% PEG 3350, 0.2 M K3 Citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.90 Å R-free 0.350
2NR0 Crystal structure of pseudoudirinde synthase TruA in complex with leucyl tRNA 提交 2006-11-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 7–270（264 aa）
链 D 7–270（264 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20% PEG 3350, 0.2 M K3 Citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.90 Å R-free 0.350
2NRE Crystal structure of pseudoudirinde synthase TruA in complex with leucyl tRNA 提交 2006-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 7–270（264 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3350, 0.2 M K3 Citrate, 5 mM spermine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 4.00 Å R-free 0.357

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRUA_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–264； UniProt 7–270 作者链 B； PDB构建体 1–264； UniProt 7–270

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1dj0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1dj0
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dj0
沉积日期 deposition_date1999-11-30
结构标题 titleTHE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PSEUDOURIDINE SYNTHASE I AT 1.5 ANGSTROM RESOLUTION
关键词 keywordsALPHA/BETA FOLD, RNA-BINDING MOTIF, RNA-MODIFYING ENZYME, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.43 Å
零角强度 I(0) i059024800.00
分子量 molecular_weight59443.0 kDa
排除体积 excluded_volume74293 ų
包络体积 envelope_volume87883 ų
水化壳体积 shell_volume28994 ų
包络直径 envelope_diameter91.0 Å
壳层 Rg shell_rg32.38 Å
包络 Rg envelope_rg25.50 Å
形状 Rg shape_rg25.42 Å
总 Rg total_rg26.22 Å
总原子数 total_atoms4196
残基数 n_residues528
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.3 Å
Rg (实空间) rg_real26.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real5.9020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.1100e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal59030000.0000
解质量估计 total_estimate0.9027
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.5 Å
偏度 Skewness skewness0.216
峰度 Kurtosis kurtosis-0.534
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15870000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.963
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1dj0a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.265 — Pseudouridine synthase
超家族 Superfamily superfamilyd.265.1 — Pseudouridine synthase
家族 Family familyd.265.1.1 — Pseudouridine synthase I TruA
结构域编号 domain_idd1dj0b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.265 — Pseudouridine synthase
超家族 Superfamily superfamilyd.265.1 — Pseudouridine synthase
家族 Family familyd.265.1.1 — Pseudouridine synthase I TruA

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1dj0A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily660 — Pseudouridine synthase I, catalytic domain, C-terminal subdomain
结构域编号 domain_id1dj0A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily580 — Pseudouridine synthase I, catalytic domain, N-terminal subdomain
结构域编号 domain_id1dj0B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily660 — Pseudouridine synthase I, catalytic domain, C-terminal subdomain
结构域编号 domain_id1dj0B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily580 — Pseudouridine synthase I, catalytic domain, N-terminal subdomain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)