SAXSdb — 1djl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSHYDROGENASE DIII

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 880–1086 链 B； UniProt 880–1086	片段：RESIDUES 837-1086	SO4 SULFATE ION × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；AMMONIUM SULPHATE, MOPS, DIOXANE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DJL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PT9 Crystal Structure Analysis of the DIII Component of Transhydrogenase with a Thio-Nicotinamide Nucleotide Analogue 提交 2003-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 880–1086（207 aa）片段：residues 880-1086	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 TAP 7-THIONICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；ammonium sulfate, peg 400, glycerol, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K	分辨率 2.42 Å R-free 0.278
1PT9 Crystal Structure Analysis of the DIII Component of Transhydrogenase with a Thio-Nicotinamide Nucleotide Analogue 提交 2003-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 880–1086（207 aa）片段：residues 880-1086	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 TAP 7-THIONICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；ammonium sulfate, peg 400, glycerol, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K	分辨率 2.42 Å R-free 0.278
1PT9 Crystal Structure Analysis of the DIII Component of Transhydrogenase with a Thio-Nicotinamide Nucleotide Analogue 提交 2003-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 880–1086（207 aa）片段：residues 880-1086 链 B 880–1086（207 aa）片段：residues 880-1086	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 TAP 7-THIONICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；ammonium sulfate, peg 400, glycerol, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K	分辨率 2.42 Å R-free 0.278
1PT9 Crystal Structure Analysis of the DIII Component of Transhydrogenase with a Thio-Nicotinamide Nucleotide Analogue 提交 2003-06-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 880–1086（207 aa）片段：residues 880-1086 链 B 880–1086（207 aa）片段：residues 880-1086	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 TAP 7-THIONICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；ammonium sulfate, peg 400, glycerol, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K	分辨率 2.42 Å R-free 0.278
1PT9 Crystal Structure Analysis of the DIII Component of Transhydrogenase with a Thio-Nicotinamide Nucleotide Analogue 提交 2003-06-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 880–1086（207 aa）片段：residues 880-1086	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 TAP 7-THIONICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；ammonium sulfate, peg 400, glycerol, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K	分辨率 2.42 Å R-free 0.278
1PT9 Crystal Structure Analysis of the DIII Component of Transhydrogenase with a Thio-Nicotinamide Nucleotide Analogue 提交 2003-06-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 880–1086（207 aa）片段：residues 880-1086	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 TAP 7-THIONICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；ammonium sulfate, peg 400, glycerol, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K	分辨率 2.42 Å R-free 0.278
1U31 recombinant human heart transhydrogenase dIII bound with NADPH 提交 2004-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 880–1086（207 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；ammonium sulphate, MES, dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
1U31 recombinant human heart transhydrogenase dIII bound with NADPH 提交 2004-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 880–1086（207 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；ammonium sulphate, MES, dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
1U31 recombinant human heart transhydrogenase dIII bound with NADPH 提交 2004-07-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 880–1086（207 aa）链 B 880–1086（207 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；ammonium sulphate, MES, dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
1U31 recombinant human heart transhydrogenase dIII bound with NADPH 提交 2004-07-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 880–1086（207 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；ammonium sulphate, MES, dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
1U31 recombinant human heart transhydrogenase dIII bound with NADPH 提交 2004-07-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 880–1086（207 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；ammonium sulphate, MES, dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268

共 2 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NNTM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–207； UniProt 880–1086 作者链 B； PDB构建体 1–207； UniProt 880–1086

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1djl
沉积日期 deposition_date	1999-12-03
结构标题 title	THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TRANSHYDROGENASE DOMAIN III WITH BOUND NADP
关键词 keywords	ROSSMANN FOLD DINUCLEOTIDE BINDING FOLD REVERSE BINDING OF NADP, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.70 Å
零角强度 I(0) i0	29956100.00
分子量 molecular_weight	41195.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51220 Å³
包络体积 envelope_volume	63315 Å³
水化壳体积 shell_volume	21760 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.6 Å
壳层 Rg shell_rg	31.21 Å
包络 Rg envelope_rg	24.77 Å
形状 Rg shape_rg	24.67 Å
总 Rg total_rg	25.58 Å
总原子数 total_atoms	2872
残基数 n_residues	364
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.5 Å
Rg (实空间) rg_real	25.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29960000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8689
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.337
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.658
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9011000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.820; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.899

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRANSHYDROGENASE DIII
分子量 formula_weight	22281.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3002

MNRSLANVILGGYGTTSTAGGKPMEISGTHTEINLDNAIDMIREANSIIITPGYGLCAAKAQYPIADLVKMLTEQGKKVRFGIHPVAGRMPGQLNVLLAEAGVPYDIVLEMDEINHDFPDTDLVLVIGANDTVNSAAQEDPNSIIAGMPVLEVWKSKQVIVMKRSLGVGYAAVDNPIFYKPNTAMLLGDAKKTCDALQAKVRESYQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	80

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1djla_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.4 — Transhydrogenase domain III (dIII)

结构域编号 domain_id	d1djlb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.4 — Transhydrogenase domain III (dIII)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1djlA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	1djlB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	58.104 Å
晶胞边长 b length_b	58.104 Å
晶胞边长 c length_c	250.773 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.2373
R_work r_work	—
R_free r_free	0.2582

fit	/app/data/saxs_computation/dj/1djl/1djl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dj/1djl/1djl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dj/1djl/1djl.dat

THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TRANSHYDROGENASE DOMAIN III WITH BOUND NADP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSHYDROGENASE DIII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction