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1djn

STRUCTURAL AND BIOCHEMICAL CHARACTERIZATION OF RECOMBINANT WILD TYPE TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE FROM METHYLOPHILUS METHYLOTROPHUS (SP. W3A1)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 100.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE

Methylophilus methylotrophus

UniProt P16099

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–729 链 B； UniProt 1–729 未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AND MICROSEEDING；pH 6.5；295 K；PEG 8000, PHOSPHATE BUFFER, SODIUM CHLORIDE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AND MICROSEEDING, temperature 295K 分辨率 2.20 Å R-free 0.185

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1DJN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DJQ STRUCTURAL AND BIOCHEMICAL CHARACTERIZATION OF RECOMBINANT C30A MUTANT OF TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE FROM METHYLOPHILUS METHYLOTROPHUS (SP. W3A1) 提交 1999-12-03 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–729（729 aa）
链 B 1–729（729 aa）
突变：C30A 突变：C30A SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion,hanging drop and microseeding；pH 6.5；295 K；PEG 8000, phosphate buffer, sodium chloride, pH 6.5, vapor diffusion,hanging drop and microseeding, temperature 295.0K
分辨率 2.20 Å R-free 0.187
1O94 Ternary complex between trimethylamine dehydrogenase and electron transferring flavoprotein 提交 2002-12-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–729（729 aa）
链 B 1–729（729 aa）
未记录 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；8% PEG 20000, 8% PEG 750 MME, 0.1-0.3 M SODIUM ACETATE, pH 6.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.212
1O95 Ternary complex between trimethylamine dehydrogenase and electron transferring flavoprotein 提交 2002-12-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–729（729 aa）
链 B 1–729（729 aa）
未记录 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；8% PEG 20000, 8 % PEG 750 MME, 0.1-0.3 M SODIUM ACETATE, pH 6.50
分辨率 3.70 Å R-free 0.353
2TMD CORRELATION OF X-RAY DEDUCED AND EXPERIMENTAL AMINO ACID SEQUENCES OF TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE 提交 1993-10-15 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–729（729 aa）
链 B 1–729（729 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DHTM_METME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–729； UniProt 1–729 作者链 B； PDB构建体 1–729； UniProt 1–729

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1djn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1djn
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1djn
沉积日期 deposition_date1999-12-03
结构标题 titleSTRUCTURAL AND BIOCHEMICAL CHARACTERIZATION OF RECOMBINANT WILD TYPE TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE FROM METHYLOPHILUS METHYLOTROPHUS (SP. W3A1)
关键词 keywordsIRON-SULFUR FLAVOPROTEIN, ELECTRON TRANSFER, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.64 Å
零角强度 I(0) i0446853000.00
分子量 molecular_weight165370.0 kDa
排除体积 excluded_volume204550 ų
包络体积 envelope_volume238990 ų
水化壳体积 shell_volume58634 ų
包络直径 envelope_diameter107.3 Å
壳层 Rg shell_rg41.43 Å
包络 Rg envelope_rg31.81 Å
形状 Rg shape_rg31.64 Å
总 Rg total_rg32.34 Å
总原子数 total_atoms11612
残基数 n_residues1458
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.0 Å
Rg (实空间) rg_real32.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real4.4690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.2790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal446900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8956
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.9 Å
偏度 Skewness skewness0.124
峰度 Kurtosis kurtosis-0.443
角度范围 angular_range— – 0.2450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha219200000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.971
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1djna1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family familyc.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases
结构域编号 domain_idd1djna2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.1 — C-terminal domain of adrenodoxin reductase-like
结构域编号 domain_idd1djna3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.4 — Nucleotide-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.4.1 — Nucleotide-binding domain
家族 Family familyc.4.1.1 — N-terminal domain of adrenodoxin reductase-like
结构域编号 domain_idd1djnb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family familyc.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases
结构域编号 domain_idd1djnb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.1 — C-terminal domain of adrenodoxin reductase-like
结构域编号 domain_idd1djnb3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.4 — Nucleotide-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.4.1 — Nucleotide-binding domain
家族 Family familyc.4.1.1 — N-terminal domain of adrenodoxin reductase-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1djnA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id1djnA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1djnA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id1djnB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id1djnB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1djnB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)