1dkg

CRYSTAL STRUCTURE OF THE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE BOUND TO THE ATPASE DOMAIN OF THE MOLECULAR CHAPERONE DNAK

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.7 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–197 链 B； UniProt 1–197	突变：CHAIN A, B, G122D	MOLECULAR CHAPERONE DNAK × 1 （P04475）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；pH 4.6	分辨率 2.80 Å R-free 0.317

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GRPE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–197； UniProt 1–197 作者链 B； PDB构建体 1–197； UniProt 1–197

MOLECULAR CHAPERONE DNAK

Escherichia coli

UniProt P04475

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–382	片段：ATPASE DOMAIN RESIDUES 3 - 383 突变：CHAIN D, P319L	NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE × 2 （P09372）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；pH 4.6	分辨率 2.80 Å R-free 0.317

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNAK_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–383； UniProt 1–382

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dkg
沉积日期 deposition_date	1997-02-13
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE BOUND TO THE ATPASE DOMAIN OF THE MOLECULAR CHAPERONE DNAK
关键词 keywords	HSP70, GRPE, MOLECULAR CHAPERONE, NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR, COILED-COIL, COMPLEX (HSP24-HSP70), COMPLEX (HSP24-HSP70) complex; COMPLEX (HSP24/HSP70)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.31 Å
零角强度 I(0) i0	87627300.00
分子量 molecular_weight	73482.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92059 Å³
包络体积 envelope_volume	123580 Å³
水化壳体积 shell_volume	34712 Å³
包络直径 envelope_diameter	123.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.06 Å
包络 Rg envelope_rg	32.06 Å
形状 Rg shape_rg	31.31 Å
总 Rg total_rg	31.75 Å
总原子数 total_atoms	5156
残基数 n_residues	685
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.7 Å
Rg (实空间) rg_real	32.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	87620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6265
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.584
峰度 Kurtosis kurtosis	0.184
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9441000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.702; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.904

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE
分子量 formula_weight	21882.9 kDa
突变 mutation	CHAIN A, B, G122D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5183

MSSKEQKTPEGQAPEEIIMDQHEEIEAVEPEASAEQVDPRDEKVANLEAQLAEAQTRERDGILRVKAEMENLRRRTELDIEKAHKFALEKFINELLPVIDSLDRALEVADKANPDMSAMVEDIELTLKSMLDVVRKFGVEVIAETNVPLDPNVHQAIAMVESDDVAPGNVLGIMQKGYTLNGRTIRAAMVTVAKAKA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MOLECULAR CHAPERONE DNAK
分子量 formula_weight	41572.1 kDa
突变 mutation	CHAIN D, P319L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGTFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIELLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1dkga1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.73 — Head domain of nucleotide exchange factor GrpE
超家族 Superfamily superfamily	b.73.1 — Head domain of nucleotide exchange factor GrpE
家族 Family family	b.73.1.1 — Head domain of nucleotide exchange factor GrpE

结构域编号 domain_id	d1dkga2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.9 — Coiled-coil domain of nucleotide exchange factor GrpE
家族 Family family	h.1.9.1 — Coiled-coil domain of nucleotide exchange factor GrpE

结构域编号 domain_id	d1dkgb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.73 — Head domain of nucleotide exchange factor GrpE
超家族 Superfamily superfamily	b.73.1 — Head domain of nucleotide exchange factor GrpE
家族 Family family	b.73.1.1 — Head domain of nucleotide exchange factor GrpE

结构域编号 domain_id	d1dkgb2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.9 — Coiled-coil domain of nucleotide exchange factor GrpE
家族 Family family	h.1.9.1 — Coiled-coil domain of nucleotide exchange factor GrpE

结构域编号 domain_id	d1dkgd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

结构域编号 domain_id	d1dkgd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1dkgA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — GrpE nucleotide exchange factor, coiled-coil domain

结构域编号 domain_id	1dkgA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	22 — Nucleotide Exchange Factor Grpe; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Head domain of nucleotide exchange factor GrpE

结构域编号 domain_id	1dkgB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — GrpE nucleotide exchange factor, coiled-coil domain

结构域编号 domain_id	1dkgB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	22 — Nucleotide Exchange Factor Grpe; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Head domain of nucleotide exchange factor GrpE

结构域编号 domain_id	1dkgD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	1dkgD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1dkgD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	1dkgD04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	149.430 Å
晶胞边长 b length_b	149.430 Å
晶胞边长 c length_c	49.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2230
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.3170

fit	/app/data/saxs_computation/dk/1dkg/1dkg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dk/1dkg/1dkg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dk/1dkg/1dkg.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE BOUND TO THE ATPASE DOMAIN OF THE MOLECULAR CHAPERONE DNAK

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MOLECULAR CHAPERONE DNAK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)