1dky

THE SUBSTRATE BINDING DOMAIN OF DNAK IN COMPLEX WITH A SUBSTRATE PEPTIDE, DETERMINED FROM TYPE 2 NATIVE CRYSTALS

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNAK

物种未注明

UniProt P0A6Y8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 PEPTIDE SUBSTRATE × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 PEPTIDE SUBSTRATE × 4 water × 4 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 PEPTIDE SUBSTRATE × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DNAK_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–219; UniProt 388–606 作者链 B; PDB构建体 1–219; UniProt 388–606

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dky
沉积日期 deposition_date1996-06-03
结构标题 titleTHE SUBSTRATE BINDING DOMAIN OF DNAK IN COMPLEX WITH A SUBSTRATE PEPTIDE, DETERMINED FROM TYPE 2 NATIVE CRYSTALS
关键词 keywordsDNAK, HEAT SHOCK PROTEIN 70 KDA (HSP70), COMPLEX (MOLECULAR CHAPERONE-PEPTIDE), COMPLEX (MOLECULAR CHAPERONE-PEPTIDE) complex; COMPLEX (MOLECULAR CHAPERONE/PEPTIDE)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1dky__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1dky__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1dky__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)23.32 Å
Rg(电子密度)22.40 Å
总 Rg23.26 Å
原子数2971
残基数422
排除体积52252 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1dky__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1dky__assembly_2__model_1 octameric (8) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 1dky__assembly_3__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1dkya1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.8.4 — Heat shock protein 70kD (HSP70), C-terminal subdomain
家族 Family familya.8.4.1 — Heat shock protein 70kD (HSP70), C-terminal subdomain
结构域编号 domain_idd1dkya2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.130 — Heat shock protein 70kD (HSP70), peptide-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyb.130.1 — Heat shock protein 70kD (HSP70), peptide-binding domain
家族 Family familyb.130.1.1 — Heat shock protein 70kD (HSP70), peptide-binding domain
结构域编号 domain_idd1dkyb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.8.4 — Heat shock protein 70kD (HSP70), C-terminal subdomain
家族 Family familya.8.4.1 — Heat shock protein 70kD (HSP70), C-terminal subdomain
结构域编号 domain_idd1dkyb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.130 — Heat shock protein 70kD (HSP70), peptide-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyb.130.1 — Heat shock protein 70kD (HSP70), peptide-binding domain
家族 Family familyb.130.1.1 — Heat shock protein 70kD (HSP70), peptide-binding domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1dkyA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology34 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id1dkyA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id1dkyB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology34 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id1dkyB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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7. 引用文献 (1)