SAXSdb — 1dl2

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CLASS I ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MNS1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–333； UniProt 34–366 作者链 A； PDB构建体 334–511； UniProt 372–549

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dl2
沉积日期 deposition_date	1999-12-08
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I ALPHA-1,2-MANNOSIDASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE AT 1.54 ANGSTROM RESOLUTION
关键词 keywords	ALPHA-ALPHA HELIX BARREL, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1dl2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1dl2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1dl2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.35 Å
Rg（电子密度）	21.96 Å
总 Rg	22.87 Å
原子数	4260
残基数	510
排除体积	75537 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1dl2__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CLASS I ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
分子量 formula_weight	58773.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.113
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4653

GAGEMRDRIESMFLESWRDYSKHGWGYDVYGPIEHTSHNMPRGNQPLGWIIVDSVDTLMLMYNSSTLYKSEFEAEIQRSEHWINDVLDFDIDAEVNVFETTIRMLGGLLSAYHLSDVLEVGNKTVYLNKAIDLGDRLALAFLSTQTGIPYSSINLHSGQAVKNHADGGASSTAEFTTLQMEFKYLAYLTGNRTYWELVERVYEPLYKNNDLLNTYDGLVPIYTFPDTGKFGASTIRFGSRGDSFYEYLLKQYLLTHETLYYDLYRKSMEGMKKHLLAQSKPSSLWYIGEREQGLHGQLSPKMDHLVCFMGGLLASGSTEGLSIHEARRRPFFSKSDWDLAKGITDTCYQMYKQSSSGLAPEIVVFNDGNIKQDGWWRSSVGDFFVKPLDRHNLQRPETVESIMFMYHLSHDHKYREWGAEIATSFFENTCVDCNDPKLRRFTSLSDCITLPTKKSNNMESFWLAETLKYLYILFLDEFDLTKVVFNTEAHPFPVLDEEILKSQSLTTGWSL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Pichia pastoris

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1235.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	393

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1dl2a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.2 — Seven-hairpin glycosidases
家族 Family family	a.102.2.1 — Class I alpha-1;2-mannosidase, catalytic domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1dl2A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

▶

晶胞边长 a length_a	88.397 Å
晶胞边长 b length_b	88.397 Å
晶胞边长 c length_c	153.220 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.540 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2270

CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I ALPHA-1,2-MANNOSIDASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE AT 1.54 ANGSTROM RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CLASS I ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1dl2__assembly_1__model_1

1dl2__assembly_1__model_1 | I(q)

1dl2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I ALPHA-1,2-MANNOSIDASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE AT 1.54 ANGSTROM RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CLASS I ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1dl2__assembly_1__model_1

1dl2__assembly_1__model_1 | I(q)

1dl2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)