1dl4

;THE SOLUTION STRUCTURE OF A BAY-REGION 1S-BENZ[A]ANTHRACENE OXIDE ADDUCT AT THE N6 POSITION OF ADENINE OF AN OLIGODEOXYNUCLEOTIDE CONTAINING THE HUMAN N-RAS CODON 61 SEQUENCE ;

Method: SOLUTION NMR D_max: 46.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dl4
沉积日期 deposition_date	1999-12-08
结构标题 title	;THE SOLUTION STRUCTURE OF A BAY-REGION 1S-BENZ[A]ANTHRACENE OXIDE ADDUCT AT THE N6 POSITION OF ADENINE OF AN OLIGODEOXYNUCLEOTIDE CONTAINING THE HUMAN N-RAS CODON 61 SEQUENCE ;
关键词 keywords	BENZ[A]ANTHRACENE-DNA DUPLEX, DNA; DNA
实验方法 method	SOLUTION NMR

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.29 Å
零角强度 I(0) i0	2354680.00
分子量 molecular_weight	6972.0 kDa
排除体积 excluded_volume	6908 Å³
包络体积 envelope_volume	9164 Å³
水化壳体积 shell_volume	6749 Å³
包络直径 envelope_diameter	45.3 Å
壳层 Rg shell_rg	17.00 Å
包络 Rg envelope_rg	13.46 Å
形状 Rg shape_rg	13.16 Å
总 Rg total_rg	14.05 Å
总原子数 total_atoms	731
残基数 n_residues	22
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	46.4 Å
Rg (实空间) rg_real	13.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3550e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0280e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2355000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8713
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.411
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.459
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	111000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.848; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.809; Smooth: 0.968

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPGPAPCP(BZA)APAPGPAPAP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	3416.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	731

CGGACAAGAAG

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPTPCPTPTPGPTPCPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	3291.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CTTCTTGTCCG

Entity 3 non-polymer

描述 description	1R,2S,3R,4S-TETRAHYDRO-BENZO[A]ANTHRACENE-2,3,4-TRIOL
分子量 formula_weight	280.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/dl/1dl4/1dl4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dl/1dl4/1dl4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dl/1dl4/1dl4.dat

;THE SOLUTION STRUCTURE OF A BAY-REGION 1S-BENZ[A]ANTHRACENE OXIDE ADDUCT AT THE N6 POSITION OF ADENINE OF AN OLIGODEOXYNUCLEOTIDE CONTAINING THE HUMAN N-RAS CODON 61 SEQUENCE ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)