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CRYSTAL STRUCTURE OF THE C115S ENTEROBACTER CLOACAE MURA IN THE UN-LIGANDED STATE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 102.8 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYL TRANSFERASE MURA

Enterobacter cloacae

UniProt P33038

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–419 突变：C115S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 3 HAI CYCLOHEXYLAMMONIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.4-0.8 M sodium/potassium phosphate including 20-40 mM cyclohexylammonium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K, temperature 292K 分辨率 1.90 Å R-free 0.197
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–419 突变：C115S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 6 HAI CYCLOHEXYLAMMONIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.4-0.8 M sodium/potassium phosphate including 20-40 mM cyclohexylammonium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K, temperature 292K 分辨率 1.90 Å R-free 0.197
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–419 链 B； UniProt 1–419 突变：C115S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 18 HAI CYCLOHEXYLAMMONIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.4-0.8 M sodium/potassium phosphate including 20-40 mM cyclohexylammonium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K, temperature 292K 分辨率 1.90 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1DLG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1EJC Crystal structure of unliganded mura (type2) 提交 2000-03-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；10 % PEG 20000, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.80 Å R-free 0.192
1EJD Crystal structure of unliganded mura (type1) 提交 2000-03-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 7 HAI CYCLOHEXYLAMMONIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；1 M sodium/potassium phosphate including 30 mM cyclohexylammonium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.55 Å R-free 0.207
1EJD Crystal structure of unliganded mura (type1) 提交 2000-03-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 8 HAI CYCLOHEXYLAMMONIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；1 M sodium/potassium phosphate including 30 mM cyclohexylammonium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.55 Å R-free 0.207
1EJD Crystal structure of unliganded mura (type1) 提交 2000-03-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–419（419 aa）
链 B 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 30 HAI CYCLOHEXYLAMMONIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；1 M sodium/potassium phosphate including 30 mM cyclohexylammonium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.55 Å R-free 0.207
1EJD Crystal structure of unliganded mura (type1) 提交 2000-03-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–419（419 aa）
链 B 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 15 HAI CYCLOHEXYLAMMONIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；1 M sodium/potassium phosphate including 30 mM cyclohexylammonium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.55 Å R-free 0.207
1EJD Crystal structure of unliganded mura (type1) 提交 2000-03-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 16 HAI CYCLOHEXYLAMMONIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；1 M sodium/potassium phosphate including 30 mM cyclohexylammonium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.55 Å R-free 0.207
1EYN Structure of mura liganded with the extrinsic fluorescence probe ANS 提交 2000-05-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
突变：N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 2AN 8-ANILINO-1-NAPHTHALENE SULFONATE × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；MES/PEG20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.70 Å R-free 0.210
1NAW ENOLPYRUVYL TRANSFERASE 提交 1996-07-23 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–419（419 aa）
链 B 1–419（419 aa）
未记录 HAI CYCLOHEXYLAMMONIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING PLASTIC TISSUE CULTURE PLATES. 0.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.4) CONTAINING 40 MM CYCLOHEXYLAMMONIUM PHOSPHATE WERE EQUILIBRATED AGAINST 1 ML 0.8 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.4). CRYSTALLIZATION USUALLY OCCURRED WITHIN 3 DAYS AND THE CRYSTALS REACHED THEIR MAXIMUM SIZE OF 0.5 X 0.5 X 0.1 MM==3== AFTER 5 DAYS AT ROOM TEMPERATURE. (SEE REFERENCE 1 FOR DETAILS.), vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.00 Å R-free 0.270
1NAW ENOLPYRUVYL TRANSFERASE 提交 1996-07-23 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–419（419 aa）
链 B 1–419（419 aa）
未记录 HAI CYCLOHEXYLAMMONIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING PLASTIC TISSUE CULTURE PLATES. 0.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.4) CONTAINING 40 MM CYCLOHEXYLAMMONIUM PHOSPHATE WERE EQUILIBRATED AGAINST 1 ML 0.8 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.4). CRYSTALLIZATION USUALLY OCCURRED WITHIN 3 DAYS AND THE CRYSTALS REACHED THEIR MAXIMUM SIZE OF 0.5 X 0.5 X 0.1 MM==3== AFTER 5 DAYS AT ROOM TEMPERATURE. (SEE REFERENCE 1 FOR DETAILS.), vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.00 Å R-free 0.270
1Q3G MurA (Asp305Ala) liganded with tetrahedral reaction intermediate 提交 2003-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–419（419 aa）
链 B 1–419（419 aa）
链 C 1–419（419 aa）
链 D 1–419（419 aa）
突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） UDA 3'-1-CARBOXY-1-PHOSPHONOOXY-ETHOXY-URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；290 K；PEG 20,000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.65 Å R-free 0.253
1Q3G MurA (Asp305Ala) liganded with tetrahedral reaction intermediate 提交 2003-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–419（419 aa）
链 F 1–419（419 aa）
链 G 1–419（419 aa）
链 H 1–419（419 aa）
突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） UDA 3'-1-CARBOXY-1-PHOSPHONOOXY-ETHOXY-URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；290 K；PEG 20,000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.65 Å R-free 0.253
1Q3G MurA (Asp305Ala) liganded with tetrahedral reaction intermediate 提交 2003-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–419（419 aa）
链 J 1–419（419 aa）
链 K 1–419（419 aa）
链 L 1–419（419 aa）
突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） UDA 3'-1-CARBOXY-1-PHOSPHONOOXY-ETHOXY-URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；290 K；PEG 20,000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.65 Å R-free 0.253
1Q3G MurA (Asp305Ala) liganded with tetrahedral reaction intermediate 提交 2003-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 W 1–419（419 aa）
链 X 1–419（419 aa）
链 Y 1–419（419 aa）
链 Z 1–419（419 aa）
突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,D305A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） UDA 3'-1-CARBOXY-1-PHOSPHONOOXY-ETHOXY-URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；290 K；PEG 20,000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.65 Å R-free 0.253
1RYW C115S MurA liganded with reaction products 提交 2003-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–419（419 aa）
链 B 1–419（419 aa）
链 C 1–419（419 aa）
链 D 1–419（419 aa）
突变：N67D,C115S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,C115S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,C115S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,C115S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 4 EPU URIDINE-DIPHOSPHATE-2(N-ACETYLGLUCOSAMINYL) BUTYRIC ACID × 4 GOL GLYCEROL × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 20,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.30 Å R-free 0.225
1RYW C115S MurA liganded with reaction products 提交 2003-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–419（419 aa）
链 F 1–419（419 aa）
链 G 1–419（419 aa）
链 H 1–419（419 aa）
突变：N67D,C115S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,C115S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,C115S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D,C115S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 5 EPU URIDINE-DIPHOSPHATE-2(N-ACETYLGLUCOSAMINYL) BUTYRIC ACID × 4 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 20,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.30 Å R-free 0.225
1YBG MurA inhibited by a derivative of 5-sulfonoxy-anthranilic acid 提交 2004-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–419（419 aa）
链 B 1–419（419 aa）
链 C 1–419（419 aa）
链 D 1–419（419 aa）
突变：N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TAV N-METHYL-N-{2-[(2-NAPHTHYLSULFONYL)AMINO]-5-[(2-NAPHTHYLSULFONYL)OXY]BENZOYL}-L-ASPARTIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；292 K；peg 8,000, peg 1,000, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.60 Å R-free 0.253
3KQA MurA dead-end complex with terreic acid 提交 2009-11-17 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TR9 (5S)-2,5-dihydroxy-3-methylcyclohex-2-ene-1,4-dione × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；100 mM CaCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.25 Å R-free 0.254
3KQA MurA dead-end complex with terreic acid 提交 2009-11-17 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TR9 (5S)-2,5-dihydroxy-3-methylcyclohex-2-ene-1,4-dione × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；100 mM CaCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.25 Å R-free 0.254
3KQA MurA dead-end complex with terreic acid 提交 2009-11-17 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TR9 (5S)-2,5-dihydroxy-3-methylcyclohex-2-ene-1,4-dione × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；100 mM CaCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.25 Å R-free 0.254
3KQA MurA dead-end complex with terreic acid 提交 2009-11-17 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TR9 (5S)-2,5-dihydroxy-3-methylcyclohex-2-ene-1,4-dione × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；100 mM CaCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.25 Å R-free 0.254
3LTH E. cloacae MurA dead-end complex with UNAG and fosfomycin 提交 2010-02-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FFQ [(1R)-1-hydroxypropyl]phosphonic acid × 1 UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；292 K；12.5 mM MES/NaOH (pH 6.2), 25 mM Na/K phosphate buffer, 6% (w/v) polyethylene glycol 20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.75 Å R-free 0.205
3SPB Unliganded E. Cloacae MurA 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–419（419 aa）
链 B 1–419（419 aa）
链 C 1–419（419 aa）
链 D 1–419（419 aa）
突变：N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20 mg/mL MurA, 25 mM Na/K phosphate pH 6.8, 50 mM Bis-Tris pH 5.5, 12.5 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.250
3SU9 E. Cloacae MURA in complex with UDP-N-acetylmuramic acid and covalent adduct of PEP with Cys115 提交 2011-07-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
突变：N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ACT ACETATE ION × 1 EPZ (2R)-2-{[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 25 mM HEPES, 100 mM Ammonium Acetate, 50 mM Bis-Tris, 12.5 % PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.210
3SWA E. Cloacae MurA R120A complex with UNAG and covalent adduct of PEP with CYS115 提交 2011-07-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
突变：N67D, R120A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；60 mg/mL MurA, 5 mM UNAG, 5 mM PEP, 25 mM TRIS, 50 mM HEPES, 7 % 2-propanol, 10 % PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.90 Å R-free 0.201
3SWA E. Cloacae MurA R120A complex with UNAG and covalent adduct of PEP with CYS115 提交 2011-07-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–419（419 aa）
突变：N67D, R120A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；60 mg/mL MurA, 5 mM UNAG, 5 mM PEP, 25 mM TRIS, 50 mM HEPES, 7 % 2-propanol, 10 % PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.90 Å R-free 0.201
3SWI E. Cloacae MurA in complex with Enolpyruvyl-UDP-N-acetylgalactosamine and covalent adduct of PEP with CYS115 提交 2011-07-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
突变：N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MOE METHOXY-ETHOXYL × 2 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 UD2 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE × 1 UPN 2-{[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}prop-2-enoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP-N-ACETYLGALACTOSAMINE, 2.5 mM PEP, 75 mM HEPES, 25 mM Magnesium Chloride, 15% PEG 550 MME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.263
3SWQ E. Cloacae MurA in complex with Enolpyruvyl-UNAG 提交 2011-07-14 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
突变：N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 ACT ACETATE ION × 1 EPU URIDINE-DIPHOSPHATE-2(N-ACETYLGLUCOSAMINYL) BUTYRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UNAG, 25 mM HEPES, 100 mM Ammonium Acetate, 50 mM Bis-Tris, 12.5% PEG 3,350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.83 Å R-free 0.204
3UPK E. cloacae MURA in complex with UNAG 提交 2011-11-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 MG/ML MURA, 5 mM UNAG, 25 MM HEPES PH 7.5, 50 MM BIS-TRIS PH 5.5, 12.5 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.197
3V4T E. cloacae C115D MURA liganded with UNAG 提交 2011-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–419（419 aa）
链 B 1–419（419 aa）
链 C 1–419（419 aa）
链 D 1–419（419 aa）
突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 4 ACT ACETATE ION × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；20 MG/ML MURA C115D, 2.5 MM UNAG, 25 MM HEPES PH 7.5, 50 MM BIS-TRIS PH 5.5, 100 MM AMMONIUM ACETATE, 12.5 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.271
3V4T E. cloacae C115D MURA liganded with UNAG 提交 2011-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–419（419 aa）
链 F 1–419（419 aa）
链 G 1–419（419 aa）
链 H 1–419（419 aa）
突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 4 ACT ACETATE ION × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 26 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；20 MG/ML MURA C115D, 2.5 MM UNAG, 25 MM HEPES PH 7.5, 50 MM BIS-TRIS PH 5.5, 100 MM AMMONIUM ACETATE, 12.5 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.271
3V5V UNLIGANDED E.CLOACAE C115D MURA 提交 2011-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–419（419 aa）
链 B 1–419（419 aa）
链 C 1–419（419 aa）
链 D 1–419（419 aa）
突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 33 ACT ACETATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；20 MG/ML MURA C115D, 25 MM HEPES PH 7.5, 50 MM BIS-TRIS PH 5.5, 100 MM AMMONIUM ACETATE, 12.5 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.264
4E7B E. cloacae MurA in complex with UDP-glucose 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 ACT ACETATE ION × 1 UPG URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP-glucose, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
4E7B E. cloacae MurA in complex with UDP-glucose 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 UPG URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP-glucose, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
4E7B E. cloacae MurA in complex with UDP-glucose 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 ACT ACETATE ION × 1 UPG URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP-glucose, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
4E7B E. cloacae MurA in complex with UDP-glucose 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 UPG URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP-glucose, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
4E7C E. cloacae MurA in complex with UTP 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ACT ACETATE ION × 2 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UTP, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.10 Å R-free 0.250
4E7C E. cloacae MurA in complex with UTP 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UTP, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.10 Å R-free 0.250
4E7C E. cloacae MurA in complex with UTP 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UTP, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.10 Å R-free 0.250
4E7C E. cloacae MurA in complex with UTP 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UTP, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.10 Å R-free 0.250
4E7D E. cloacae MurA in complex with UDP 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.260
4E7D E. cloacae MurA in complex with UDP 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.260
4E7D E. cloacae MurA in complex with UDP 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.260
4E7D E. cloacae MurA in complex with UDP 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–419（419 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.260
4E7E E. cloacae C115D MurA in complex with UDP-glucose 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 UPG URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP-glucose, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.246
4E7E E. cloacae C115D MurA in complex with UDP-glucose 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–419（419 aa）
突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP-glucose, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.246
4E7E E. cloacae C115D MurA in complex with UDP-glucose 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–419（419 aa）
突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP-glucose, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.246
4E7E E. cloacae C115D MurA in complex with UDP-glucose 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–419（419 aa）
突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ACT ACETATE ION × 1 UPG URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP-glucose, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.246
4E7F E. cloacae C115D MurA in complex with UDP 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.15 Å R-free 0.234
4E7F E. cloacae C115D MurA in complex with UDP 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–419（419 aa）
突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.15 Å R-free 0.234
4E7F E. cloacae C115D MurA in complex with UDP 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–419（419 aa）
突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.15 Å R-free 0.234
4E7F E. cloacae C115D MurA in complex with UDP 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–419（419 aa）
突变：C115D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 5 mM UDP, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.15 Å R-free 0.234
4E7G E. cloacae C115D/R120A MurA in the unliganded state 提交 2012-03-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
突变：C115D, R120A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20 mg/mL MurA, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.60 Å R-free 0.206
4EII Unliganded E. cloacae R91K MurA 提交 2012-04-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–419（419 aa）
突变：R91K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；37.5 mg/mL MurA, 5 mM UNAG, 25 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM MES, pH 6.1, 6.25% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.95 Å R-free 0.233

共 24 个其他 PDB 条目、53 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MURA_ENTCL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–419； UniProt 1–419 作者链 B； PDB构建体 1–419； UniProt 1–419

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1dlg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1dlg
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dlg
沉积日期 deposition_date1999-12-09
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE C115S ENTEROBACTER CLOACAE MURA IN THE UN-LIGANDED STATE
关键词 keywordsinside-out alpha/beta barrel, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.81 Å
零角强度 I(0) i0131721000.00
分子量 molecular_weight90666.0 kDa
排除体积 excluded_volume113370 ų
包络体积 envelope_volume141560 ų
水化壳体积 shell_volume36271 ų
包络直径 envelope_diameter104.3 Å
壳层 Rg shell_rg39.47 Å
包络 Rg envelope_rg31.70 Å
形状 Rg shape_rg31.80 Å
总 Rg total_rg32.46 Å
总原子数 total_atoms6352
残基数 n_residues836
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.8 Å
Rg (实空间) rg_real32.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal131700000.0000
解质量估计 total_estimate0.9054
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary33.6 Å
偏度 Skewness skewness0.159
峰度 Kurtosis kurtosis-0.698
角度范围 angular_range— – 0.2450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha48130000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.931
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1dlga_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.68 — IF3-like
超家族 Superfamily superfamilyd.68.2 — EPT/RTPC-like
家族 Family familyd.68.2.2 — Enolpyruvate transferase, EPT
结构域编号 domain_idd1dlgb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.68 — IF3-like
超家族 Superfamily superfamilyd.68.2 — EPT/RTPC-like
家族 Family familyd.68.2.2 — Enolpyruvate transferase, EPT

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1dlgA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture65 — Alpha-beta prism
拓扑 Topology topology10 — UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Enolpyruvate transferase domain
结构域编号 domain_id1dlgA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture65 — Alpha-beta prism
拓扑 Topology topology10 — UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Enolpyruvate transferase domain
结构域编号 domain_id1dlgB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture65 — Alpha-beta prism
拓扑 Topology topology10 — UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Enolpyruvate transferase domain
结构域编号 domain_id1dlgB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture65 — Alpha-beta prism
拓扑 Topology topology10 — UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Enolpyruvate transferase domain
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)