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1dss

STRUCTURE OF ACTIVE-SITE CARBOXYMETHYLATED D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM PALINURUS VERSICOLOR

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE-DEHYDROGENASE

物种未注明

UniProt P56649

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 1–333 链 R； UniProt 1–333 片段：NAD+ BINDING DOMAIN AND CATALYTIC DOMAIN 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.1；290 K；THE PROTEIN SOLUTIONS CONTAINED 0.5MM NAD+, 1.0MM EDTA, 1.6M AMMONIUM SULFATE IN 0.1M PHOSPHATE BUFFER(PH 6.1) AND AN ENZYME CONCENTRATION OF 8MG/ML; THE SOLUTION IN RESERVOIR CONTAINED 2.7M AMMONIUM SULFATE IN SAME BUFFER, ROOM TEMPERATURE OF 17 DEGREES C., temperature 290K 分辨率 1.88 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1DSS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CRW CRYSTAL STRUCTURE OF APO-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM PALINURUS VERSICOLOR AT 2.0A RESOLUTION 提交 1999-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–333（333 aa）
链 R 1–333（333 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；291 K；pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 18K
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
1IHX Crystal structure of two D-glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase complexes: a case of asymmetry 提交 2001-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–333（333 aa）
链 B 1–333（333 aa）
链 C 1–333（333 aa）
链 D 1–333（333 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 8 SND THIONICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；298 K；ammonium sulphate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.204
1IHY GAPDH complexed with ADP-ribose 提交 2001-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–333（333 aa）
链 B 1–333（333 aa）
链 C 1–333（333 aa）
链 D 1–333（333 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 8 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；ammonium sulphate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.207
1SZJ STRUCTURE OF HOLO-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE-DEHYDROGENASE FROM PALINURUS VERSICOLOR REFINED 2.0 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-02-04 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–333（333 aa） 片段：NAD+ BINDING DOMAIN AND CATALYTIC DOMAIN
链 R 1–333（333 aa） 片段：NAD+ BINDING DOMAIN AND CATALYTIC DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.1；280 K；THE PROTEIN SOLUTIONS CONTAINED 0.5MM NAD+, 1.0MM EDTA, 1.6M AMMONIUM SULPHATE IN 0.1M PHOSPHATE BUFFER (PH 6.1) AND AN ENZYME CONCENTRATION OF 8MG/ML; THE SOLUTION IN RESERVOIR CONTAINED 2.7M AMMONIUM SULPHATE IN SAME BUFFER. THE CRYSTALLIZATION WAS CARRIED OUT AT 280K.
分辨率 2.00 Å R-free 0.223

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G3P_PALVE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–333； UniProt 1–333 作者链 R； PDB构建体 1–333； UniProt 1–333

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1dss

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1dss
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dss
沉积日期 deposition_date1997-06-04
结构标题 titleSTRUCTURE OF ACTIVE-SITE CARBOXYMETHYLATED D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM PALINURUS VERSICOLOR
关键词 keywords;ACTIVE-SITE CARBOXYMETHYLATION, D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE-DEHYDROGENASE, 'THE-HALF-OF-SITES' REACTION, MOLECULAR SYMMETRY ;; ACTIVE-SITE CARBOXYMETHYLATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.74 Å
零角强度 I(0) i088156400.00
分子量 molecular_weight73277.0 kDa
排除体积 excluded_volume91505 ų
包络体积 envelope_volume109340 ų
水化壳体积 shell_volume32120 ų
包络直径 envelope_diameter93.1 Å
壳层 Rg shell_rg35.57 Å
包络 Rg envelope_rg28.60 Å
形状 Rg shape_rg28.74 Å
总 Rg total_rg29.37 Å
总原子数 total_atoms5128
残基数 n_residues664
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.7 Å
Rg (实空间) rg_real29.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real8.8160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal88160000.0000
解质量估计 total_estimate0.8976
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary28.6 Å
偏度 Skewness skewness0.303
峰度 Kurtosis kurtosis-0.586
角度范围 angular_range— – 0.2750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28560000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.936
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1dssg1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.3 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1dssg2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.81 — FwdE/GAPDH domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.81.1 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, C-terminal domain
家族 Family familyd.81.1.1 — GAPDH-like
结构域编号 domain_idd1dssr1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.3 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1dssr2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.81 — FwdE/GAPDH domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.81.1 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, C-terminal domain
家族 Family familyd.81.1.1 — GAPDH-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1dssG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1dssG02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
结构域编号 domain_id1dssR01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1dssR02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)