SAXSdb — 1dvg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEME OXYGENASE-1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HMOX1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–267； UniProt 1–267 作者链 B； PDB构建体 1–267； UniProt 1–267

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dvg
沉积日期 deposition_date	2000-01-20
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF RAT HEME OXYGENASE-1 IN COMPLEX WITH HEME; SELELENO-METHIONINE DERIVATIVE, MUTATED AT M51T,M93L,M155L,M191L.
关键词 keywords	ALL ALPHA, PROTEIN-SUBSTRATE COMPLEX, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1dvg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1dvg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1dvg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.02 Å
Rg（电子密度）	16.74 Å
总 Rg	17.81 Å
原子数	1779
残基数	212
排除体积	31706 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1dvg__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1dvg__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HEME OXYGENASE-1
分子量 formula_weight	30655.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.99.3
突变 mutation	M1(MSE), M9(MSE), M34(MSE), M51T, M93L, M155L, M186(MSE), M191L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3701

MERPQLDSMSQDLSEALKEATKEVHIRAENSEFMRNFQKGQVSREGFKLVTASLYHIYTALEEEIERNKQNPVYAPLYFPEELHRRAALEQDLAFWYGPHWQEAIPYTPATQHYVKRLHEVGGTHPELLVAHAYTRYLGDLSGGQVLKKIAQKALALPSSGEGLASFTFPSIDNPTKFKQLYRARMNTLELTPEVKHRVTEEAKTAFLLNIELFEELQALLTEEHKDQSPSQTEFLRQRPASLVQDTTSAETPRGKSQISTSSSQTP

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	143

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1dvga_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.132 — Heme oxygenase-like
超家族 Superfamily superfamily	a.132.1 — Heme oxygenase-like
家族 Family family	a.132.1.1 — Eukaryotic type heme oxygenase

结构域编号 domain_id	d1dvgb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.132 — Heme oxygenase-like
超家族 Superfamily superfamily	a.132.1 — Heme oxygenase-like
家族 Family family	a.132.1.1 — Eukaryotic type heme oxygenase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1dvgA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	910 — Heme Oxygenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Heme oxygenase-like

结构域编号 domain_id	1dvgB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	910 — Heme Oxygenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Heme oxygenase-like

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晶胞边长 a length_a	54.853 Å
晶胞边长 b length_b	54.853 Å
晶胞边长 c length_c	187.558 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	19.480 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2580

CRYSTAL STRUCTURE OF RAT HEME OXYGENASE-1 IN COMPLEX WITH HEME; SELELENO-METHIONINE DERIVATIVE, MUTATED AT M51T,M93L,M155L,M191L.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEME OXYGENASE-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1dvg__assembly_1__model_1

1dvg__assembly_1__model_1 | I(q)

1dvg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF RAT HEME OXYGENASE-1 IN COMPLEX WITH HEME; SELELENO-METHIONINE DERIVATIVE, MUTATED AT M51T,M93L,M155L,M191L.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEME OXYGENASE-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1dvg__assembly_1__model_1

1dvg__assembly_1__model_1 | I(q)

1dvg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)