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1dzb

Crystal structure of phage library-derived single-chain Fv fragment 1F9 in complex with turkey egg-white lysozyme

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 117.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TURKEY EGG-WHITE LYSOZYME C

物种未注明

UniProt P00703

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 X； UniProt 19–147 未记录 SCFV FRAGMENT 1F9 × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；A SOLUTION OF SCFV FRAGMENT 1F9/TEL COMPLEX IN A 1:1 RATION IN 5 MM TRIS/HCL PH 7.5, 0.1 M NACL WAS MIXED WITH 10% PEG4000, 0.1 M AMMONIUMACETAT AND 0.05 M SODIUMACETATE BUFFER PH 5.0 AND EQUILIBRATED AGAINST 30% PEG4000 分辨率 2.00 Å R-free 0.306
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 Y； UniProt 19–147 未记录 SCFV FRAGMENT 1F9 × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；A SOLUTION OF SCFV FRAGMENT 1F9/TEL COMPLEX IN A 1:1 RATION IN 5 MM TRIS/HCL PH 7.5, 0.1 M NACL WAS MIXED WITH 10% PEG4000, 0.1 M AMMONIUMACETAT AND 0.05 M SODIUMACETATE BUFFER PH 5.0 AND EQUILIBRATED AGAINST 30% PEG4000 分辨率 2.00 Å R-free 0.306

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1DZB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
135L X-RAY STRUCTURE OF MONOCLINIC TURKEY EGG LYSOZYME AT 1.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-06-10 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–147（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.30 Å
1JEF TURKEY LYSOZYME COMPLEX WITH (GLCNAC)3 提交 1997-04-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–147（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.2；2.2M AMMONIUM SULFATE, 10% 1-PROPANOL, PH4.2 1.5% PROTEIN, 2MM (GLCNAC)3
分辨率 1.77 Å R-free 0.225
1JSE FULL-MATRIX LEAST-SQUARES REFINEMENT OF TURKEY LYSOZYME 提交 1998-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–147（129 aa）
未记录 POL N-PROPANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.2；2.2M AMMONIUM SULFATE SOLUTION AT PH 4.2 CONTAINING 10% 1-PROPANOL AND 4% PROTEIN
分辨率 1.12 Å R-free 0.140
1JTP Degenerate interfaces in antigen-antibody complexes 提交 2001-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 19–147（129 aa） 片段：ENZYME
未记录 NA SODIUM ION × 3 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；300 K；2M Na Formate, 100mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.90 Å R-free 0.229
1JTP Degenerate interfaces in antigen-antibody complexes 提交 2001-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 M 19–147（129 aa） 片段：ENZYME
未记录 NA SODIUM ION × 2 FMT FORMIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；300 K；2M Na Formate, 100mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.90 Å R-free 0.229
1LJN Crystal Structure of Turkey Egg Lysozyme Complex with Di-N-acetylchitobiose at 1.19A Resolution 提交 2002-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–147（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293 K；ammonium sulfate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.19 Å R-free 0.138
1LZ2 CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF TURKEY EGG-WHITE LYSOZYME AND ITS COMPLEX WITH A DISACCHARIDE 提交 1981-09-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–147（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1LZY X-RAY STRUCTURE OF TURKEY EGG LYSOZYME COMPLEX WITH DI-N-ACETYLCHITOBIOSE. RECOGNITION AND BINDING OF ALPHA-ANOMERIC FORM 提交 1995-01-09 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–147（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.55 Å
1TEW STRUCTURE OF HEXAGONAL TURKEY EGG WHITE LYSOZYME AT 1.65 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-11-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–147（129 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.65 Å
1UAC Crystal Structure of HYHEL-10 FV MUTANT SFSF Complexed with TURKEY WHITE LYSOZYME 提交 2003-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Y 19–147（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；293 K；PEG 4000, ETHYLENE GLYCOL, AMMONIUM ACETATE, TRI-SODIUM CITRATE DEHYDRATE, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.70 Å R-free 0.248
1XFT Synchrotron X-ray Powder Diffraction Study of Hexagonal Turkey Egg-white Lysozyme 提交 2004-09-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–147（129 aa） 片段：LYSOZYME
未记录 未记录非水小分子 POWDER DIFFRACTION
X-ray结晶条件 SALTING OUT；pH 6；295 K；NaCl, pH 6, SALTING OUT, temperature 295K
分辨率 3.35 Å
2LZ2 THE THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF TURKEY EGG WHITE LYSOZYME AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1988-10-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–147（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
3LZ2 STRUCTURE DETERMINATION OF TURKEY EGG WHITE LYSOZYME USING LAUE DIFFRACTION 提交 1991-09-13 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–147（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å

共 12 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYC_MELGA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 X； PDB构建体 1–129； UniProt 19–147 作者链 Y； PDB构建体 1–129； UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1dzb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1dzb
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dzb
沉积日期 deposition_date2000-02-23
结构标题 titleCrystal structure of phage library-derived single-chain Fv fragment 1F9 in complex with turkey egg-white lysozyme
关键词 keywords;IMMUNE SYSTEM, COMPLEX (ANTIBODY ANTIGEN), SINGLE-DOMAIN ANTIBODY, TURKEY EGG-WHITE LYSOZYME, ANTIBODY- PROTEIN COMPLEX, SINGLE-CHAIN FV FRAGMENT ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.58 Å
零角强度 I(0) i0101680000.00
分子量 molecular_weight77431.0 kDa
排除体积 excluded_volume95560 ų
包络体积 envelope_volume122780 ų
水化壳体积 shell_volume32241 ų
包络直径 envelope_diameter116.5 Å
壳层 Rg shell_rg38.02 Å
包络 Rg envelope_rg33.16 Å
形状 Rg shape_rg33.52 Å
总 Rg total_rg34.10 Å
总原子数 total_atoms5442
残基数 n_residues706
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax117.2 Å
Rg (实空间) rg_real34.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal101700000.0000
解质量估计 total_estimate0.7647
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.9 Å
偏度 Skewness skewness0.474
峰度 Kurtosis kurtosis-0.455
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10330000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.766; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.640; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1dzba1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1dzba2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1dzbb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1dzbb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1dzbx_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd1dzby_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1dzbA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1dzbA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1dzbB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1dzbB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1dzbX00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id1dzbY00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)