1e2r

CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE, REDUCED AND CYANIDE BOUND

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NITRITE REDUCTASE

物种未注明

UniProt P72181

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 HEME C × 2 HEME D × 2 CYANIDE ION × 2 GLYCEROL × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NIRS_PARPN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–567; UniProt 30–596 作者链 B; PDB构建体 1–567; UniProt 30–596

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1e2r
沉积日期 deposition_date2000-05-24
结构标题 titleCYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE, REDUCED AND CYANIDE BOUND
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE, DENITRIFICATION, ELECTRON TRANSPORT, PERIPLASMIC, CYANIDE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1e2r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1e2r__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1e2r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)33.25 Å
Rg(电子密度)32.63 Å
总 Rg33.07 Å
原子数8557
残基数1075
排除体积151340 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1e2r__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1e2ra1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.2 — N-terminal (heme c) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
结构域编号 domain_idd1e2ra2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.70.2 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
家族 Family familyb.70.2.1 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
结构域编号 domain_idd1e2rb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.2 — N-terminal (heme c) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
结构域编号 domain_idd1e2rb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.70.2 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
家族 Family familyb.70.2.1 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1e2rA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id1e2rA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
结构域编号 domain_id1e2rB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id1e2rB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

7. 引用文献 (4)