SAXSdb — 1e5i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE

STREPTOMYCES CLAVULIGERUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–306	片段：RESIDUES 1-306	FE2 FE (II) ION × 3 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；100 MM HEPES-NAOH, PH 7.0, 0.5 MM PB(OAC)2(OH2)2, 5 MM 2-OXOGLUTARATE, GLYCEROL 5-10% (W/V), 1.4-1.65 M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 2.10 Å R-free 0.242
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–306	片段：RESIDUES 1-306	FE2 FE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；100 MM HEPES-NAOH, PH 7.0, 0.5 MM PB(OAC)2(OH2)2, 5 MM 2-OXOGLUTARATE, GLYCEROL 5-10% (W/V), 1.4-1.65 M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 2.10 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1E5I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DCS DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE FROM S. CLAVULIGERUS 提交 1998-06-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–311（311 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.30 Å R-free 0.150
1E5H DELTA-R307A DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE COMPLEXED WITH SUCCINATE AND CARBON DIOXIDE 提交 2000-07-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–308（308 aa）	突变：YES	FE2 FE (II) ION × 3 SIN SUCCINIC ACID × 3 CO2 CARBON DIOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；100 MM HEPES-NAOH, PH 7.0, 0.5 MM PB(OAC)2(OH2)2, 5 MM NA2SUCCINATE, 5 MM NAHCO3, GLYCEROL 5-10% (W/V), 1.4-1.6 M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 1.96 Å R-free 0.252
1HJF Alteration of the co-substrate selectivity of deacetoxycephalosporin C synthase: The role of arginine-258 提交 2001-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–311（311 aa）	突变：YES	FE2 FE (II) ION × 3 COI 2-OXO-4-METHYLPENTANOIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；HANGING DROP AT 20 DEGREES C. 100 MM HEPES-NAOH, PH 7.0, 6% (W/V) GLYCEROL, 5 MM 2-OXO-4-METHYLPENTANOATE, 1.5-1.7 M AMMONIUM SULPHATE CRYSTALS SOAKED IN 5 MM IRON(II) SULPHATE IN MOTHER LIQUOR UNDER ANAEROBIC CONDITIONS BEFORE DATA COLLECTION.	分辨率 1.60 Å R-free 0.269
1HJG Alteration of the co-substrate selectivity of deacetoxycephalosporin C synthase: The role of arginine-258 提交 2001-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–311（311 aa）	突变：YES	FE2 FE (II) ION × 3 KIV 3-METHYL-2-OXOBUTANOIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；HANGING DROP AT 20 DEGREES C. 100 MM HEPES-NAOH, PH 7.0, 3% (W/V) GLYCEROL, 5 MM 2-OXO-3-METHYLBUTANOATE, 1.5-1.7 M AMMONIUM SULPHATE. CRYSTALS SOAKED IN 5 MM IRON(II) SULPHATE IN MOTHER LIQUOR UNDER ANAEROBIC CONDITIONS BEFORE DATA COLLECTION.	分辨率 1.50 Å R-free 0.241
1RXF DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE COMPLEXED WITH FE(II) 提交 1998-06-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–311（311 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.50 Å R-free 0.142
1RXG DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE COMPLEXED WITH FE(II) AND 2-OXOGLUTARATE 提交 1998-06-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–311（311 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.50 Å R-free 0.156
1UNB Deacetoxycephalosporin C synthase complexed with 2-oxoglutarate and ampicillin 提交 2003-09-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–311（311 aa）	未记录	FE2 FE (II) ION × 3 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 3 PN1 (2S,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.75M AMMONIUM SULPHATE, 5MM 2-OXOGLUTARATE,0.1M HEPESPH7.5, pH 7.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.236
1UO9 Deacetoxycephalosporin C synthase complexed with succinate 提交 2003-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–311（311 aa）	未记录	FE2 FE (II) ION × 3 SIN SUCCINIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.75M AMMONIUM SULPHATE, 5MM 2-OXOGLUTARATE,0.1M HEPES PH7.0, pH 7.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.189
1UOB Deacetoxycephalosporin C synthase complexed with 2-oxoglutarate and penicillin G 提交 2003-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–311（311 aa）	未记录	FE2 FE (II) ION × 3 PNN PENICILLIN G × 3 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.75M AMMONIUM SULPHATE, 5MM 2-OXOGLUTARATE,0.1M HEPES PH7.5, pH 7.50	分辨率 1.70 Å R-free 0.236
1UOF Deacetoxycephalosporin C synthase complexed with Penicillin G 提交 2003-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–311（311 aa）	未记录	FE2 FE (II) ION × 3 PNN PENICILLIN G × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.75M AMMONIUM SULPHATE, 5MM 2-OXOGLUTARATE,0.1M HEPESPH7.5, pH 7.50	分辨率 1.60 Å R-free 0.231
1UOG Deacetoxycephalosporin C synthase complexed with deacetoxycephalosporin C 提交 2003-09-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–311（311 aa）	未记录	P1C DEACETOXYCEPHALOSPORIN-C × 3 FE2 FE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.75M AMMONIUM SULPHATE, 5MM 2-OXOGLUTARATE,0.1M HEPESPH7.5, pH 7.50	分辨率 1.70 Å R-free 0.242
1W28 Conformational flexibility of the C-terminus with implications for substrate binding and catalysis in a new crystal form of deacetoxycephalosporin C synthase 提交 2004-06-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–311（311 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；100 MM HEPES-NAOH PH 8, 0.9-1.1 M AMSO4	分辨率 2.30 Å R-free 0.223
1W2A Deacetoxycephalosporin C synthase (with his-tag) complexed with Fe(II) and ethylene glycol 提交 2004-07-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 1–311（311 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；100 MM HEPES PH8, 0.9-1.1 M AMSO4, pH 8.00	分辨率 2.51 Å R-free 0.254
1W2N Deacetoxycephalosporin C synthase (with a N-terminal his-tag) in complex with Fe(II) and ampicillin 提交 2004-07-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–311（311 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 PN1 (2S,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；100 MM HEPES, PH 8 AND 0.9-1.1M AMSO4	分辨率 2.70 Å R-free 0.287
1W2O Deacetoxycephalosporin C synthase (with a N-terminal his-tag) in complex with Fe(II) and deacetoxycephalosporin C 提交 2004-07-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–311（311 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 P1C DEACETOXYCEPHALOSPORIN-C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；100 MM HEPES PH 8, 0.9-1.1 M AMSO4	分辨率 3.00 Å R-free 0.334
2JB8 Deacetoxycephalosporin C synthase complexed with 5-hydroxy-4-keto valeric acid 提交 2006-12-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–311（311 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 3 HKV 4,5-DIOXOPENTANOIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.53 Å R-free 0.249

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEFE_STRCL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–306； UniProt 1–306

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1e5i
沉积日期 deposition_date	2000-07-26
结构标题 title	DELTA-R306 DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE COMPLEXED WITH IRON AND 2-OXOGLUTARATE.
关键词 keywords	FERROUS OXYGENASE, CEPHALOSPORIN, 2-OXOGLUTARATE, C-TERMINUS ANTIBIOTICS, OXIDOREDUCTASE, OXIDATIVE COUPLING CONTROL; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.12 Å
零角强度 I(0) i0	16133700.00
分子量 molecular_weight	29705.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36874 Å³
包络体积 envelope_volume	41766 Å³
水化壳体积 shell_volume	19159 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.1 Å
壳层 Rg shell_rg	24.53 Å
包络 Rg envelope_rg	18.45 Å
形状 Rg shape_rg	18.13 Å
总 Rg total_rg	18.99 Å
总原子数 total_atoms	2088
残基数 n_residues	268
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.0 Å
Rg (实空间) rg_real	19.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8092
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.232
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.331
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4633000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE
分子量 formula_weight	34046.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.20.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2211

MDTTVPTFSLAELQQGLHQDEFRRCLRDKGLFYLTDCGLTDTELKSAKDIVIDFFEHGSEAEKRAVTSPVPTMRRGFTGLESESTAQITNTGSYSDYSMCYSMGTADNLFPSGDFERIWTQYFDRQYTASRAVAREVLRATGTEPDGGVEAFLDCEPLLRFRYFPQVPEHRSAEEQPLRMAPHYDLSMVTLIQQTPCANGFVSLQAEVGGAFTDLPYRPDAVLVFCGAIATLVTGGQVKAPRHHVAAPRRDQIAGSSRTSSVFFLRPNADFTFSVPLARECGFDVSLDGETATFQDWIGGNYVNIR

来源 Source

来源生物 organism	STREPTOMYCES CLAVULIGERUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1901
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-OXOGLUTARIC ACID
分子量 formula_weight	146.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	123

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1e5ia_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.2 — Clavaminate synthase-like
家族 Family family	b.82.2.1 — Penicillin synthase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1e5iA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	105.787 Å
晶胞边长 b length_b	105.787 Å
晶胞边长 c length_c	71.222 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	19.990 Å
R 因子 r_factor	0.2270
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2420

fit	/app/data/saxs_computation/e5/1e5i/1e5i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e5/1e5i/1e5i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e5/1e5i/1e5i.dat

DELTA-R306 DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE COMPLEXED WITH IRON AND 2-OXOGLUTARATE.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction