1eak

Catalytic domain of proMMP-2 E404Q mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 175.7 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

72 KDA TYPE IV COLLAGENASE

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 32–452 链 C； UniProt 32–452	片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 32-452 突变：YES	INHIBITOR PEPTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；PH 8.50	分辨率 2.66 Å R-free 0.303
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 32–452 链 D； UniProt 32–452	片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 32-452 突变：YES	INHIBITOR PEPTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；PH 8.50	分辨率 2.66 Å R-free 0.303

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1EAK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CK7 GELATINASE A (FULL-LENGTH) 提交 1999-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–660（631 aa）片段：FULL-LENGTH	突变：E404A	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8	分辨率 2.80 Å R-free 0.327
1CXW THE SECOND TYPE II MODULE FROM HUMAN MATRIX METALLOPROTEINASE 2 提交 1999-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 278–336（59 aa）片段：THE SECOND TYPE II MODULE	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR测量条件 pH 5.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成 1.3MM COL-2 NA; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 1.3MM COL-2 NA; D2O NMR样品组成 1MM COL-2 U-15N; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 4MM COL-2 U-15N; 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供
1GEN C-TERMINAL DOMAIN OF GELATINASE A 提交 1995-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 443–660（218 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.15 Å R-free 0.260
1GXD proMMP-2/TIMP-2 complex 提交 2002-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–660（631 aa）	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.50	分辨率 3.10 Å R-free 0.333
1GXD proMMP-2/TIMP-2 complex 提交 2002-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 30–660（631 aa）	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.50	分辨率 3.10 Å R-free 0.333
1HOV SOLUTION STRUCTURE OF A CATALYTIC DOMAIN OF MMP-2 COMPLEXED WITH SC-74020 提交 2000-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–256（147 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 I52 N-{4-[(1-HYDROXYCARBAMOYL-2-METHYL-PROPYL)-(2-MORPHOLIN-4-YL-ETHYL)-SULFAMOYL]-4-PENTYL-BENZAMIDE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.3-0.4mM U-15N, 13C MMP-2C: unlabeled SC-74020 in 20mM TRIS-d11-HCl, 5mM CaCl2, 10uM ZnCl2, 20uM unlabeled SC-74020 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1J7M The Third Fibronectin Type II Module from Human Matrix Metalloproteinase 2 提交 2001-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 337–394（58 aa）片段：third fibronectin type II module	突变：E11G	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.5mM col-3 NA; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5mM col-3 NA; D2O \| D2O NMR样品组成 1mM col-3 U-15n; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1KS0 The First Fibronectin Type II Module from Human Matrix Metalloproteinase 2 提交 2002-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 223–282（60 aa）片段：First Fibronectin Type II Module	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.5mM col-1; 90% H2O, 10% d6-acetone \| 90% H2O, 10% d6-acetone NMR样品组成 0.5mM col-1; 90% D2O, 10% d6-acetone \| 90% D2O, 10% d6-acetone NMR样品组成 0.7mM col-1 15N; 90% H2O, 10% d6-acetone \| 90% H2O, 10% d6-acetone	分辨率未提供
1QIB CRYSTAL STRUCTURE OF GELATINASE A CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–213（99 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 88-250 WITH THE FIBRONECTIN DOMAIN DELETED 链 A 394–449（56 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 88-250 WITH THE FIBRONECTIN DOMAIN DELETED	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
1RTG C-TERMINAL DOMAIN (HAEMOPEXIN-LIKE DOMAIN) OF HUMAN MATRIX METALLOPROTEINASE-2 提交 1995-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 451–660（210 aa）片段：C-TERMINAL RESIDUES 451 - 660, HAEMOPEXIN-LIKE DOMAIN	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
3AYU Crystal structure of MMP-2 active site mutant in complex with APP-drived decapeptide inhibitor 提交 2011-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–219（110 aa）片段：UNP residues 110-219 and 394-450 链 A 394–450（57 aa）片段：UNP residues 110-219 and 394-450	突变：E108K, Q110V, E121A 突变：E108K, Q110V, E121A	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.205

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MM02_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–421； UniProt 32–452 作者链 B； PDB构建体 1–421； UniProt 32–452 作者链 C； PDB构建体 1–421； UniProt 32–452 作者链 D； PDB构建体 1–421； UniProt 32–452

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1eak
沉积日期 deposition_date	2001-07-12
结构标题 title	Catalytic domain of proMMP-2 E404Q mutant
关键词 keywords	HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX, HYDROLYSE, MATRIX METALLOPROTEINASE, GELATINASE A, HYDROLASE- HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.04 Å
零角强度 I(0) i0	576486000.00
分子量 molecular_weight	190760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	234780 Å³
包络体积 envelope_volume	342760 Å³
水化壳体积 shell_volume	61453 Å³
包络直径 envelope_diameter	182.0 Å
壳层 Rg shell_rg	46.87 Å
包络 Rg envelope_rg	51.48 Å
形状 Rg shape_rg	52.03 Å
总 Rg total_rg	51.89 Å
总原子数 total_atoms	13395
残基数 n_residues	1693
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	175.7 Å
Rg (实空间) rg_real	51.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0950e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	575700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7352
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.645
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.267
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	40760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.625; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.572; Smooth: 0.106

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	72 KDA TYPE IV COLLAGENASE
分子量 formula_weight	47304.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.24
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	13504

SPIIKFPGDVAPKTDKELAVQYLNTFYGCPKESCNLFVLKDTLKKMQKFFGLPQTGDLDQNTIETMRKPRCGNPDVANYNFFPRKPKWDKNQITYRIIGYTPDLDPETVDDAFARAFQVWSDVTPLRFSRIHDGEADIMINFGRWEHGDGYPFDGKDGLLAHAFAPGTGVGGDSHFDDDELWTLGEGQVVRVKYGNADGEYCKFPFLFNGKEYNSCTDTGRSDGFLWCSTTYNFEKDGKYGFCPHEALFTMGGNAEGQPCKFPFRFQGTSYDSCTTEGRTDGYRWCGTTEDYDRDKKYGFCPETAMSTVGGNSEGAPCVFPFTFLGNKYESCTSAGRSDGKMWCATTANYDDDRKWGFCPDQGYSLFLVAAHQFGHAMGLEHSQDPGALMAPIYTYTKNFRLSQDDIKGIQELYGASPDID

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	INHIBITOR PEPTIDE
分子量 formula_weight	622.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,R

GPAGPPGA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	109

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d1eaka1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.20 — PGBD-like
超家族 Superfamily superfamily	a.20.1 — PGBD-like
家族 Family family	a.20.1.2 — MMP N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1eaka2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1eaka3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1eaka4
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1eaka5
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1eakb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.20 — PGBD-like
超家族 Superfamily superfamily	a.20.1 — PGBD-like
家族 Family family	a.20.1.2 — MMP N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1eakb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1eakb3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1eakb4
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1eakb5
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1eakc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.20 — PGBD-like
超家族 Superfamily superfamily	a.20.1 — PGBD-like
家族 Family family	a.20.1.2 — MMP N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1eakc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1eakc3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1eakc4
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1eakc5
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1eakd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.20 — PGBD-like
超家族 Superfamily superfamily	a.20.1 — PGBD-like
家族 Family family	a.20.1.2 — MMP N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1eakd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1eakd3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1eakd4
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1eakd5
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	1eakA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	101 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PGBD-like superfamily/PGBD

结构域编号 domain_id	1eakA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	1eakA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1eakA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1eakA05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1eakB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	101 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PGBD-like superfamily/PGBD

结构域编号 domain_id	1eakB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	1eakB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1eakB04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1eakB05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1eakC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	101 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PGBD-like superfamily/PGBD

结构域编号 domain_id	1eakC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	1eakC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1eakC04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1eakC05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1eakD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	101 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PGBD-like superfamily/PGBD

结构域编号 domain_id	1eakD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	1eakD03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1eakD04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1eakD05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.670 Å
晶胞边长 b length_b	166.150 Å
晶胞边长 c length_c	170.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.660 Å
最低分辨率 resolution_low	35.580 Å
R 因子 r_factor	0.2710
R_work r_work	0.2710
R_free r_free	0.3030

Catalytic domain of proMMP-2 E404Q mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

72 KDA TYPE IV COLLAGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

CATH v4.4 (20 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/ea/1eak/1eak.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ea/1eak/1eak.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ea/1eak/1eak.dat