1ebo

CRYSTAL STRUCTURE OF THE EBOLA VIRUS MEMBRANE-FUSION SUBUNIT, GP2, FROM THE ENVELOPE GLYCOPROTEIN ECTODOMAIN

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2

Ebola virus sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	ZINC ION × 2 CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	ZINC ION × 3 CHLORIDE ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q913A3_9MONO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–131； UniProt 1–132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ebo
沉积日期 deposition_date	1998-11-03
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE EBOLA VIRUS MEMBRANE-FUSION SUBUNIT, GP2, FROM THE ENVELOPE GLYCOPROTEIN ECTODOMAIN
关键词 keywords	MEMBRANE FUSION SUBUNIT, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ebo__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ebo__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ebo__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.44 Å
Rg（电子密度）	32.92 Å
总 Rg	32.99 Å
原子数	2654
残基数	336
排除体积	47265 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ebo__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ebo__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1ebo__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
分子量 formula_weight	15359.4 kDa
突变 mutation	C55E, C108R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	5331

MKQIEDKIEEILSKIYHIENEIARIKKLIGEADGLIEGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCRIEPHDWTKNITDKIDQIIHDFVDKTLPDQGDNDNWWTGWRQ

来源 Source

来源生物 organism	Ebola virus sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	205488
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1eboa1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family family	h.3.2.1 — Virus ectodomain

结构域编号 domain_id	d1eboa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ebob1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family family	h.3.2.1 — Virus ectodomain

结构域编号 domain_id	d1ebob2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1eboc1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family family	h.3.2.1 — Virus ectodomain

结构域编号 domain_id	d1eboc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ebod1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family family	h.3.2.1 — Virus ectodomain

结构域编号 domain_id	d1ebod2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1eboe1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family family	h.3.2.1 — Virus ectodomain

结构域编号 domain_id	d1eboe2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ebof1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family family	h.3.2.1 — Virus ectodomain

结构域编号 domain_id	d1ebof2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1eboA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

结构域编号 domain_id	1eboB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

结构域编号 domain_id	1eboC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

结构域编号 domain_id	1eboD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

结构域编号 domain_id	1eboE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

结构域编号 domain_id	1eboF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

▶

晶胞边长 a length_a	171.702 Å
晶胞边长 b length_b	32.691 Å
晶胞边长 c length_c	168.863 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2390
R_free r_free	0.2560

CRYSTAL STRUCTURE OF THE EBOLA VIRUS MEMBRANE-FUSION SUBUNIT, GP2, FROM THE ENVELOPE GLYCOPROTEIN ECTODOMAIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ebo__assembly_2__model_1

1ebo__assembly_2__model_1 | I(q)

1ebo__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF THE EBOLA VIRUS MEMBRANE-FUSION SUBUNIT, GP2, FROM THE ENVELOPE GLYCOPROTEIN ECTODOMAIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ebo__assembly_2__model_1

1ebo__assembly_2__model_1 | I(q)

1ebo__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)