1ed3

CRYSTAL STRUCTURE OF RAT MINOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN COMPLEX RT1-AA/MTF-E.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN RT1-AA

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P07151） PEPTIDE MTF-E (13N3E) × 1 （P05504） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P07151） PEPTIDE MTF-E (13N3E) × 1 （P05504） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA12_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–275； UniProt 25–299 作者链 D； PDB构建体 1–275； UniProt 25–299

BETA-2-MICROGLOBULIN

Rattus norvegicus

UniProt P07151

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN RT1-AA × 1 （P16391） PEPTIDE MTF-E (13N3E) × 1 （P05504） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN RT1-AA × 1 （P16391） PEPTIDE MTF-E (13N3E) × 1 （P05504） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119 作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 29–119

PEPTIDE MTF-E (13N3E)

物种未注明

UniProt P05504

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN RT1-AA × 1 （P16391） BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P07151） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN RT1-AA × 1 （P16391） BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P07151） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATP6_RAT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–13； UniProt 29–41 作者链 F； PDB构建体 1–13； UniProt 29–41

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ed3
沉积日期 deposition_date	2000-01-26
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF RAT MINOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN COMPLEX RT1-AA/MTF-E.
关键词 keywords	;major histocompatibility complex, rat minor histocompatibility complex, MHC, immunology, peptide antigen presentation, cellular immunity, cell surface receptor, T cell receptor ligand, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ed3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ed3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ed3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.97 Å
Rg（电子密度）	22.95 Å
总 Rg	23.87 Å
原子数	3190
残基数	387
排除体积	56084 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ed3__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ed3__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN RT1-AA
分子量 formula_weight	32045.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	6519

GSHSLRYFYTAVSRPGLGEPRFIAVGYVDDTEFVRFDSDAENPRMEPRARWMEREGPEYWEQQTRIAKEWEQIYRVDLRTLRGYYNQSEGGSHTIQEMYGCDVGSDGSLLRGYRQDAYDGRDYIALNEDLKTWTAADFAAQITRNKWERARYAERLRAYLEGTCVEWLSRYLELGKETLLRSDPPEAHVTLHPRPEGDVTLRCWALGFYPADITLTWQLNGEDLTQDMELVETRPAGDGTFQKWASVVVPLGKEQNYTCRVEHEGLPKPLSQRWE

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BETA-2-MICROGLOBULIN
分子量 formula_weight	11652.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

IQKTPQIQVYSRHPPENGKPNFLNCYVSQFHPPQIEIELLKNGKKIPNIEMSDLSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDVYACRVKHVTLKEPKTVTWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PEPTIDE MTF-E (13N3E)
分子量 formula_weight	1533.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

ILFPSSERLISNR

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	139

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1ed3a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1ed3a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1ed3b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1ed3d1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1ed3d2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1ed3e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1ed3A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	1ed3A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1ed3B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1ed3D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	1ed3D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1ed3E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	86.950 Å
晶胞边长 b length_b	90.720 Å
晶胞边长 c length_c	117.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	19.890 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2220
R_free r_free	0.2820

CRYSTAL STRUCTURE OF RAT MINOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN COMPLEX RT1-AA/MTF-E.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN RT1-AA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

BETA-2-MICROGLOBULIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PEPTIDE MTF-E (13N3E)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ed3__assembly_1__model_1

1ed3__assembly_1__model_1 | I(q)

1ed3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (6)

CRYSTAL STRUCTURE OF RAT MINOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN COMPLEX RT1-AA/MTF-E.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN RT1-AA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

BETA-2-MICROGLOBULIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PEPTIDE MTF-E (13N3E)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ed3__assembly_1__model_1

1ed3__assembly_1__model_1 | I(q)

1ed3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (6)