1ef0

CRYSTAL STRUCTURE OF PI-SCEI MINIPRECURSOR

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息,但缺少统一蛋白身份时,不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly 物理组成 蛋白状态 蛋白 / DNA / RNA / 其他聚合物 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 2 / 0 / 0 / 0 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 2 / 0 / 0 / 0 与蛋白数一致

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ef0
沉积日期 deposition_date2000-02-04
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF PI-SCEI MINIPRECURSOR
关键词 keywordsendonuclease, protein splicing, mini-precursor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ef0__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ef0__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ef0__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)33.25 Å
Rg(电子密度)32.82 Å
总 Rg33.30 Å
原子数6442
残基数819
排除体积114730 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1ef0__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1ef0__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1ef0a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.86 — Hedgehog/intein (Hint) domain
超家族 Superfamily superfamilyb.86.1 — Hedgehog/intein (Hint) domain
家族 Family familyb.86.1.2 — Intein (protein splicing domain)
结构域编号 domain_idd1ef0a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyd.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family familyd.95.2.2 — Intein endonuclease
结构域编号 domain_idd1ef0a3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyd.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family familyd.95.2.2 — Intein endonuclease
结构域编号 domain_idd1ef0b1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.86 — Hedgehog/intein (Hint) domain
超家族 Superfamily superfamilyb.86.1 — Hedgehog/intein (Hint) domain
家族 Family familyb.86.1.2 — Intein (protein splicing domain)
结构域编号 domain_idd1ef0b2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyd.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family familyd.95.2.2 — Intein endonuclease
结构域编号 domain_idd1ef0b3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyd.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family familyd.95.2.2 — Intein endonuclease

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id1ef0A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology16 — Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hedgehog/Intein (Hint) domain
结构域编号 domain_id1ef0A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Homing endonucleases
结构域编号 domain_id1ef0A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Homing endonucleases
结构域编号 domain_id1ef0B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology16 — Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hedgehog/Intein (Hint) domain
结构域编号 domain_id1ef0B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Homing endonucleases

7. 引用文献 (4)