1ejb

LUMAZINE SYNTHASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LUMAZINE SYNTHASE

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P50861

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 5 5-(6-D-RIBITYLAMINO-2,4-DIHYDROXYPYRIMIDIN-5-YL)-1-PENTYL-PHOSPHONIC ACID × 5 water × 5 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RIB4_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–168; UniProt 2–169 作者链 B; PDB构建体 1–168; UniProt 2–169 作者链 C; PDB构建体 1–168; UniProt 2–169 作者链 D; PDB构建体 1–168; UniProt 2–169 作者链 E; PDB构建体 1–168; UniProt 2–169

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ejb
沉积日期 deposition_date2000-03-02
结构标题 titleLUMAZINE SYNTHASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
关键词 keywordsLumazine synthase, Saccharomyces cerevisiae, X-ray structure analysis, Inhibitor complex, Vitamin biosynthesis, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ejb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ejb__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ejb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)28.24 Å
Rg(电子密度)27.01 Å
总 Rg27.91 Å
原子数6605
残基数840
排除体积118230 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1ejb__assembly_1__model_1 pentameric (5) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1ejba_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamilyc.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family familyc.16.1.1 — Lumazine synthase
结构域编号 domain_idd1ejbb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamilyc.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family familyc.16.1.1 — Lumazine synthase
结构域编号 domain_idd1ejbc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamilyc.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family familyc.16.1.1 — Lumazine synthase
结构域编号 domain_idd1ejbd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamilyc.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family familyc.16.1.1 — Lumazine synthase
结构域编号 domain_idd1ejbe_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamilyc.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family familyc.16.1.1 — Lumazine synthase

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id1ejbA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id1ejbB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id1ejbC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id1ejbD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id1ejbE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase

7. 引用文献 (2)