SAXSdb — 1eky

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;CYTOCHROME C' ;

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–129	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient NMR样品组成：7mM Cyt c', 15N, 100mM PO4 pH6 \| 90% H20 10% D20	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1EKY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CPQ CYTOCHROME C' FROM RHODOPSEUDOMONAS CAPSULATA 提交 1995-08-14	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–150（129 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.72 Å
1CPR ST. LOUIS CYTOCHROME C' FROM THE PURPLE PHOTOTROPIC BACTERIUM, RHODOBACTER CAPSULATUS 提交 1996-04-09	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–150（129 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1NBB N-BUTYLISOCYANIDE BOUND RHODOBACTER CAPSULATUS CYTOCHROME C' 提交 1996-03-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–150（129 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NBN N-BUTYL ISOCYANIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.40 Å
1NBB N-BUTYLISOCYANIDE BOUND RHODOBACTER CAPSULATUS CYTOCHROME C' 提交 1996-03-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–150（129 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NBN N-BUTYL ISOCYANIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.40 Å
1RCP CYTOCHROME C' 提交 1995-08-23	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–150（129 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.00 Å
1RCP CYTOCHROME C' 提交 1995-08-23	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–150（129 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.00 Å

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYCP_RHOCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1eky
沉积日期 deposition_date	2000-03-10
结构标题 title	MODEL STRUCTURE FROM NON-NOE BASED NMR STRUCTURE CALCULATION
关键词 keywords	four helix bundle, OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX; OXYGEN STORAGE/TRANSPORT
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.08 Å
零角强度 I(0) i0	1657820000.00
分子量 molecular_weight	285660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	330840 Å³
包络体积 envelope_volume	27265 Å³
水化壳体积 shell_volume	13832 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.9 Å
壳层 Rg shell_rg	22.51 Å
包络 Rg envelope_rg	17.77 Å
形状 Rg shape_rg	15.09 Å
总 Rg total_rg	15.14 Å
总原子数 total_atoms	28800
残基数 n_residues	4128
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.4 Å
Rg (实空间) rg_real	14.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6580e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9090e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1658000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8181
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.444
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.304
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	270100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.603; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.900

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ekya_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.11 — Computational models partly based on experimental data
超家族 Superfamily superfamily	i.11.1 — Computational models partly based on experimental data
家族 Family family	i.11.1.1 — Computational models partly based on experimental data

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1ekyA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	;CYTOCHROME C' ;
分子量 formula_weight	13154.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	28800

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

MODEL STRUCTURE FROM NON-NOE BASED NMR STRUCTURE CALCULATION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;CYTOCHROME C' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/ek/1eky/1eky.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ek/1eky/1eky.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ek/1eky/1eky.dat