SAXSdb — 1ep1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B (PYRD SUBUNIT)

Lactococcus lactis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B (PYRK SUBUNIT) × 2 （P56968） FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYRDB_LACLC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–311； UniProt 1–311

DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B (PYRK SUBUNIT)

Lactococcus lactis

UniProt P56968

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B (PYRD SUBUNIT) × 2 （P54322） FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYRK_LACLC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–261； UniProt 2–262

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ep1
沉积日期 deposition_date	2000-03-27
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF LACTOCOCCUS LACTIS DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B
关键词 keywords	Heterotetramer, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ep1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ep1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ep1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.70 Å
Rg（电子密度）	31.99 Å
总 Rg	32.48 Å
原子数	8746
残基数	1140
排除体积	157510 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ep1__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B (PYRD SUBUNIT)
分子量 formula_weight	32977.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4568

MTENNRLSVKLPGLDLKNPIIPASGCFGFGEEYAKYYDLNKLGSIMVKATTLHPRFGNPTPRVAETASGMLNAIGLQNPGLEVIMTEKLPWLNENFPELPIIANVAGSEEADYVAVCAKIGDAANVKAIELNISCPNVKHGGQAFGTDPEVAAALVKACKAVSKVPLYVKLSPNVTDIVPIAKAVEAAGADGLTMINTLMGVRFDLKTRQPILANITGGLSGPAIKPVALKLIHQVAQDVDIPIIGMGGVANAQDVLEMYMAGASAVAVGTANFADPFVCPKIIDKLPELMDQYRIESLESLIQEVKEGKK

来源 Source

来源生物 organism	Lactococcus lactis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1358
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B (PYRK SUBUNIT)
分子量 formula_weight	28559.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SQLQEMMTVVSQREVAYNIFEMVLKGTLVDEMDLPGQFLHLAVPNGAMLLRRPISISSWDKRAKTCTILYRIGDETTGTYKLSKLESGAKVDVMGPLGNGFPVAEVTSTDKILIIGGGIGVPPLYELAKQLEKTGCQMTILLGFASENVKILENEFSNLKNVTLKIATDDGSYGTKGHVGMLMNEIDFEVDALYTCGAPAMLKAVAKKYDQLERLYISMESRMACGIGACYACVEHDKEDESHALKVCEDGPVFLGKQLSL

来源 Source

来源生物 organism	Lactococcus lactis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1358
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	195

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1ep1a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family family	c.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d1ep1b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.4 — Riboflavin synthase domain-like
家族 Family family	b.43.4.2 — Ferredoxin reductase FAD-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d1ep1b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.25 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
超家族 Superfamily superfamily	c.25.1 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
家族 Family family	c.25.1.3 — Dihydroorotate dehydrogenase B, PyrK subunit

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1ep1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1ep1B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	1ep1B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module

结构域编号 domain_id	1ep1B03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	240 — Dihydroorotate dehydrogenase B (pyrk subunit); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydroorotate dehydrogenase, electron transfer subunit

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晶胞边长 a length_a	202.670 Å
晶胞边长 b length_b	202.670 Å
晶胞边长 c length_c	81.110 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	30.700 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2560

CRYSTAL STRUCTURE OF LACTOCOCCUS LACTIS DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B (PYRD SUBUNIT)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B (PYRK SUBUNIT)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ep1__assembly_1__model_1

1ep1__assembly_1__model_1 | I(q)

1ep1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF LACTOCOCCUS LACTIS DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B (PYRD SUBUNIT)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B (PYRK SUBUNIT)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ep1__assembly_1__model_1

1ep1__assembly_1__model_1 | I(q)

1ep1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)