1eqn

E.COLI PRIMASE CATALYTIC CORE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 159.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA PRIMASE

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 109–429	片段：CATALYTIC CORE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；PEG 4000, DTT, Tris/HCl, sodium acetate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.276
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 109–429	片段：CATALYTIC CORE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；PEG 4000, DTT, Tris/HCl, sodium acetate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.276
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 109–429	片段：CATALYTIC CORE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；PEG 4000, DTT, Tris/HCl, sodium acetate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.276
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 109–429	片段：CATALYTIC CORE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；PEG 4000, DTT, Tris/HCl, sodium acetate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.276
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 109–429	片段：CATALYTIC CORE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；PEG 4000, DTT, Tris/HCl, sodium acetate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1EQN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DD9 STRUCTURE OF THE DNAG CATALYTIC CORE 提交 1999-11-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–433（323 aa）片段：36 KDA CATALYTIC CORE DOMAIN	未记录	SR STRONTIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；18-21% PEG4000, 5% PEG200, 30% ETHYLENE GLYCOL, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, PH 5.0, 0.1% DIOXANE, 2-8 MM SRCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.276
1DDE STRUCTURE OF THE DNAG CATALYTIC CORE 提交 1999-11-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–433（323 aa）片段：36 KDA CATALYTIC CORE DOMAIN	未记录	Y1 YTTRIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；18-21% PEG4000, 5% PEG200, 30% ETHYLENE GLYCOL, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, PH 5.0, 0.1% DIOXANE, 2-8 MM YCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.263
1T3W Crystal Structure of the E.coli DnaG C-terminal domain (residues 434 to 581) 提交 2004-04-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 434–581（148 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；5% v/v PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.308
1T3W Crystal Structure of the E.coli DnaG C-terminal domain (residues 434 to 581) 提交 2004-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 434–581（148 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；5% v/v PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.308
1T3W Crystal Structure of the E.coli DnaG C-terminal domain (residues 434 to 581) 提交 2004-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 434–581（148 aa）链 B 434–581（148 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；5% v/v PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.308
2HAJ Solution structure of the helicase-binding domain of Escherichia coli primase 提交 2006-06-13	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 434–581（148 aa）片段：Helicase-binding domain, residues 447-581	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.3mM DnaG-C U-15N, 13C; 10mM phosphate buffer(pH 6.10); 100mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.3mM DnaG-C; 10mM phosphate buffer(pH 6.10); 100mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3B39 Structure of the DnaG primase catalytic domain bound to ssDNA 提交 2007-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 111–429（319 aa）片段：RNA Polymerase Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；292 K；21% PEG 4000, 100 mM ammonium acetate, 50 mM sodium acetate (pH 5.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.35 Å R-free 0.254
3B39 Structure of the DnaG primase catalytic domain bound to ssDNA 提交 2007-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 111–429（319 aa）片段：RNA Polymerase Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；292 K；21% PEG 4000, 100 mM ammonium acetate, 50 mM sodium acetate (pH 5.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.35 Å R-free 0.254
6CBR DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide 提交 2018-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 434–581（148 aa）片段：DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 131-139)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；10% w/v PEG3000, 5 mM zinc acetate, 5 mM 1,10-phenanthroline, 100 mM sodium acetate, pH 4.6	分辨率 1.50 Å R-free 0.179
6CBR DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide 提交 2018-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 434–581（148 aa）片段：DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 131-139)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；10% w/v PEG3000, 5 mM zinc acetate, 5 mM 1,10-phenanthroline, 100 mM sodium acetate, pH 4.6	分辨率 1.50 Å R-free 0.179
6CBS DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide 提交 2018-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 434–581（148 aa）片段：DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 130-139)	未记录	ZN ZINC ION × 3 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；7.5% w/v PEG3000, 15 mM zinc acetate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6	分辨率 1.85 Å R-free 0.224
6CBS DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide 提交 2018-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 434–581（148 aa）片段：DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 130-139)	未记录	ZN ZINC ION × 3 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；7.5% w/v PEG3000, 15 mM zinc acetate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6	分辨率 1.85 Å R-free 0.224
6CBT DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide 提交 2018-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 434–581（148 aa）片段：DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 130-139)	未记录	ZN ZINC ION × 2 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；9.5% w/v PEG3000, 10 mM zinc acetate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6	分辨率 2.10 Å R-free 0.229
6CBT DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide 提交 2018-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 434–581（148 aa）片段：DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 130-139)	未记录	ZN ZINC ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；9.5% w/v PEG3000, 10 mM zinc acetate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6	分辨率 2.10 Å R-free 0.229
7T22 E. coli DnaB bound to three DnaG C-terminal domains, ssDNA, ADP and AlF4 提交 2021-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric	链 G 434–581（148 aa）片段：C-terminal domain 链 H 434–581（148 aa）片段：C-terminal domain 链 I 434–581（148 aa）片段：C-terminal domain	突变：R568C 突变：R568C 突变：R568C	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.	分辨率 4.20 Å
9ECO E. coli DnaB bound to three DnaG C-terminal domains, ssDNA, ADP and AlF4 提交 2024-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric	链 G 434–581（148 aa）片段：C-terminal domain 链 H 434–581（148 aa）片段：C-terminal domain	突变：R568C 突变：R568C	ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.	分辨率 2.83 Å

共 10 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIM_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–321； UniProt 109–429 作者链 B； PDB构建体 1–321； UniProt 109–429 作者链 C； PDB构建体 1–321； UniProt 109–429 作者链 D； PDB构建体 1–321； UniProt 109–429 作者链 E； PDB构建体 1–321； UniProt 109–429

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1eqn
沉积日期 deposition_date	2000-04-05
结构标题 title	E.COLI PRIMASE CATALYTIC CORE
关键词 keywords	Toprim domain, Rossmann fold, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.71 Å
零角强度 I(0) i0	482825000.00
分子量 molecular_weight	174670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	215660 Å³
包络体积 envelope_volume	298200 Å³
水化壳体积 shell_volume	59480 Å³
包络直径 envelope_diameter	171.3 Å
壳层 Rg shell_rg	45.50 Å
包络 Rg envelope_rg	44.64 Å
形状 Rg shape_rg	44.73 Å
总 Rg total_rg	44.68 Å
总原子数 total_atoms	12156
残基数 n_residues	1520
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	159.6 Å
Rg (实空间) rg_real	44.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	482500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7880
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.663
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.032
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	67450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.550; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.818; Smooth: 0.774

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1eqna_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.13 — DNA primase core
超家族 Superfamily superfamily	e.13.1 — DNA primase core
家族 Family family	e.13.1.1 — DNA primase DnaG catalytic core

结构域编号 domain_id	d1eqnb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.13 — DNA primase core
超家族 Superfamily superfamily	e.13.1 — DNA primase core
家族 Family family	e.13.1.1 — DNA primase DnaG catalytic core

结构域编号 domain_id	d1eqnc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.13 — DNA primase core
超家族 Superfamily superfamily	e.13.1 — DNA primase core
家族 Family family	e.13.1.1 — DNA primase DnaG catalytic core

结构域编号 domain_id	d1eqnd_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.13 — DNA primase core
超家族 Superfamily superfamily	e.13.1 — DNA primase core
家族 Family family	e.13.1.1 — DNA primase DnaG catalytic core

结构域编号 domain_id	d1eqne_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.13 — DNA primase core
超家族 Superfamily superfamily	e.13.1 — DNA primase core
家族 Family family	e.13.1.1 — DNA primase DnaG catalytic core

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id	1eqnA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	980 — DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, catalytic core, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1eqnA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1eqnA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	50 — Pheromone ER-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle

结构域编号 domain_id	1eqnB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	980 — DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, catalytic core, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1eqnB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1eqnB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	50 — Pheromone ER-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle

结构域编号 domain_id	1eqnC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	980 — DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, catalytic core, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1eqnC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1eqnC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	50 — Pheromone ER-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle

结构域编号 domain_id	1eqnD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	980 — DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, catalytic core, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1eqnD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1eqnD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	50 — Pheromone ER-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle

结构域编号 domain_id	1eqnE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	980 — DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, catalytic core, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1eqnE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1eqnE03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	50 — Pheromone ER-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	62.674 Å
晶胞边长 b length_b	107.626 Å
晶胞边长 c length_c	263.069 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	500.000 Å
R 因子 r_factor	0.2259
R_work r_work	0.2197
R_free r_free	0.2760

描述 description	DNA PRIMASE
分子量 formula_weight	36620.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	12156

E.COLI PRIMASE CATALYTIC CORE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA PRIMASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (15 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/eq/1eqn/1eqn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eq/1eqn/1eqn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eq/1eqn/1eqn.dat